Брак отца Иоанна, требуемый обычаями нашей Церкви, был для молодых супругов не по любви, а по долгу службы. Тяготея к одинокому образу жизни, имея слабое с детства здоровье, не позволявшее иметь детей, отец Иоанн сказал жене: «Счастливых семей, Лиза, и без нас много. А мы с тобою, давай, посвятим себя на служение Богу».
При первом же знакомстве со своей паствой, отец Иоанн понял, что ему предстоит преодолеть немало трудностей. Кронштадт в то время был местом высланных из столицы порочных людей, чернорабочих, трудившихся в порту. Все они ютились в жалких лачугах и землянках, попрошайничали, пьянствовали. Вот на этих, казалось, окончательно потерявших свое человеческое достоинство людей и обратил свое внимание и подлинную Христовую любовь отец Иоанн. Ежедневно бывал в их убогих жилищах, беседовал, утешал, ухаживал за больными и как мог помогал материально, раздавая все, что имел, нередко возвращаясь домой раздетым и разутым. Но именно эти «босяки» и «падшие люди», ощутив в себе человеческое подобие и образ Божий, первые «открыли» его святость. А заключалась она для Иоанна Кронштадтского в простой истине: «Нужно любить всякого человека и в грехе его, и в позоре его... Не нужно смешивать человека — этот образ Божий — со злом, которое в нем»... С такими мыслями шел он к людям и побеждал в них зло.
Однако такой необычный пастырский подвиг стал вызывать нарекания и нападки со всех сторон. Многие не верили в его искренность, считали юродивым, клеветали на него устно и печатно. Некоторое время епархиальное начальство запретило даже выдавать ему на руки жалование, так как он все до копейки раздавал нищим. Но впоследствии за все, за что преследовали, стали прославлять и возвеличивать. Это стало настоящим искушением для отца Иоанна, чтобы не возгордиться и не потерять свое искреннее и добросердечное отношение ко всем людям.
Через несколько лет такого служения в нем открылся особый дар врачевания, прославивший его далеко за пределами России.
По молитве отца Иоанна действительно совершалось множество исцелений. Молитвой и возложением рук его исцелялись от самых страшных недугов, когда медицина уже была бессильна. Исцеления совершались и наедине, и при огромном стечении народа. Достаточно было написать батюшке письмо или послать срочную телеграмму о помощи, и человек избавлялся от хвори. Известен факт такого исцеления сына болгарского царя Бориса, за что Иоанн получил орден от болгарского государя. Излечивались бесноватые, прозревали слепые.
Наступил новый период его служения людям. Если вначале он сам шел к народу, часто непонятый и осмеянный, то теперь народ сам устремился к нему со всех концов России. Тысячи людей ежедневно приезжали в Кронштадт, желая видеть отца Иоанна. Ежедневно он получал огромное число писем и телеграмм с просьбой о помощи. Вместе с ними приходили огромные суммы денег, которые он тратил на благотворительность: ежедневно кормил тысячу нищих и паломников, устроил в Кронштадте «Дом Трудолюбия» со школой, церковью, мастерскими и приютом, основал в своем родном селе женский монастырь, воздвиг большой каменный храм, а в Санкт-Петербурге построил женский монастырь на набережной реки Карповки, где был впоследствии похоронен.
Огромные суммы денег, проходившие через руки отца Иоанна, явились настоящим соблазном для некоторых людей. Рассказывают такой эпизод из жизни Иоанна Кронштадтского: несколько студентов решили немного развлечься и погулять в ближайшем кабаке. Денег у них не было. Тогда один из студентов согласился притвориться мертвым. Его накрыли с головой шинелью и стали ждать, когда пройдет мимо собора Иоанн Кронштадтский. И как только он приблизился, стали рыдать и объяснять ему, что их товарищ умер и им не на что его похоронить... Отец Иоанн, не мешкая, дал им требующуюся сумму. Когда же он ушел, обрадованные студенты приоткрыли шинель, и они увидели, что перед ними лежал... бездыханный труп легкомысленного юноши...
Среди своих собратьев — священников Иоанн часто не находил должного понимания, но снискал великую любовь многих простых людей. Он предпринимал поездки по городам России, и везде с огромной преданностью встречали его. Соборы Харькова, Самары, Саратова, Нижнего Новгорода не смогли вместить всех молящихся. А в это же время за спиной слышал он злой шепот, неприязнь своих собратьев. В чем же обвиняли отца Иоанна?
Прежде всего в том, что он был духовником Царской фамилии. В то время, когда и в домах, и в печати стало модным ругать Царя и его правительство, Иоанн всегда и везде говорил: «Бедное отечество, когда-то ты будешь благоденствовать?! Только тогда, когда будешь держаться всем сердцем Бога, Церкви, любви к Царю и Отечеству и чистоты нравов». Он находился в царском дворце в Ливадии при последних днях жизни Императора Александра III. Государь просил Иоанна возложить на его голову руки: «Когда вы держите руки свои на моей голове, я чувствую большое облегчение, а когда отнимаете, очень страдаю — не отнимайте их». И тот не отнимал их от головы умирающего, пока царь не предал свою душу Богу.