По молитвам старца Господь и в условиях разрухи помогал бедствующим. Духовная дочь отца Нектария монахиня Нектария вспоминала о том времени:
«Я заметила, что стоит только написать Дедушке просьбу о чем-либо, то в то же время приходит помощь. Очевидно, по милости Божией душа его слышит просьбы, обращенные к нему».
От непрестанных слез, которые ночами проливал старец на молитве, у него всегда были воспалены глаза, и он выходил принимать людей с платочком в руке, сложенным так, что он его уголком часто промакивал набегающие слезинки. Директором музея в Оптиной была тогда петроградская журналистка Лидия Васильевна Защук, интеллигентная женщина, которая, будучи православной, всеми мерами поддерживала (скрытно от большевиков) в обители молитвенную жизнь. В музее, в библиотеке, в оптинской больнице, ставшей районной, трудились в основном оптинские монахи и шамординские монахини. Лидия Васильевна была пострижена в Оптиной в тайное монашество с именем Августы (она восприняла от рук безбожников мученическую смерть 8 января 1938 года вместе с преподобномучеником архимандритом Исаакием, последним настоятелем монастыря). Около старца Нектария к 1922 году собралось немало интеллигентных верующих людей — художник Лев Бруни, филолог барон Михаил Таубе (вскоре постриженный в монашество с именем Агапит и потом прошедший через ссылку и лагерь). Приезжал ознакомиться с редкими материалами, имевшимися в оптинской библиотеке, известный востоковед, впоследствии академик, Николай Иосифович Конрад, человек православный, — он часто беседовал с отцом Нектарием, который укрепил его в вере.
«Батюшкина беседа! — писал отец Агапит (Таубе). — Что пред ней самые блестящие лекции лучших профессоров, самые прекрасные проповеди! Удивительная образность, картинность, своеобразие языка. Необычная подробность рассказа, каждый шаг, каждое движение описываются с объяснениями. Особенно подробно объясняются тексты Священного Писания. Легкость речи и плавность. Ни одного слова даром, как будто ничего от себя. Связность и последовательность. Внутренний объединяющий смысл не всегда сразу понятен. Богатство содержания, множество глубоких мыслей, над каждой из них можно думать год. Вся беседа батюшки легко воспринимается и запоминается — это живой источник живой воды».
В том же 1922 году под видом борьбы с голодом, охватившим многие губернии страны (он был спровоцирован большевиками), безбожные власти открыли кампанию «изъятия ценностей» из православных храмов и монастырей (Ленин подписал секретное распоряжение о том, что при изъятии ценностей нужно расстрелять как можно более священнослужителей и тем обессилить Церковь). Эта кампания коснулась и Оптиной пустыни, как и женского Шамординского монастыря, который был в 1922 году закрыт. Кто-то из насельниц Шамордина прибился к Оптиной, кто-то поселился в Козельске, а иные уехали кто куда.
С апреля 1919 года начала посещать Оптину дочь крупных помещиков, учившаяся тогда на Высших женских курсах в Петрограде, Евгения Рымаренко (в будущем матушка, супруга священника Адриана Рымаренко, впоследствии епископа Русской Православной Церкви за рубежом). Она стала духовным чадом отца Анатолия, а после его кончины перешла к отцу Нектарию. Отец Анатолий в короткое время сумел воспитать ее в вере, так как, по собственному признанию, была она нецерковной и даже занималась оккультизмом. 7 августа 1922 года она пришла в скит и вошла в хибарку через внешнюю дверь.
«Пробравшись в самую последнюю комнату, смежную с коридорчиком, который вел в покои старца, — писала она в своем дневнике, — я стала у стенки и начала наблюдать. Было тихо и благоговейно, никто не разговаривал. Перед большой иконой «Достойно есть» горела лампада и озаряла сосредоточенные лица присутствующих. Вот вышел батюшка: весь его облик, все его движения были не те, что у отца Анатолия. Он был в длинном халатике с матерчатым поясом. На ногах мягкие туфли, в руке четки и носовой платок, углом которого он вытирал глаза. Батюшка медленно подошел к иконе, медленно перекрестился, произнес: «Заступи, спаси и помилуй, Боже, Твоею благодатию», — и стал обходить присутствущих, не спеша каждого благословляя, но молча, не отвечая на вопросы и на просьбы принять. Подошел ко мне, благословил. Келейник сказал: «Вот матушка приехала к нам из Полтавской губернии». Батюшка ответил: «Ну что ж, милости просим», — и ушел. Осталась сидеть и ждать, просидела всенощную, батюшка несколько раз выходил, наконец благословил на сон грядущий. Ушла с намерением на другой день уехать.