14 декабря 1906 года Столыпин утверждает специальное «Положение о Районных охранных отделениях» (далее — РОО). Положением на РОО возлагалась задача объединения всех функционирующих в пределах района (охватывающего несколько губерний) органов политического розыска. В циркуляре № 207 от 8 января 1907 года за подписью Столыпина о создании РОО говорилось:
«В видах усиления деятельности органов власти, ведающих розыском по делам о государственных преступлениях, мною признано необходимым существенно изменить постановку политического расследования и создать в Империи несколько центральных розыскных учреждений, предоставив им сосредоточение в своих руках данных агентурного и наружного наблюдения по крупным административным районам, и руководство работой местных учреждений, причем объединяющим и направляющим центром явится, по-прежнему, Департамент полиции».
Согласно Положению на РОО возлагалось «негласное расследование по делам о государственных преступлениях». Охранные отделения вели борьбу с революционными организациями и их членами путём установления за ними как наружного, так и внутреннего наблюдения.
При разрешении своей задачи по выслеживанию и задержанию революционеров РОО пользовалось разными средствами и методами. Основным методом работы сыскных отделений была работа с использованием НН и негласных сотрудников.
Стоит сказать, что в конце XIX века конкретные мероприятия по подготовке агентов НН, формы их проведения не были как-то систематизированы (до выхода соответствующих нормативных актов Департамента полиции в XX веке) и во многом зависели от профессионализма и личной подготовки начальника охранного отделения, на которого возлагалась обязанность по подбору и подготовке данного вида сотрудников.
В основной массе отделений должность заведующего службой НН РОО занимали чиновники МВД. В общероссийском масштабе просматривается определённая зависимость от состава филёров (вольнонаёмные или унтер-офицеры ОКЖ), ведомственной принадлежности заведующего.
Он не только передавал информацию от руководства охранного отделения своим подчинённым и обратно, но и занимался организаторской деятельностью, а также обучением филёров. Заведующий имел заместителя в лице наиболее опытного филёра. В службу НН отделения входил ряд чиновников, занимающихся обработкой поступающей информации в канцелярию.
Задача их состояла не только в том, чтобы изложить результаты, полученные от использования НН в установленной форме, но и разработать данную информацию: перевести клички наблюдаемых в фамилии, навести необходимые справки по картотекам о попавших в поле функционирования филёров лицах либо о проживающих в определенном месте людях.
Это была крайне кропотливая, трудоемкая и ответственная работа. Одним из подтверждений этого является положение, что картотека была центром информационного обеспечения эффективной деятельности отделения: ряд разновидностей учёта сведений картотек в ней заполнялся этими чиновниками. В этом отчасти и заключается одно из проявлений перехода от беспорядочного наблюдения за участниками революционного движения, результаты которого не систематизировались данным образом, к методу НН.
Службе НН были также подведомственны низшие чины РОО: участковые и вокзальные полицейские надзиратели. Они как бы осуществляли внешнюю полицейскую власть, наводили справки о лицах, интересующих полицию. Присутствовали при отправлении и прибытии поездов, могли в случае необходимости задержать тех или иных лиц.
НН обеспечивали штатные сотрудники — полицейские надзиратели. Внутреннее наблюдение вели секретные сотрудники (негласная агентура), вербовавшиеся из представителей преступного мира, скупщиков краденого и хозяев воровских притонов.
Главное место в отделе занимали филёры — агенты НН. Они имелись при каждом охранном отделении, но наиболее успешно действовали филёры Московского отделения. Именно их опыт убедил ДП в необходимости расширения наружного наблюдения. Наиболее крупные «летучие» отряды филёров действовали при Московском и Петербургском охранных отделениях (50 и 70 человек соответственно).
Задачи, формы и методы деятельности филёров были подробно изложены в специальной инструкции, а требования, предъявляемые к ним, были очень высокими. Они касались различных сторон личности филёров: человеческих качеств, деловых способностей, политических убеждений.