Закончив обучение, он поступил на государственную службу и был назначен на административный пост в штате Орисса. Одновременно с этим он исполнял обязанности инспектора храма Джаганнатха в Пури, и в его задачу входила борьба с коррупцией среди нечистых на руку служителей, наживавшихся на религиозных чувствах верующих. В то время он начал изучать «Шримад-Бхагаватам», «Чайтанья-чаритамриту» и был полностью очарован идеями Шри Чайтаньядева. «Брахмо самадж» возлагал на него большие надежды как на образованного и одаренного человека, обладающего литературным талантом и способностью вести дискуссии на высоком интеллектуальном уровне. Однако после того как он изучил «Бхагаватам», стал очевиден его разрыв с «Брахмо самадж». Работая в Динаджпуре, Шрила Бхактивинод Тхакур прочел лекцию по «Бхагаватам», из которой стало ясно, что он порывает с бывшими единомышленниками, последователями Рам Мохан Рая, и принимает сторону вайшнавского учения, как его проповедовал Шриман Махапрабху.
Шрила Бхактивинод Тхакур восстановил первозданное учение гаудия-вайшнавов. Он начал издавать вайшнавский журнал «Саджджана-тошани» и учредил общество «Шри Вишва-вайшнава Раджа Сабха» для проповеди вайшнавизма во всех странах мира. Он постоянно писал труды об учении Шри Чайтаньи Махапрабху на бенгали, хинди и английском, которые составили более сотни книг. Его перу принадлежат такие произведения, как «Джайва-дхарма», «Чайтанья-шикшамрита», «Шри Кришна-самхита» и множество небольших работ, в которых он излагает учение гаудия-вайшнавов и строит величественное здание вайшнавской культуры, включающей в себя метафизическую доктрину, обрядовую сторону, поклонение, социальную организацию, педагогические вопросы, проблемы межрелигиозных отношений и широкие перспективы развития всемирного вайшнавского движения.
В 1895 году произошло знаменательное событие — Шрила Бхактивинод Тхакур нашел место явления Господа Чайтаньи в Шри Йогапитхе в Маяпуре. Прежде считалось, что это место находится возле рыночной площади в Навадвипе, но, изучив произведения Шрилы Нарахари Чакраварти Тхакура и Шри Парамананды Прабху и ознакомившись с несколькими картами XVIII века, Шрила Бхактивинод Тхакур засомневался в авторитетности этого утверждения. Однажды ночью он увидел удивительное сияние в нескольких милях к северу от своего дома. Утром он направился туда, по дороге расспрашивая жителей о том, что это за место. Вскоре он подошел к широкой насыпи, где в изобилии росли деревья туласи. Так было определено подлинное расположение дома Джаганнатхи Мишры.
Желая проверить свое предположение, Шрила Бхактивинод Тхакур пригласил своего Гуру, Джаганнатху Даса Бабаджи Махараджа, посмотреть это место. Шрила Джаганнатха Дас Бабаджи Махарадж к тому времени был уже в преклонном возрасте и не мог передвигаться самостоятельно, поэтому один из учеников принес его в корзине. Увидев место божественного явления Шри Чайтаньи Махапрабху, Шрила Джаганнатха Дас Бабаджи выскочил из корзины и стал танцевать, ликуя и восклицая имена Шри Гауры. После этого сомнений не оставалось.
Шрила Бхактивинод Тхакур преисполнился великого блаженства и радости. Свои чувства он выразил в книге «Шри Навадвипа-дхама Махатмья», где поведал о событиях, явленных ему через откровение. Книга повествует о паломничестве Шрилы Дживы Госвами под руководством Шри Нитьянанды Прабху по святым местам Навадвипа-мандалы.
В этот период Шрила Бхактивинод Тхакур написал книгу на санскрите «Гауранга-лила-смарана-мангала-стотрам» и комментарий к ней на английском языке, который вышел отдельной книгой под названием «Шри Чайтанья Махапрабху: Его жизнь и учение». Эту книгу он разослал в библиотеки многих высших учебных заведений западного мира, принеся весть о Шри Чайтанье. Кроме того, Шрила Бхактивинод Тхакур создал такие бесценные произведения, как «Шри Харинама-чинтамани», «Шри Бхаджана-рахасья» и многие другие. Оставив государственную службу, он начал собирать пожертвования для постройки храма на месте явления Шри Чайтаньи Махапрабху. Он обращался ко всем, даже к тем, кому выносил наказание, когда занимал пост судьи. Кроме того, Шрила Бхактивинод Тхакур в это время развернул широкую проповедь Святого Имени. Его усилия не пропали даром — на собранные им средства на святом месте явления Господа Чайтаньи было построено первое здание.