Шрила Рупа Госвами написал много книг, содержащих подробное объяснение теологии гаудия-вайшнавов. Самые известные из них — это «Видагдха Мадхава», «Лалита Мадхава», «Бхакти-расамрита-синдху», «Уджджвала-ниламани», «Упадешамрита», «Дана-кели-каумуди» и «Лагху-Бхагаватамритам». Всего он составил более ста тысяч шлок.
Шри Чайтанья Махапрабху утвердил Рупу Госвами главой сампрадаи и хранителем Своего учения. Он наделил его верховными полномочиями, и все, кто следует учению Махапрабху, называют себя рупанугами, последователями Шри Рупы Госвами. Все великие преданные Махапрабху признавали авторитет Шри Рупы. Санатана Госвами, Гуру Шри Рупы, почитал его и относился как к старшему. Рагхунатха Дас Госвами прославил Шри Рупу в своих молитвах. Сварупа Дамодара и Рамананда Рай, Сарвабхаума Бхаттачарья, Адвайта Ачарья, Харидас Тхакур — преданные, дороже которых никого не было для Махапрабху, — признавали главенствующее положение Шри Рупы Госвами. Джива Госвами был непосредственным учеником Рупы Госвами и блестяще отстоял его взгляды, написав «Шат-сандарбхи» — шедевр вайшнавской теистической мысли. Духовное знание по цепи ученической преемственности от Рупы и Санатаны Госвами было передано Рагхунатху Дасу Госвами и Дживе Госвами, затем через других великих ачарьев дошло до наших дней.
Хотя сам Шри Чайтанья Махапрабху не оставил после Себя книг, Шри Рупа, Шри Санатана и другие Госвами Вриндавана, а после них — Кави Карнапура, Кришнадас Кавирадж Госвами, Вриндаван Дас Тхакур, Лочан Дас Тхакур, Нароттам Дас Тхакур и многие другие одаренные поэты и мыслители, последователи Шримана Махапрабху, написали поэмы, молитвы и философские сочинения, развивающие Его идеи. В то время проповедь была очень активной. В Бенгалии после Нитьянанды Прабху ее продолжили Джахнава Деви и Вирабхадра Прабху, в Ориссе — Шьямананда Прабху и Расикананда Прабху, в Кхетури — Нароттам Дас Тхакур. Проводились грандиозные фестивали, многие люди из разных сословий жили согласно учению Махапрабху и активно его проповедовали. Расцвет гаудия-вайшнавизма длился почти три века.
Особое значение для Рупануга-сампрадаи имел случай, произошедший в Джайпуре. Цари Джайпура поклонялись и Шри Шри Радха-Говинде, и Господу Нараяне. Но многочисленные последователи школы Рамананди были настроены против поклонения Божественной Чете Радха-Говинды и утверждали, что главным Божеством должен быть Шри Нараяна. Махарадж Джай Сингх, правивший тогда в Раджастане, покровительствовал гаудия-вайшнавам. Однако рамананди утверждали, что движение Шримана Махапрабху находится вне четырех признанных сампрадай и, следовательно, гаудия-вайшнавы не являются представителями подлинной традиции. Джай Сингх, великий преданный Господа Кришны и очень образованный человек, к тому времени изучил труды Госвами Вриндавана, Кришнадаса Кавираджа Госвами и Вриндавана Даса Тхакура. Он решил устроить философский диспут, на котором должны были присутствовать образованные пандиты и госвами, представители обеих школ. Исход этого диспута должен был решить судьбу поклонения в Раджастане.
В то время гаудия-вайшнавы признавали своим духовным лидером Шрилу Вишванатха Чакраварти Тхакура. Однако он был уже в очень преклонном возрасте. Шрила Вишванатх Чакраварти Тхакур желал, чтобы сампрадаю на диспуте представлял кто-нибудь из молодых образованных преданных. Выбор пал на Шрилу Баладева Видьябхушана. До того, как Шрила Баладев Видьябхушан принял учение Махапрабху, он принадлежал к Мадхва-сампрадае, поэтому хорошо знал и учение гаудиев и доктрину Шри Мадхвачарьи. Он мог отстоять подлинность традиции перед лицом критики рамананди.
Так Шрила Баладев Видьябхушан в одиночку отправился в Джайпур, чтобы принять вызов. Его задачей было обосновать принадлежность гаудия-вайшнавов к подлинной вайшнавской традиции. Рамананди опирались на учение Рамануджи и вели происхождение от Шри-сампрадаи. Шрила Баладев Видьябхушан утверждал, что гаудия-вайшнавы принадлежат к Мадхва-сампрадае. Но Мадхвачарья ничего не говорил о поклонении Шри Шри Радха-Говинде и пути рага-марга — самозабвенной любви к Шри Кришне, — которому учил Шри Чайтанья Махапрабху. Рамананди потребовали обосновать учение Шримана Махапрабху комментарием (бхашьей). В то время любая сампрадая признавалась авторитетной только в том случае, если она имела бхашью на «Веданта-сутру», «Упанишады», «Вишну-сахасра-нама-стотру» и «Бхагавад-гиту». Но в Рупануга-сампрадае не было комментария на «Веданта-сутру». Вместо него гаудия-вайшнавы почитали «Шримад-Бхагаватам», считая его комментарием, но пандиты школы Рамананди не соглашались с этим. Они требовали предъявить текст бхашьи, в противном случае спор решался в их пользу.