Следственная комиссия приступила к разбору обвинений. Указ императрицы предписывал быть «безотлучно» при следствии «для изъяснения и доказательства всех тех непорядков и похищения казны» Нартову, комиссару Камеру «с протчими доносительми» и профессору Делилю. Это был единственный из академиков, ставший сперва на сторону Нартова. Нартов в это неспокойное время оказался вынужденным принять на себя всю тяжесть управления таким сложнейшим учреждением, как Академия. 30 октября 1742 года Следственная комиссия приняла решение: «…к советнику Нартову послать указ, по которому велеть ему для отправления по Академии наук текущих дел вступить на место советника Шумахера». Комиссия неоднократно отмечала: «… Академия наук в главное правление поручена ему, советнику Нартову».
Специальный пункт решения комиссии предписывал Нартову действовать как главе Академии и начинать все распоряжения словами: «Указ Академии наук». Воспитанник московских токарей стал руководителем научного центра страны.
Распоряжения Нартова как руководителя Академии наук показывают, что он поставил своей главной целью вывести ее на широкую дорогу, создать все условия для скорейшей подготовки русских ученых. Как и всегда, он работал чрезвычайно напряженно, ставил своей единственной целью интересы государства, благо народа.
Наследство, доставшееся от управления Шумахера, оказалось крайне тяжким. Финансовые дела Академии были полностью расстроены, ассигнования на ее работу не покрывали и половины расходов. На Нартова свалились все долги, годами накапливавшиеся при Шумахере. Среди академических служащих немало было бездельников. Академию терзали внутренние распри.
Хуже всего было то, что Нартов не нашел поддержки среди академиков, многие из которых были близки к Шумахеру. Последний еще до ареста использовал все свое влияние, чтобы изолировать Нартова от основных академических сил.
«К избавлению Шумахерову», писал Ломоносов, способствовали «тогдашние профессоры», что разъезжали «по знатным дворам» временщиков и просили об освобождении Шумахера из-под стражи. Шумахеровцы пустили в ход все свои огромные связи, кроме того, они очень ловко использовали отсутствие у Нартова опыта руководства Академией наук.
И тем не менее, как показывают документы, Нартов сразу же приступил к большой организационной, хозяйственной и финансовой работе. Он стремился упорядочить деятельность академических учреждений, убрать из Академии бездельников, «которые время свое препровождают втуне и жалованье получают напрасно».
Для того чтобы улучшить финансовое положение, Нартов изыскивал способы распространить академические издания, лежавшие на складе. Вместе с тем он вошел в Сенат с ходатайством о разрешении создать еще одну академическую типографию, кроме существовавшей в Петербурге: «Для размножения в Российской империи книг на российском языке весьма сие необходимо, чтоб Академии в Москве особливую гражданскую типографию, а в ней несколько печатных станов иметь». Нартов заботился о том, чтобы академические издания, особенно календари, в кратчайшие сроки доставлялись в самые отдаленные места. Поэтому он считал, что удобнее печатать и рассылать их не из Петербурга, а из Москвы. Андрей Константинович даже предусмотрел место, где следовало быть новой академической книжной лавке и типографии: «для лутчего успеху в продаже книг, неподалеку от Кремля, в Китае [городе]». Московский книготорговый центр Академии должен был наладить переписку с корреспондентами отдаленных районов и городов, посылать книги и иные издания «в дальние провинции и города»: в Казань, Симбирск, Пензу, Алатырь, Астрахань, Сибирь.
Нартов выступил с этим проектом организации книготорговли как просветитель, заботившийся о массовом распространении научных знаний. И в этом отношении он далеко опередил свое время. Только в советские годы была организована система распространения академических изданий, как об этом мечтал Нартов, от невских берегов до далеких сибирских просторов.
Чуждый национальной ограниченности. Нартов очень внимательно относился к тем из ученых иностранного происхождения, которые плодотворно работали в России. Он напряженно изыскивал способы своевременно выплачивать им жалованье из тощей Академической казны, неоднократно поддерживал их просьбы освободить от несправедливых вычетов, протестовал против попыток насильно удерживать тех из них, кто желал возвратиться в свои родные страны.
