Мемуаристы кратко упоминают о дружбе будущего старца с писателем Константином Леонтьевым, о том, что Леонтьев читал отцу Нектарию свои новые статьи (в Оптинский период он работал только в этом жанре). Писатель, по изначальному образованию врач, по долголетней службе — русский консул в Турции, в критический момент своей жизни он устремился к монашеству, отправился на Афон, но тамошние старцы предложили ему повременить с постригом и поехать в Оптину пустынь к старцу Амвросию. Это было в 1874 году. В тот год и в следующие приезды он, как духовное чадо старца Амвросия, подолгу жил в скиту, иногда целое лето (в частности, в 1875 и 1879 годах). А с 1887-го он живет в «консульском» доме близ Оптиной, который снял у монастыря, поселившись капитально, привезя из своего имения мебель, библиотеку, прислугу. Он был очень болен, его удручали тяжелые болезни, так что по зимам он перестал выходить из дому. Старец Амвросий в конце концов тайно постриг его в монашество с именем Климент. Это была личность яркая, сильная, обладающая глубокой верой. Он стоял на славянофильских позициях, был резким антизападником, ненавидел нивелированное культурно и духовно западное мещанство (что, как считал он не без оснований, грозило и России уже тогда). Он считал, что от духовной гибели мир может спасти только Православие. Будучи другом многих известных писателей (например, поэта-лирика А. Фета, Л. Н. Толстого), Леонтьев порицал одного за несвоевременные старческие стихи о любви, сожалел о его неверии, а второго открыто и резко критиковал при встрече в Оптиной прямо в глаза за кощунственную переделку святого Евангелия. В «консульском» доме отец Нектарий навещал больного Леонтьева, а позднее (мы расскажем об этом особо) — поселившегося здесь в 1907 году православного писателя Сергея Нилуса. Ничего конкретного о встречах отца Нектария с Леонтьевым мы не знаем. Нилус же сам описал несколько встреч с отцом Нектарием, и это — очень яркие страницы.
В октябре 1891 года в Шамордине скончался старец Амвросий. Еще летом того же года он благословил Леонтьева ехать в Троице-Сергиеву Лавру и там жить — ради близости Москвы (чтобы можно было вызвать врачей в случае обострения болезни). Там Леонтьев и скончался через месяц после преставления ко Господу старца.
Двух старцев проводил отец Нектарий в жизнь вечную — отца Илариона и отца Амвросия. А через пять дней после рукоположения отца Нектария во иеродиакона (оно состоялось в Калуге 19 января 1894 года) скончался его духовный отец иеросхимонах Анатолий. Через три года вернулся в Оптину пустынь архимандрит Агапит, оставивший должность настоятеля Мещовского монастыря, — он стал духовным отцом иеродиакона Нектария. Отец Агапит поселился на покое в скиту, в Климентовском корпусе — в келлии покойного отца Климента (Зедергольма). Здесь продолжил он свои агиографические труды — составление жизнеописаний старцев Амвросия, Макария, Леонида (на это ушло немало лет). В лице архимандрита Агапита Господь послал будущему старцу мудрого наставника. В 1898 году отец Агапит написал здесь и напечатал в «Душеполезном чтении», а затем отдельной книжкой «Очерк жизни настоятеля Оптиной пустыни архимандрита Исаакия», скончавшегося в 1894 году, в сентябре.