В 1888 году открывается кафедра при Московском университете, которой с 1891–1902 года руководил создатель крупной научной школы клинико-физиологического направления – Нил Фёдорович Филатов. Он впервые выделил и описал ветряную оспу и скарлатинозную краснуху, выявил ранний признак кори на слизистой полости рта. Его лекции, записанные и изданные учениками, многократно переиздавались. В 1885 году в Санкт-Петербурге создаётся первое в России научное общество детских врачей под руководством Н. И. Быстрова, в 1892 г. – аналогичное общество в Москве под руководством самого Филатова.
В России формирование научной гигиены проходило во второй половине XIX века и одним из её основоположников был профессор Алексей Петрович Доброславин (1842–1889). В 1871 году он стал инициатором открытия первой в России кафедры гигиены, экспериментальной лаборатории в Петербургской медико-хирургической академии. Он является автором первых отечественных учебников по гигиене. В 1878 году Доброславин основывает Русское общество охранения народного здравия и издаёт журнал «Здоровье».
Вторая в России кафедра гигиены была создана в 1882 году в Московском университете и её возглавил профессор Ф. Ф. Эрисман (1842–1915 гг.): его деятельность заключалась в области общественной санитарии, практическом участии в разработке водопровода и канализации Москвы, обследование фабрик и заводов Московской губернии.
Середина 19 века стало временем расцвета российских медицинских школ. В области терапии особое место занимали две научные клинические школы: школа С. П. Боткина, положившая начало экспериментальному направлению в отечественной клинической медицине (в Военно-медицинской академии), и школа Г. А. Захарьина, олицетворявшая искусство клинической практики (в Московском университете). В 1887–1891 гг. усилиями профессоров факультета, медицинской общественностью, благотворительных обществ и меценатов на Девичьем поле (ныне Большая Пироговская улица) был создан Клинический городок, по тем временам один из лучших в Европе как отметили участники XII Всемирного съезда врачей, проходившего в Москве в 1897 году. В этот период в составе факультета были основаны новые институты, такие как фармакологии, гигиены, бактериологии, а также новые кафедры химии и физики, гистологии и эмбриологии, оперативной хирургии и топографической анатомии, общей патологии, гигиены, истории и энциклопедии медицинских знаний. Там же в Клиническом городке создавались научные общества, учреждались научные журналы, организовывались многочисленные научные съезды и конгрессы. Сам этот медицинский комплекс продолжает существовать и в наши дни, являясь крупным медицинским центром Москвы и архитектурным наследием России прошлого.
Стоит также сказать, что в 1803 году при Департаменте полиции Министерства внутренних дел был создан Медицинский совет, который начал основывать и содержать больницы и приюты для инвалидов и сирот вместе с приказами общественного призрения и Медицинскими советами, создававшимися в губерниях. А в 1802 году в Петербурге создано «Императорское человеколюбивое общество» под покровительством вдовствующей императрицы Марии Фёдоровны, в 1816 году – аналогичное общество. В Москве в 1804 году было создано Физико-медицинское общество, в задачи которого входило ведение метеорологических наблюдений, статистики заболеваний, рождаемости и смертности в Москве, изучение профессиональных заболеваний. А вот в 1859 году в Кронштадте было основано Общество морских врачей. Так, на рубеже XVIII–XIX вв. общее количество врачей в Российской империи увеличилось с 1 500 до 8 072, а в 1846 году треть этих докторов работали в армии и флоте7. Уже при императоре Александре Втором, при его реформах медицина в стране получила новое продолжение в плане доступности населению – это развитие земской медицины, которая должна была обеспечить равную доступность медицинской помощи всему населению страны и сотрудничать с фабрично-заводской медициной. А постановлением 1866 года было обязано владельцам промышленных предприятий не только организовывать, но и содержать больницы и амбулатории – тем самым работники предприятий получали медицинское обслуживание во благо своего здоровья.
Начиная с времени правления Петра Первого, первоочередной задачей в России было укомплектование русской армии врачами, и эта задача оставалась основной на протяжении многих десятилетий. На всём протяжении 18 века медицина в армии улучшалась и постепенно пополнялась полевыми врачами, появлялись новые методы лечения раненых. Само первостепенное значение развитие медицины среди армии в итоге оправдало себя при защите Отечества в 1812 году. Лечебно-профилактическая работа в госпиталях, которая развивалась все последние десятилетия, несмотря на исключительные трудности в первый этап Отечественной войны, в течение всей военной кампании была настолько успешной, что привела к весьма значительному возвращению выздоровевших солдат и офицеров в ряды армии. Общее число возвращённых в строй на протяжении Отечественной войны 1812 года колебалось в среднем около 60%, доходя в отдельных, хорошо устроенных группах госпиталей до 77%8. К числу последних выздоровевших и возвращённых в армию относились госпитали, которые находились в ведении (и лично им же были созданы) немецким доктором медицины Христианом Ивановичем Лодером. Лично Лодером были устроены госпитали в Касимове, Меленках и Елатьме, куда эвакуировали всех раненых с поля боя. За медицинскую организацию, лечение русских солдат и личное мужество Христиан Лодер был награждён орденом Святой Анны 2-й степени с бриллиантами. Сама же смертность во всех военных госпиталях в год войны колебалась в пределах 7–17%, что можно сказать о вполне успешной работе военной медицины. Пополнение из числа выздоровевших вливалось в армию на протяжении всего времени, начиная с первого, наиболее тяжёлого периода отступления русской армии. Так, перед сражением под Бородином ряды действующей армии пополнили около 13 000 солдат, вернувшихся из госпиталей. После поражения французов на Березине в наступающие полки влилось, по свидетельству современников, «множество выздоровевших». Приведённые выше сведения о числе возвращённых в строй воинов приближаются к цифрам, сообщённые в своё время генерал-интендантом русской армии Е. Ф. Канкриным: так, из опубликованных им сведений следует, что на конец марта 1814 года из общего числа 133 965 раненых и больных выздоровело 63,3% (84 805 человек), умерло 11,7% (15 748 человек), определилось инвалидами 2,3% (3 177 человек), остальные 29 841 продолжали оставаться на излечении в госпиталях9. Эти данные – наглядное свидетельство состояния и организации медицинской службы и её лечебно-профилактической деятельности, но они не характеризуют, конечно, в полной мере потери, которые понесла русская армия в первую Отечественную войну.