«Профессоров как вольных людей, — писал Нартов, — здесь удержать невозможно. А ежели сие учинить, то другие на их места из европейских краев, услыша сие, в Россию не поедут».
Для развития науки в России он считал нежелательным ограничиваться приглашением ученых только из Германии. Видимо, он вспоминал свои английские и другие встречи во время пребывания в зарубежных странах, когда писал о целесообразности на место отъезжающих академиков «из Англии и из других европейских краев выписать искусных людей».
Вместе с тем Нартов последовательно добивался решения главной задачи — подготовки русских ученых. Он неустанно трудился для того, чтобы наладить в Академии подготовку русской молодежи, как об этом говорят его распоряжения о зачислении учеников Петра Никифорова, Михайлы Никитина, Ивана Шерешперова и других. Сохранилось много документов, раскрывающих его деятельность по упорядочению и подъему работы в академических гимназии и университете. Документы говорят о том, как он старался помочь продвижению русских ученых. Именно Нартов энергично поддерживал перед Сенатом назначение в Академию наук Тредьяковского «профессором российской и латинской элоквенции».
Особенно ярко проявились заботы Нартова о росте русских ученых в его отношениях к Ломоносову. В свою очередь, и Ломоносов не раз высказывал свое уважение к великому инженеру. Следственная комиссия в своих протоколах официально признала, что без ведома Нартова Ломоносов отказывался даже отвечать на допросе. «Ломоносов показал, что в ответ он, Ломоносов, иттить без воли его советника Нартова не смеет».
Когда эта комиссия арестовала Ломоносова, Нартов за него горячо вступился. Он обратился в комиссию с просьбой освободить Ломоносова из-под караула, дать ему возможность заниматься наукой в интересах государства.
В то трудное время, когда академическая казна была пуста, Нартов заботливо выкраивал хотя бы небольшие средства, чтобы поддержать своего великого единомышленника. В документах, подписанных в те дни Нартовым как руководителем Академии, неоднократно встречаются решения о материальной поддержке Ломоносова, о выдаче ему в счет жалованья денег, как писал Нартов, «для необходимых его нужд». В августе 1743 года Ломоносов оказался в крайне бедственном положении из-за того, что Академия не имела возможности выплатить ему жалованье, заслуженное с сентября прошлого года.
«А ныне я, нижейший, — писал Ломоносов, — нахожусь болен и при том не токмо лекарства, но и дневной пищи себе купить на что не имею, и денег взаймы достать нигде не могу».
В Академии не было ни копейки. Нартов решил лично помочь и «за неимением в казне денег выдать Ломоносову пять рублев». Он последовательно и помогал и защищал лучшего русского ученого. В одном из документов Нартов очень четко указал, что Академия не может лишиться Ломоносова.
Между тем условия работы самого Нартова становились все более трудными. Следственная комиссия вскоре после начала ее работы повела дело так, что, как писал Ломоносов, «вся оборотилась» против Нартова и его товарищей.
Шумахера объявили… невинным.
В декабре 1742 года его и приспешников освободили из-под ареста. Арестованными оказались союзники Нартова. Всеми способами обеляя Шумахера, комиссия вынесла жестокое решение против его обвинителей. Шумахер был обвинен в преступлениях, равных измене. За это полагалась смертная казнь. Теперь отвергли даже такие неопровержимые обвинения, как то, что Шумахер не допустил в академики ни одного русского ученого. Комиссия пренебрегла списками академиков, точно подтверждавшими именно такое положение. Необоснованно отвергли и другие важные обвинения. Вместо того чтобы осудить Шумахера, признали, что за выступление против него смертной казни заслуживает Иван Горлицкий. К смертной казни приговорили Камера, Грекова, Носова. Только лишь «из природной милости» сочли возможным «вместо смерти учинить им наказание кнутом и сослать их на житье в Оренбурх».