Казанский храм как приходской действовал до 18 августа 1923 года — в этот день его опечатали.
О моменте обыска в келлии старца сведения вспоминавших это или писавших с чужих слов — как и о его аресте — несколько разнятся. Но в целом картина ясная.
Мать Нектария писала: «В келлию свою старец никого никогда не впускал, так что келейники не знали, что там находится. Когда же пришли описывать его имущество, в первый раз вошли туда и келейники. И что же увидели? Детские игрушки! Куклы, мячики, фонарики, корзинки! Делавшие опись спрашивают: «Зачем это у вас детские игрушки?» А он отвечает: «Я сам как дитя». Нашли у него церковное вино и консервы — он им и говорит: «Выпейте и закусите». Они и распили вино. Во время ареста у него распух глаз, и его поместили сначала в монастырскую больницу, а потом в тюремную. Когда он выезжал из монастыря (на санях), последние слова его были: «Подсобите мне» — это чтобы ему помогли влезть в сани; сел, благословил путь свой и уехал».
Протоиерей Василий Щустин вспоминал случай (рассказал его матушке Нектарии): «После отъезда отца Нектария из Оптиной в его келлию большевики привели некоего оккультиста для обнаружения, как они думали, скрытых здесь сокровищ. Известно, что они широко пользовались оккультными силами для своих целей. Была ночь, в келлии горела керосиновая лампа. Колдун-оккультист начал свои чародейства, и, хотя лампа продолжала гореть, в комнате наступила тьма. Здесь находилась одна монахиня… Она взяла четки отца Нектария и ими начертала крестное знамение. Сразу стало светло, а чародей бился на земле в конвульсиях эпилептического припадка».
Отец Петр (Швырев), младший келейник отца Нектария, вспоминал: «Арест. Во время первого допроса батюшка молчал. Потом ему говорят: «Вы озлобляете своим молчанием». — «А Господь Иисус Христос тоже молчал, когда Его допрашивали»».
«Его вели по скитской дорожке, — пишет Н. Павлович, — в монастырский хлебный корпус, превращенный в тюрьму. Дорожка мартовская, обледенелая. Он шел и падал. Келлия (в хлебне), где он сидел, была перегорожена не до верху. Во второй половине были конвойные. Они курили. Он задыхался. Потом его перевели в больницу. В Страстной Четверг, как ударили к двенадцати Евангелиям, повезли в тюрьму в Козельск. За кучера ехал брат Яков. Сначала привезли его в милицию, там было очень плохо, а потом удалось устроить батюшку в больницу, только часовых здесь поставили. Следствие показало, что он не повинен ни в какой контрреволюции, он был освобожден, даже имущество было ему возвращено, но по административным соображениям его выслали за пределы губернии».
«Когда батюшку взяли, то поместили его в корпусе (в обители), что налево от ворот в нижнем этаже, где была булочная. Было там сыро и холодно, и батюшка заболел очень сильно, но, как мы его ни упрашивали потребовать доктора, он не требовал, хотя и соглашался как будто на нашу просьбу. Наконец мы сами так устроили, что доктор попал к нему. Доктор сказал, что больного немедленно надо поместить в больницу. Батюшку вынесли на руках и повезли в город, в милицию. Там он просидел всю ночь в накуренном помещении, в шуме, в гаме ужасном. Потом повезли его в больницу. Тут пришлось ждать опять целый час на холоду, пока придет заведующая. Дали место. Поставили патруль. Мы разными подачками задабривали дежурных и выпрашивали разрешения пройти к батюшке и всегда его навещали и все нужное приносили ему», — это пишет шамординская монахиня Анна.
Н. А. Павлович поехала в Москву и хлопотала там об освобождении старца Нектария. Для этого она добилась приема у Н. К. Крупской в Наркомпросе — Павлович короткое время работала под ее началом во Внешкольном отделе образования. В докладной записке она писала, что взяли ее родного деда (имелся в виду отец Нектарий), ни за что посадили и едва ли не приговорили к расстрелу за сокрытие ценностей, хотя он неимущий монах и не мог ничего скрывать. Крупская обратилась к первому заместителю Ф. Э. Дзержинского А. Г. Белобородову, и тот отправил в Козельск предписание — «исправить перегибы на местах», в частности освободить монаха Н. Тихонова и ограничиться его высылкой из пределов губернии.
17 апреля 1923 года старец Нектарий был освобожден и передан «внучке» — Н. А. Павлович с приказом увезти его подальше от Оптиной пустыни. По благословению старца Павлович перевезла его на хутор Плохино, на границе Калужской и Брянской губерний. Она же перевезла туда и все имущество старца, то есть все необходимое для жизни, в том числе книги, иконы, церковные облачения.
«Сначала он поехал на хутор Василия Петровича (Осина. — М. Л.) в сорока пяти верстах от Козельска, — писала Н. Павлович, — но это еще Калужская губерния — две с половиной версты от границы ее с Брянской, и оставаться здесь нельзя. Здесь батюшку поместили в отдельном доме. С ним был келейник Петр (Швырев). Потом приехала я с Феней (Фекла Михайловна Ткачева, впоследствии схимонахиня Фомаида. — М. Л.). Батюшка был очень печален, плакал целыми днями. Хозяева служили ему от всего сердца. Василий Петрович и жена его — истинные христиане и преданные батюшке духовные дети. И нас они привечали как родных. Здесь батюшка выходил иногда на воздух, гулял в полях; однажды я гуляла с ним. Он был в коричневом подряснике, в широкой светлой соломенной шляпе, раньше принадлежавшей отцу Иоанну Кронштадтскому. Я вела батюшку под руку. На неровных местах поддерживала его, а он шел тихими, мелкими, колеблющимися шагами. Мы сначала пошли в сад — прекрасный, весь цветущий. Батюшка посмотрел на него, вдохнул аромат, улыбнулся и сказал: «Я боюсь клещуков». Я обещала принести ему цветущих веток в комнату. Потом мы пошли осматривать двор, машины, постройки. У Василия Петровича культурное хозяйство. Батюшка всем заинтересовался: и колодцем, и машинами — благословлял всё. С любовью и особенным уважением благословил старушку-работницу. Потом еще долго стоял на крылечке…