Однако продолжим цитату из гоголевской поэмы: «Комиссия немедленно приступила к делу. Шесть лет возилась около здания; но климат, что ли, мешал или материал уже был такой, только никак не шло казенное здание выше фундамента. А между тем в других концах города очутилось у каждого из членов по красивому дому гражданской архитектуры: видно, грунт земли был там получше». Замечание по поводу «гражданской архитектуры» здесь — явный «реликт» первоначальной редакции, в которой «казенное строение» принадлежало архитектуре церковной и, таким образом, противопоставлялось архитектуре гражданской. Неслучайно и упоминание о «грунте земли» — витберговский храм возводился, по словам москвичей, на «зыбучих песках», что в немалой степени затрудняло строительство. Как всегда, Гоголь точен и в смысле хронологии.
Действительно, через шесть лет после учреждения Комиссии, уже в царствование императора Николая I, по его ноябрьскому указу 1826 г. генерал-адъютанту С. С. Стрекалову было поручено расследовать все дела Комиссии за все время ее существования. Или вот как об этом рассказывается в «Мертвых душах»: «Но вдруг на место прежнего тюфяка был прислан новый начальник, человек военный, строгий, враг взяточников и всего, что зовется неправдой». Тут также необходимы комментарии. Под тюфяком, безусловно, подразумевается непременный член Комиссии «в звании директора строения и экономической части», «академик, коллежский асессор», а затем надворный советник, кавалер ордена св. Владимира 3-й степени А. Витберг. Именно он, по словам мемуариста, «в деле стройки запутался как поэт, не умевший вести никаких счетов, полагавший, что это не нужно, что это совершится как-нибудь само собою» (Н. В. Берг). В результате дело для Витберга закончилось ссылкой в Вятку. Судьба Чичикова, благодаря протекции «умного» генеральского секретаря и сострадательности генерала к несуществующему, но «несчастному семейству» Павла Ивановича оказалась не столь печальной, хотя поначалу все складывалось совсем плохо.
Ведь генерал сразу же «пугнул» «всех до одного, потребовал отчеты, увидел недочеты, на каждом шагу недостающие суммы, заметил в ту же минуту дома красивой гражданской архитектуры, и пошла переборка. Чиновники были отставлены от должности; дома гражданской архитектуры поступили в казну и обращены были на разные богоугодные заведения и школы для кантонистов, все распушено было в прах, и Чичиков более других». В действительности дело развивалось так: в результате стрекаловской ревизии 11 июня 1827 г. последовал сенатский указ об упразднении Комиссии о сооружении в Москве храма во имя Христа Спасителя, а в феврале следующего года — высочайшее повеление об отдаче членов Комиссии под суд Московской уголовной палаты. В том же году «после проверки отчетов» за Комиссией насчитали до 900 тысяч руб. «разного рода растрат», и имения ряда членов комиссии были секвестированы. И только в 1835 г. было объявлено окончательное решение Московской уголовной палаты, рассмотренное Государственным советом и утвержденное Николаем I. В нем речь шла о том, что в «покрытие убытков» «все имущество осужденных» было взято в казну и продано с публичных торгов.
Гоголь был достаточно осведомлен об обстоятельствах деятельности Комиссии и их последствиях. Сосед Гоголей по имению некий г-н Клименко был членом Комиссии и в самом начале процесса отстранен от должности за хищения и умер под судом, несмотря на все хлопоты через посредство В. А. Гоголя влиятельных земляков (Д. П. Трощинского и др.) о реабилитации. Его вдова, М. В. Клименко, несмотря на это, решила добиваться пенсии по умершему мужу-чиновнику, и, по желанию М. И. Гоголь, ее сын должен был содействовать в Петербурге этому делу. 11 февраля 1831 г. он писал матери в Васильевку: «Насчет дела г-жи Клименковой удовлетворительного ничего не могу сказать. Одна только сильная протекция могла бы сделать что-нибудь в ее пользу, но и то не в таких обстоятельствах, как ее нынешние. Вам, я думаю, известно, что комиссия построения храма в Москве уничтожена по причине страшных сумм, истраченных ее чиновниками. Все они находятся едва ли до сих пор не под следствием; следовательно, не только не в праве требовать себе пенсии, но даже могут ожидать неприятностей».