В 2010 году после периода затишья в Москве вновь произошли террористические акты, имевшие кавказский след: 29 марта смертницы подорвали себя на станциях метро "Лубянка" и "Парк культуры", в результате чего погибли 41 и ранено 88 человек.
24 января 2011 года произошёл террористический акт в аэропорту Домодедово, жертвами которого стали 37 человек, ещё 173 были ранены.
В октябре и декабре 2013 года с участием террористов-смертников произошла серия терактов в Волгограде (взрыв автобуса, взрыв на железнодорожном вокзале и взрыв троллейбуса), следы которых вели к бандподполью на Северном Кавказе.
В 2015 году в фильме "Президент" самыми страшными терактами в России за 15 лет своего правления Путин назвал захват заложников в Беслане и в театральном центре на Дубровке в Москве.
Судебная реформа.
В 2000 году Путиным была создана рабочая группа по совершенствованию законодательства в судебной сфере. В следующем году Путиным были подписаны несколько ключевых законов, направленных на реформирование судебной системы, наиболее важные из которых: "О статусе судей в РФ", "О судебной системе РФ", "О Конституционном суде РФ" и "Об адвокатской деятельности и адвокатуре в РФ". В декабре 2001 года Путин подписал новый Уголовно-процессуальный кодекс РФ. Новый УПК имел ряд принципиальных отличий от старого, в частности дав дополнительные права обвиняемым и потерпевшим. Так, все участники судебного процесса были объединены в две группы - обвинительную и защитную. По новому кодексу, обыск, задержание и арест подозреваемого в совершении какого-либо преступления могут производиться только с санкции суда, а уголовное дело может быть возбуждено только с санкции прокурора. В суде обвиняемого получили возможность защищать не только адвокаты, но также другие лица, в частности, родственники обвиняемых. В июле 2002 года Путин подписал Арбитражный процессуальный кодекс РФ. 14 ноября того же года Путин подписал Гражданский процессуальный кодекс РФ. Согласно кодексу, рассмотрение споров между компаниями теперь находилось только в компетенции арбитражного суда. Таким образом, новый закон исключил возможность "двойной" судебной практики по экономическим спорам, то есть стало невозможно рассмотрение экономических споров одновременно в судах общей юрисдикции и в арбитражных судах по одним и тем же делам. Также была чётко определена подведомственность гражданских дел судам общей юрисдикции. В июне 2007 года Путин подписал закон о создании Следственного комитета при прокуратуре, таким образом, органы следствия были фактически отделены от органов прокуратуры. Позже Следственный комитет Российской Федерации был полностью выделен из состава прокуратуры в самостоятельное федеральное ведомство. 21 июня 2013 года Путин предложил объединить Верховный и Высший арбитражный суд РФ, что потребовало внесения изменений в Конституцию РФ. 6 августа 2014 года новый объединённый Верховный суд РФ начал свою деятельность
Положение СМИ.
Во время президентства Путина его обвиняли в подавлении независимых средств массовой информации. В частности, с ним связывали т. н. дела НТВ и ТВ-6, закрытие ТВС, закрытие независимых газет или смены их собственников. За время президентства Путина было убито несколько журналистов, а Россия в "рейтинге свободности" организации "Репортёры без границ" по состоянию на 2008 г. находилась на 144 месте среди 173 стран, участвующих в рейтинге.
Динамика уровня свободы прессы в России (Freedom House). Для сравнения показаны данные по КНДР и Швеции.
К третьему президентскому сроку Путина, в январе 2013 года, Россия в рейтинге свободы прессы, составленном международной организацией "Репортёры без границ", опустилась на 148-е место из 179 включённых в список стран. Главные причины этого - препятствование объективному освещению демонстраций оппозиции, ужесточение закона о клевете и создание чёрного списка интернет-сайтов.
8 апреля 2013 года подписал закон об ответственности за публикацию нецензурной брани в СМИ, позволяющий закрывать средство массовой информации за неоднократное использование ненормативной лексики. В Союзе журналистов России закон охарактеризовали как "смертную казнь для СМИ".
