Смертного приговора оказалось недостаточным, чтобы успокоить свирепость Петра.
Записи гарнизонной канцелярии рассказывают о пытках, которые производились в тот день, когда произошла «скоропостижная смерть Алексея». Лефорт сообщает: «В день смерти царь в четыре часа утра отправился в подземелье. Здесь в сводчатом подземелье Алексея подняли на «кобылу». Удары кнутом вместо палача наносил сам царь».
Алексей умер раньше, чем приговор успели привести в действие. Царский манифест, подписанный Петром, указывает на «жестокую болезнь, подобную апоплексии». Все остальные современники указывают иную причину: царевичу была отрублена голова. Девице Крамер было поручено пришить голову к телу казненного. Позже эта умелая портниха сделает придворную карьеру и станет гофмейстериной великой княжны Натальи, дочери казненного Алексея.
Дабы избежать в будущем появление самозванцев, тело старались сохранить как можно дольше.
Члены дипломатического корпуса осведомились у Петра, как быть с ношением траура. Его ответ был краток: «Царевич умер, как преступник. Траура не полагается».
Народная молва зачислила Алексея в святые мученики.
В сентябре 1722 года в надворный суд вломился «вельми шумный» сын площадного подьячего, Иван Михайлов.
— Кто ваш государь? — заорал он, обращаясь к дежурному.
— Наш государь, — отвечал дневальный, — Петр Великий, император и самодержец всероссийский.
— Ваш государь Петр Великий, а я… холоп государя своего Алексея Петровича и за него… голову свою положу, хотя-де меня и распытать…
В том же году к царскому денщику Орлову пристал на улице пьяный, бывший служитель царевича Алексея, и шумно заявлял, что он верно царевичу служил: «судит-де того Бог, кто нас обидел…»
Офицеры Кропотова полка, товарищи вышеупомянутого капитана Левина, в дружеских беседах жалели о царевиче, даже плакали о нем.
Они рассказывали Левину: «Государь царевича запытал и в хомут он умер за то, что он, царевич, богоискательный человек и не любит немецкой политики».
Раскольники по-своему объясняли трагедию царевича, выражая ему сочувствие: «Царь — не прямой царь, а антихрист; приводил царевича в свое состояние, и он его не послушал, и за то его и убил…».
Тень на пытке замученного царевича вставала в народном сознании мстительной грозою из-за моря.
В 1720 году солдат Малышников сообщал в шинке: «…нам по указу велено идти в Ревель.
— Вот что! Стало быть, опять же война да сражение будет? — полюбопытствовали собутыльники.
— Ничего ведь не поделаешь, — отвечал солдат, — пришли к Кроншлоту цесарских (австрийских) и шведских девяносто кораблей, и просят у его царского величества бою; а буде-де бою не будет, так чтоб отдали великого князя…» Вывод ясен: великого князя (царевича) нет — надо воевать…
Неизвестно, чем бы кончилось «дело царевича», в котором московская оппозиция нашла знамя для своего выступления, если бы оно не было вовремя раскрыто.
Тот интерес, который всецело захватил Петра при розыске этого дела, та жестокость, которую он проявил к его ближайшим и отдаленнейшим участникам, а равно и к лицам, выражавшим участие много позже уже не существующему царевичу, показывают, что Петр в этом деле видел для себя такую же опасность, какую ему удалось уже раз подавить в лице стрельцов, этой первой организованной оппозиции Москвы против Петра. Не безынтересно отметить, что именно в трагедии царевича Алексея фиксировался в народном сознании образ борьбы старого с новым, — каковая и была передана в народной песне о Петре и царевиче.
Может быть, не бессознательно эта песня выводит первую жену Петра из враждебной ему Швеции. Жизнь супругов «в каменной Москве была, как цветы цвела», пока не явился у них «радость-царевич», которого «называть стали тут наследничком». Этот-то наследничек, по мнению былины, и внес разлад в семью.
Царевич Алексей по своему характеру не был похож на отца: у него было больше склонности к образу жизни своего «правдедка» — Михаила Федоровича.
Повивальная бабка Маримьяна будто бы рассказывала писарю Бунину: «Бояре-де затем не смеют говорить против Петра, что лишь де кто на него (Петра) какое зло подумает, то он-де тотчас и узнает; а коли б не то, то они, бояре, давно б его уходили». На вопрос Бунина, почему государь все знает, бабка отвечала: «Он-де сему научился…». Эта высшая похвала сыску, самому тонкому уху и глазу Петра, не была только продуктом знакомства писаря Бунина с «Прикладами, как пишутся комплементы разные…»