2 апреля 1912 года, в понедельник на Фоминой неделе, в восемь часов утра отец Варсонофий отслужил напутственный молебен с коленопреклонением и сказал краткое слово прощания братии. Отец Нектарий от лица всех скитян поднес отцу Варсонофию памятный дар — икону святого Предтечи Иоанна Крестителя. Затем в скитской трапезной был прощальный чай. Оттуда отец Варсонофий прошел с братией в свою келлию и раздал на память о себе многие вещи — иконы, четки, пасхальные яйца, некоторые картины, книги, закладки и т. п. После прощания в монастыре с настоятелем архимандритом Ксенофонтом и монастырской братией отец Варсонофий отбыл на вокзал.
«Погода была отчаянная, — писал очевидец, — поднялась страшная вьюга с мокрым снегом. Прямым путем на вокзал нельзя было ехать, так как река Жиздра разлилась. С большой опасностью перебрались мы через реку. С батюшкой до вокзала провожать его на маленьком пароме поехал его духовник и отец Нектарий. Я ехал вместе с духовником батюшки отцом Феодосием. Он был поражен смирением отца Варсонофия и всю дорогу умилялся. Ехали мы до вокзала вместо обычного часа три с половиной часа».
По предложению благочинного монастырей епархии архимандрита Венедикта (бывшего оптинского инока), настоятеля Пафнутьева-Боровского монастыря, 17 апреля того же года старшая оптинская братия собралась для того, чтобы избрать старца на место выбывшего отца Варсонофия. Собрались они и положили обратиться к жившему в скиту на покое архимандриту Агапиту, предлагая ему эту должность. Он имел все данные для того, чтобы нести ее, однако братия мало надеялась на то, что он согласится, — он решительно отказывался от всяких должностей и даже уклонился он и от архиерейского сана. Так и вышло: он отказался наотрез. Тогда попросили его указать им достойного человека. Он назвал в качестве такового отца Нектария. Опять собралась братия, а отец Нектарий не пришел. Послали за ним отца Аверкия. «Батюшка, вас просят на собрание!» — сказал он, а отец Нектарий отвечал: «Они там и без меня выберут кого надо». Тогда отец Аверкий говорит: «Отец архимандрит послал меня за вами и просит прийти!» Отец Нектарий надел рясу и пошел — на одной ноге туфля, на другой валенок (может быть, нога болела?)
— Батюшка, вас избрали духовником нашей обители и старцем, — объявили ему на собрании.
— Нет, отцы и братия! — отвечал он. — Я скудоумен и такой тяготы понести не могу.
— Отец Нектарий, прими послушание, — строго сказал настоятель.
Смирился отец Нектарий. Но потом не упускал случая сказать о себе что-нибудь вроде следующего: «Ну какой я старец… Как могу я быть наследником прежних старцев! Я слаб и немощен. У них благодать была целыми караваями, а у меня ломтик».
6 мая назначен он был и временным начальником скита. 10 июля в помощь ему перешел из обители в скит иеромонах Феодосий, который с 9 октября был утвержден скитоначальником. В тот же день (10 июля) отец Нектарий перебрался в старческую хибарку. Старшим келейником у него был иеродиакон Зосима, младшим — бывший келейник старца Иосифа Стефан Фомин (будущий карагандинский старец Севастиан), рясофорный инок. Письма писал под диктовку старца монах Амвросий. Позднее, когда народу к отцу Нектарию стало приходить больше, в помощь его келейникам поступил послушник Петр Швырев.
В Летописи скита за 9 октября 1912 года записано: «Сегодня на трапезе прочитан указ консистории об утверждении иеромонаха Феодосия начальником скита и духовником богомольцев, а иеромонаха Нектария — старцем и братским духовником. Отец Феодосий начало полагал в скиту в 1898 году, затем перешел в Вологодский архиерейский дом, из которого перемещен был в Троице-Сергиеву Лавру иеродиаконом, а оттуда вскоре возвратился в Оптину и последнее время проходил послушания духовника богомольцев и ризничего».
Те, кто бывал у старца Нектария, иногда упоминали о его полуюродстве, как бы юродстве. Это не было настоящее, привычное всем юродство. Иногда это были слова и поступки странные на чей-то взгляд, иной раз загадочные, а то и просто шутливые. Впрочем, подобного рода полуюродство свойственно было почти всем оптинским старцам — и отцу Леониду, и отцу Амвросию, и другим. Кто хорошо знает их жизнеописания, тот сразу вспомнит соответствующие случаи. Упоминается, например, о том, что у старца Нектария была «птичка-свисток, и он заставлял в нее дуть взрослых людей, которые приходили к нему с пустыми горестями. Был волчок, который он давал запускать своим посетителям. Были детские книги, которые он раздавал читать взрослым людям».