В декабре 2013 года председатель Общественной палаты Московской области Павел Гусев вынужден был оставить свой пост из-за публикации в "МК" статьи А.Минкина "Милостивый государь", посвящённой помилованию Путиным бизнесмена Михаила Ходорковского. Статья была удалена с сайта газеты, но стала хитом Рунета.
К началу президентских полномочий Путина в 2000 году за чертой бедности жили 30 % граждан России, к 2013 году доля живущих за чертой бедности сократилась до 11,2 %. Борьбу с бедностью в марте 2013 года провозгласил одной из принципиальных задач. На этом фоне индексация пенсий, произведённая в апреле 2013 года (в среднем на 300 рублей), вызвала недовольство пенсионеров. Так, из Челябинской области пожилые женщины выслали Путину свои прибавки к пенсии с пожеланием "ни в чём себе не отказывать", об этом резонансном событии сообщили радио "Свобода", газета "Труд", ряд информагентств и Интернет-СМИ.
В апреле 2013 года Путин признал, что ситуация в российской экономике, несмотря на высокие цены на энергоносители, ухудшается: снижаются инвестиционная активность и объёмы экспорта, растут безработица и объёмы оттока капитала. Тяжёлым бременем на госбюджет легло начавшееся летом мощное наводнение на Дальнем Востоке, с бедствием подобного масштаба, сказал Путин, Россия никогда в своей истории не сталкивалась..
15 апреля 2013 года соратник и друг Путина, бывший министр финансов РФ Алексей Кудрин признал, что российские власти серьёзно опоздали с экономическими реформами.
6 ноября 2013 года стало известно, что Путин увеличил зарплату депутатов Госдумы до 253 тыс. рублей в месяц. К 2015 году зарплата депутатов увеличена до 360 тысяч рублей в месяц, а руководителям комитетов до 500 тысяч. С 2017года депутатам для выездов в регионы на автотранспорт ежегодно по 700 тысяч и двухмесячный оплачиваемый отпуск. При выходе на пенсию - пенсия в размере 75% от зарплаты.
Через четыре дня после инаугурации Путина, 11 мая 2000 года, прошли обыски в главном офисе холдинга ЗАО "Медиа-мост" - компании Владимира Гусинского, который, по мнению некоторых, осенью 1999 года, во время думской предвыборной кампании, посредством контролируемого им телеканала НТВ поддерживал главных политических противников Путина - блок Юрия Лужкова и Евгения Примакова "Отечество - Вся Россия (блок)" (ОВР) (напротив, гендиректор НТВ Евгений Киселёв утверждал, что такое мнение о роли НТВ есть распространённое заблуждение); 13 июня 2000 года Гусинский был взят под стражу и на три дня помещён в следственный изолятор.
По словам Михаила Горбачёва, 20 июля 2000 года в камере Бутырской тюрьмы министр печати Михаил Лесин предложил арестованному Гусинскому подписать соглашения, включающие сделку - т. н. "секретный протокол ╧ 6" - прекратить уголовное преследование Гусинского в обмен на передачу им акций телекомпании НТВ Газпрому на предложенных условиях. Экс-президент СССР, председатель Общественного совета НТВ Горбачёв оценил этот факт как "вопиющее свидетельство грубого государственного шантажа".
В разгар скандала Лесин заявил о том, что Путин знал о подписанном в Бутырке "протоколе ╧ 6". В мае 2004 года Европейский суд по правам человека, рассмотрев жалобу Гусинского, пришёл к выводу, что "лишение свободы заявителя использовалось в качестве стратегии ведения коммерческих переговоров, и такие институты публичного права, как уголовное преследование и содержание под следствием, не должны использоваться с данной целью". За незаконный арест ЕСПЧ обязал Российскую Федерацию выплатить Гусинскому 88 тысяч евро в качестве компенсации судебных издержек.