В августе 1918 года посещал отца Нектария в скиту Александр Дмитриевич Самарин, бывший обер-прокурор Синода (с 5 июля по 25 сентября 1915 года). Государь уволил его с этой должности после того, как он позволил себе в Царском Селе при других людях сделать ему, государю императору, чуть ли не выговор по поводу того, что он потакает Распутину, что этот мужик едва ли не управляет государством. В 1917 году Самарин деятельно участвовал в подготовке Поместного Собора Русской Православной Церкви, но он, как и некоторые другие участники Собора, находился на либеральных позициях. Тем не менее большевики решили арестовать его, и он некоторое время скрывался от них, в частности — приехал в Оптину, где провел около двух месяцев под видом паломника… Его арестовали 25 сентября 1918 года на Брянском вокзале и сослали в Якутию (скончался он после освобождения в Костроме в 1932 году).
9 марта 1920 года скончался скитоначальник игумен Феодосий. Настоятель Оптиной пустыни архимандрит Исаакий направил епископу Калужскому, преосвященному Феофану, два рапорта, оба от 18 марта старого стиля этого года.
В первом рапорте значилось: «Имею честь почтительнейше донести Вашему Преосвященству, что скитоначальник игумен Феодосий 9/22 сего марта мирно скончался, напутствованный Святыми Тайнами; погребен на монастырском кладбище невдалеке от прежде почивших старцев и скитоначальников, около Введенского собора. Временное управление скитом мною поручено старцу иеромонаху Нектарию, на что покорнейше прошу Вашего архипастырского благословения, так как делать выборы скитоначальника мне казалось бы неблаговременным по переживаемым пустынью обстоятельствам».
Второй рапорт: «Старец иеромонах Нектарий по примеру своих предшественников пожелал принять пострижение в великую схиму, о каковом желании своем заявил с просьбою донести о сем Вашему Преосвященству и испросить Вашего архипастырского благословения на постриг. Со своей стороны не видим никаких препятствий к принятию святой схимы старцем иеромонахом Нектарием по примеру прежних старцев и скитоначальников. Имею честь покорнейше просить Ваше Преосвященство благословить благое желание старца иеромонаха Нектария. Вашего Преосвященства милостивого пастыря и отца покорный послушник архимандрит Исаакий».
Резолюция епископа на оба рапорта была краткая: «Исполнить».
Глава VII
Духа не угашайте
Еще в 1918 году приходили в скит красноармейцы, которые искали на скитской колокольне пулемет, а потом золото в храмах. Тревожное началось время. Кругом бродили вооруженные банды, слышались выстрелы. Ограблена была Тихонова пустынь. В июле пришла весть о расстреле государя в Екатеринбурге со всей его семьей. Предсказания старца Нектария исполнились. В стране разруха и голод. Декретом новой власти закрывались многие монастыри. Оптинские иеромонахи посылались служить на приходах, так как часто арестовывались священники, некому было служить. В Оптиной еще шла монастырская жизнь, но официально это уже «музей» и «сельхозартель Оптино». За насельниками велось наблюдение. В обители жил «комендант». Но люди шли к старцам — Анатолию и Нектарию. Братии становилось всё меньше, новых послушников не поступало. Как музей монастырь находился под защитой центра (московских властей), но местное красное начальство всеми силами старалось прекратить в обители церковную и монашескую жизнь. Утеснялся музей, всячески подрывалась и сельхозартель, как и все хозяйственные начинания братии. А верующие люди все-таки шли и ехали сюда — как и всегда, в прошлом, с духовными нуждами, теперь особенно острыми.
Настоятель обители архимандрит Исаакий выражал протест перед козельскими властями против их попыток развалить монастырское хозяйство, но его просто отстранили от дел, а потом и арестовали, хотя первый раз как бы для острастки или в виде предупреждения, и вскоре освободили. Там же, в козельском арестном доме (тюрьма была подальше, в Сухиничах), осенью 1919 года сидело несколько монахов из старшей братии, с ними и отец Никон (Беляев). В 1920 году арестован был и отправлен в Калугу старец Анатолий. Он был болен и там оказался в больнице, откуда и возвратился в обитель остриженный. Питание стало очень скудным, но оставшаяся братия готова была и на большие лишения, лишь бы можно было проводить богослужения. Хлеб приходилось печь из гречневой мякины, да и то выдавать по норме. Монахи не занимались политикой, тем не менее большевики называли Оптину рассадником контрреволюционной пропаганды.