Бойня была настолько массовой, что протестовали даже ближайшие доверенные лица Хомейни, например, аятолла Монтазери, за что впоследствии он был уволен. Его протесты также не принесли результата.
В Тегеране тела жертв отправляли ночными конвоями в Хаваранский район к югу от столицы, где их закапывали на пустырях в братских могилах. Места массовых захоронений вскоре стали известны в связи с тем, что их обнаруживали бродячие собаки, которые выкапывали трупы. В других регионах трупы зарывали в каналы или на кладбищах.
В течение пяти месяцев было убито, по разным оценкам, от 5 до 33 тыс. человек, среди которых внушительный процент составляли старики, дети (казнили детей от 13 лет) и женщины. Власти приняли множество мер к тому, чтобы скрыть это массовое убийство, и поэтому реальное число погибших до сих пор не известно. Большинство убитых сидели за осуществление мирной политической деятельности (распространение оппозиционных агитматериалов, участие в демонстрациях, сбор пожертвований для оппозиции и т. п.).
В 2016 году была опубликована аудиозапись переговоров иранского теолога-диссидента Хусейна Али Монтазери и лиц, ответственных за массовые убийства. Из записи следует, что резня готовилась задолго до вторжения, а последнее стало лишь удобным поводом для её осуществления.
Считается, что коллаборантская тактика МХ в ходе ирано-иракской войны сделала их предателями в глазах большинства иранского населения, похоронив тем самым надежды Масуда Раджави на завоевание организацией симпатий иранцев. Такова, однако, была плата за вынужденное присутствие группы в Ираке ввиду практически полной невозможности вести политическую борьбу в своей стране.
По мнению ряда источников, уже после окончания войны МХ также помогала Саддаму Хусейну подавлять шиитско-курдское восстание на юге страны в 1991 году (в ходе подавления восстания погибло, по разным данным, до 180 тыс. человек, а само подавление отмечалось крайней жестокостью). МХ эти обвинения отрицает.
В самом же Иране террористические акты меньшего масштаба продолжались все 90-е и нулевые. Ряд атак произошёл в апреле 1992 года, когда МХ атаковала дипмиссии Ирана в 13 странах, — в т. ч. представительство Ирана в ООН. По словам руководства МХ, эти атаки были местью за авиаудары иранской армии по членам МХ в районе Багдада. В 1998 году члены МХ убили руководителя тюремной системы Ирана — Асадоллу Ражеварди (что можно рассматривать как возможную месть за резню в тюрьмах десятью годами раньше).
В 1999-м произошло убийство замначальника Генштаба Ирана Али Сайада Ширази. В феврале 2000-го МХ осуществляет обстрел дворца президента Ирана Мохамеда Хатами.
По версии властей Ирана, с начала исламской революции 1979 года и по сей день от деятельности МХ погибли 17 000 иранцев.
Умиротворение и разоружение
Во время вторжения в Ирак в 2003 году армия США провела ряд бомбардировок объектов муджахединов в Ираке, несмотря на утверждения ОМИН о её нейтральности. Вскоре стороны договорились о прекращении огня, разоружении МХ и перемещении организации в лагерь Ашраф на северо-востоке страны — бывшую военную базу ВС Ирака размером 14 квадратных километров. В 2004 году Министр обороны США Дональд Рамсфилд определил группу как «лиц, пользующихся покровительством согласно Женевской конвенции», хотя такое определение противоречило рекомендации Госдепа США, Верховного комиссариата ООН по делам беженцев, и международного представительства Красного Креста.
В середине мая 2003 года отряды коалиции собрали у МХ более 2139 танков, бронемашин, единиц артиллерии и прочих военных машин. Четвёртая пехотная дивизия отчиталась об уничтожении большей части оружия и боеприпасов, принадлежавших МХ.
По разным оценкам, от 3400 до 4000 членов МХ были собраны в лагере Ашраф — в одном месте (до этого МХ имели имела как минимум шесть баз: вблизи г. Джалула в 100 км от Багдада, в г. Кут, в г. Басра, в г. Аль-Амара и вблизи г. Микдийа в 80 км. от Багдада), задержаны, разоружены и проверены на принадлежность к террористическим атакам в прошлом. Там они пробыли последующие 10 лет, выживая с помощью кустарного производства, пожертвований из-за границы и, возможно, помощи антиирански настроенных стран.