К 60-м годам стала провялятся эпидемия холеры. Советская медицина искоренила её еще в 20-е годы, но в Советском Союзе она появилась вновь и её причиной появления на советской территории считают завоз из Средней Азии. К этому моменту медицине и эпидемиологии удалось почти полностью одолеть чуму, которая в разные годы проявлялась в разных уголках страны: благодаря внедрению препарата стрептомицина, который разработал З.Ваксман в США (уроженец Винницкой области Украины) удалось максимально сократить количество смертей от чумы. Первая вспышка холеры в СССР была в 1965 г. в Узбекистане, которую завезли из Афганистана. Чтобы не допустить распространения очага эпидемии, в республике задействовали 9 тыс. военнослужащих для контроля границы Советского Союза и ведения контроля за карантинной зоной, пока врачи и эпидемиологи борются с холерой. Её быстро удалось ликвидировать, но происходили другие вспышки эпидемий. Проводилась массовая вакцинация советских граждан, особенно детей и подростков. При этом даже заболеваемость детей коклюшем после введения массовой вакцинации снизилась в десятки раз. Заболеваемость корью также резко снижена благодаря вакцинации детей. Заболеваемость столбняком, бешенством, сибирской язвой регистрируется в единичных случаях. Вакцинация против столбняка также привела к положительным результатам. Значительно снизилась заболеваемость кишечными инфекциями, брюшным тифом, но в отдельных районах среднеазиатских республик отмечается повышенная заболеваемость этой болезнью в связи с окончательно нерешённой проблемой снабжения населения питьевой водой, но в дальнейшем решении проблемы с водоснабжением было налажено. В это же время врачи и эпидемиологи боролись с менингитом и гриппом, вспышка которых происходила в 1957, 1959 и 1960-х годах, и лечение также происходило путём вакцинаций.
50–60-е годы отличились ещё тем, что появился новый вид медицины – космическая. Великое достижение народа и Родины тех времён был выход человека в космос, и в этом случае стоял прогресс в изучении организма космонавта и его состояние во внеземном пространстве. Также плодотворные результаты наземных исследований космической медицины позволило обосновать возможность безопасного полёта человека в космос. В 1964 году в космос даже полетел первый в мире врач-космонавт Борис Борисович Егоров (1937–1994 гг.), который проводил медицинские и биологические исследования на космической орбите, что дало новые усовершенствования для всей отечественной медицины!
В начале 60-х годов в нашей стране развернулось строительство крупных больниц на 300–600 и более коек, нацеленное на полное удовлетворение потребности городского и сельского населения во всех видах высококвалифицированной медицинской помощи. Строительство крупных многопрофильных и специализированных центров способствовало развитию специализированной медицинской помощи. В целом, за десятилетие число больничных коек увеличилось на 20 %, врачей – на 20,6 %, среднего медицинского персонала – на 25%. Продолжала развиваться амбулаторно-поликлиническая служба. Улучшались показатели здоровья населения. Сельское здравоохранение всё более приближалось к здравоохранению в городах. В педиатрической службе создавались новые многопрофильные больницы для детей, скорая помощь для детей и детские санатории. В практику здравоохранения входили новые эффективные препараты и вакцины (против полиомиелита, кори и др.). Из терапевтической службы выделялись самостоятельные специальности (кардиология, пульмонология, нефрология, гастоэнтерология, ревматология). Одним из основоположников кардиологии в СССР был академик АМН Александр Леонидович Мясников (1899–1965 гг.). В 1965 г. Мясников был удостоен премии Международного кардиологического общества – «Золотой стетоскоп» – за работы по исследованию атеросклероза. Его труды «Болезни печени» (1934 г.), «Гипертоническая болезнь и атеросклероз» (1965 г.) многократно переиздавались в нашей стране и за рубежом. Его именем назван Институт терапии АМН СССР (позднее – Институт кардиологии им. А. Л. Мясникова).
В области хирургии качественно открылся новый этап в развитии микрохирургии (методики операций с помощью микроскопа, специальной оптики и специально созданного прецизионного инструментария). Эта методика открыла широкие возможности развития трансплантологии. В нашей стране был создан Институт трансплантации органов и тканей с системой центров пересадки почки. Первую в нашей стране успешную пересадку почки (от живого донора) выполнил в 1965 г. академик Борис Васильевич Петровский (1908–2004 гг.). В течение 15 лет (1965–1980 гг.) Петровский возглавлял Министерство здравоохранения СССР. Именно в те годы были разработаны «Основы законодательства СССР и союзных республик о здравоохранении» (1969 г.), в которых сформулированы права и обязанности государственных органов, общественных организаций и граждан в деле охраны здоровья.