С приходом в Россию капиталистических ценностей медицина вновь, как это было в имперские и царские времена жизни страны, стала превращаться в платную услугу, тем самым стремясь окончательно уничтожить здравоохранение для населения, веками создававшаяся врачами прошлого. Тем не менее даже в 90-е годы происходили реформы медицины, предопределившие итог развития её в дальнейшем. Это было касаемо здравоохранения и первым нововведением стало обязательное медицинское страхование граждан, с введением обязательного медполиса ОМС в 1993 году. Как раз по нему граждане в обязательном порядке могли проходить лечение и проводить иные медицинские услуги в государственных учреждениях медицины. Но стоит сказать, что в полисе ОМС медицинские услуги прописаны не все, а только самые главные и необходимые для здоровья человека. Таким образом другие услуги, не вошедшие в ОМС являются платными. К тому же чтобы полис ОМС для гражданина всегда действовал, сделали так, что надо отчислять средства за каждого человека в медицинский фонд, и эту работу обязали проводить работодателей, которые расплачиваются за каждого своего работника не влезая им в карман. С одной стороны был сделан шаг для обеспечения граждан медпомощью, но с другой здесь присутствует элемент платных услуг и действий. Платные услуги медицины и бесплатная государственная будут пересекаться между собой и это явление станет основным в современной капиталистической стране. К тому же в 90-е годы в стране начнут появляться первые частные больницы с платными услугами, которые не перестают появляться новые вплоть до наших дней.
Ещё одним моментом в медицине страны в 90-е годы стало принятие Федерального закона от 24 июля 1998 г. «Об основных гарантиях прав ребёнка в Российской Федерации», который имел стратегическое значение. Закон включал здравоохранительный компонент и обязывал принимать меры защиты детей от рекламы алкогольной продукции и табачных изделий, от распространения печатной продукции, аудио- и видеопродукции, пропагандирующей насилие и жестокость, порнографию, наркоманию, токсикоманию, антиобщественное поведение. Однако отмечается, что этих мер было явно недостаточно, поэтому в начале 21 века ситуация в сфере охраны здоровья детей оставалась одной из наиболее острых. Продолжался рост числа хронических форм соматической патологии, психических расстройств, врождённых пороков развития, наблюдалось «возрождение» старых инфекций (туберкулёза и болезней, передаваемых половым путём) и актуализация новых (ВИЧ-инфекции, гепатита С и др.). Большое распространение среди детей получили алкоголизм, наркомания, отмечалось снижение показателей физического развития. Сам этот федеральный закон в конце 90-х оказался безрезультатным, и как видим, невыполнимым. Однако этот закон стратегическим для страны был назван не зря, поскольку в будущем он начнёт действовать, а в 1998 году как раз было заложено главное значение в пользу защиты здоровья детей и молодого поколения.
В 2000-е годы продолжатся внесения новых законопроектов для развития медицины. Распоряжением Правительства РФ от 31 августа 2000 г. № 1202-р была утверждена «Концепция охраны здоровья населения Российской Федерации на период до 2005 года», которая развивала основные положения, изложенные в Концепции 1997 года28. Целью Концепции были определены сохранение и улучшение здоровья населения, а также сокращение прямых и косвенных потерь общества за счёт снижения заболеваемости и смертности населения. Необходимо отметить, что в этих основополагающих документах обоснование приоритетов в сфере охраны здоровья базировалось на строгом научном анализе здоровья населения и деятельности системы здравоохранения. И эти исследования должны были привести к формированиям стратегий развития медицины и её здравоохранения в дальнейших действиях. Именно как раз на основе «Концепции развития здравоохранения и медицинской науки в Российской Федерации» и «Концепции охраны здоровья населения Российской Федерации на период до 2005 года» был разработан целый ряд федеральных целевых программ, таких, как «Предупреждение и борьба с заболеваниями социального характера», «Профилактика и лечение артериальной гипертонии в Российской Федерации», «Скорая медицинская помощь», «Планирование семьи», «Безопасное материнство», «Дети России» и другие. Аналогичные целевые программы были приняты в ряде субъектов Российской Федерации – в Москве, Санкт-Петербурге, Новгородской, Свердловской, Самарской, Липецкой областей, Чувашской Республике, Ставропольском крае. Далее аналогичные программы появятся в других субъектах страны.