На первых порах вольность казачества не трогали, давая им свободу в ведении сельского хозяйства. Однако и в казачьих владениях началось насаждение помещичьих хозяйств и закрепощение недавно свободных крестьян. Поэтому южные районы России в 17-18 веках были местом крупных крестьянских восстаний. Самыми крупными такими восстаниями стали восстание Степана Разина (1667-1671 гг.) и восстание Кондратия Булавина (1707-1708 гг.). И подобные выступления крестьянства и казачества будут происходить много раз, призывая власть к отмене крепостного права.
Но бывало и так, что крестьяне становились движущей силой народной освободительной борьбы с иноземными захватчиками. Это ярко относится к событиям Смутного времени 1610 – 1612 годов, когда весь народ вёл тяжёлую борьбу с иностранными интервентами и с внутренними предателями. Положение крестьянства в этом случае оказалось куда более тяжёлым – разделённое на враждебные лагеря между сторонниками государства с царём, терзаемые различными польскими «лжедмитриями», им всем приходилось бороться с иностранными поработителями и бандитами, одновременно с этим выживать за счёт своей земли-кормилицы. Чтобы защитить себя, хозяйство, семью и всю страну от разграбления и уничтожения её суверенитета, русское крестьянство организовало самое первое и крупное народное партизанское движение по разгрому польско-литовских завоевателей на территории России. Таких партизан Смутного времени называли «шишами», и местом действий крестьянских подпольных отрядов была Смоленщина и вся центральная часть России. Именно эти соотечественники громили тылы польского воеводы Ходкевича во время его похода на Русь. «Шиши» уничтожали польские фуражные команды, нападали на небольшие отряды интервентов, что занимались грабежом селений. Также сельские жители разгромили в феврале 1612 года боевой отряд полковника Струся, шедшего из Смоленска к Москве на подмогу войскам гетмана Яна Ходкевича. А летом 1612 года народное войско «шишей» нанесло огромный вред и тяжёлое поражение польско-литовской армии гетмана Яна Ходкевича в марше на столицу, от чего его войско не успело прийти на помощь осаждённым польским интервентам в осажденном московском Кремле, в ходе чего последние капитулировали, тем самым Москва была освобождена от захватчиков. Таким образом крестьяне внесли огромный вклад в освобождение Родины. Но не только в «шишах» крестьяне были, они же ещё являлись основой всего народного ополчения во главе с Кузьмой Мининым и Дмитрием Пожарским, участвуя в освобождении Москвы и в осаде Кремля, в освобождении всей России.
По окончанию Смутного времени крестьянам пришлось восстанавливать сельское хозяйство Родины, сожжённые и разграбленные владения, поднимать заросшую бурьяном землю и вновь её засаживать. Но крестьяне не продолжали убирать из рук оружия, отбивая набеги польских бандитов на русские владения в Смоленщине. А на юге России они восстанавливали хутора, крепости и укрепления от набегов крымско-татарских грабителей, что ещё в Смутное лихолетье повадились это делать. Также само крестьянство продолжало быть основным пополнением казачества, которое, также совершая набеги на вражеские земли, мстили за разорения и спасали соотечественников из плена и рабства.
Русские крестьяне также были первыми колонизаторами Урала. Первые упоминания об Урале в русских летописях относятся к XI в., когда среди данников Руси упоминается территория Пермской земли. В последующие столетия в Северное Прикамье проникают новгородцы, и там начинает формироваться русское население. Центром русской колонизации края становится основанный в XIV в. на реке Вятке город Хлынов. В XVI в. после взятия Казани процесс русской колонизации края ускоряется, большую роль в нём сыграли Строгановы. Они строят в Прикамье городки (особую роль среди которых играют Чердынь и Соликамск) и начинают постепенно осваивать территорию на западных склонах Уральского хребта. В XVI в. русские постепенно осваивают и восточные склоны Уральских гор, а в XVII в. крупнейшим административным и экономическим центром всего Зауралья становится Верхотурье. Здесь появляется гостиный двор, строится первый на Урале Никольский мужской монастырь, начинает функционировать верфь, на которой строят речные суда.
Ещё со времён правления царя Ивана Грозного и похода казаков во главе с Ермаком Тимофеевичем в Сибирь Россия открыла для себя огромную неосвоенную землю дальше за Уралом. И первыми кто стал осваивать Сибирские просторы, помимо казаков и служивых, были именно крестьяне. Они оказали огромное развитие областей Сибири, переселяясь в новые неизведанные края, занимаясь возведением новых русских поселений и крепостей, которые потом вырастут в большие сибирские города, занимаясь возведением инфраструктуры края, вспашкой земель и налаживанием сельского хозяйства края, а также занимались возведением промышленных угодий и освоением местных промыслов. Селясь в новых землях, они становились первыми русскими сибиряками, впоследствии чего после своего долгого проживания здесь они выходили в народ интеллигенцией, становясь государственными служащими, военными, градостроителями, промышленниками и поэтами.