Всех позвали пить чай на половину хозяина (Андрея Ефимовича). Отец Адриан и София Александровна пошли. Вскорости вбегает Мария Ефимовна с криком: «Отец Адриан, идите скорее!» Отец Адриан бросился к батюшке. Уже обстановка у батюшки была иная: батюшка лежал, повернувшись к стене, покрытый мантией, горели свечи, рядом с кроватью на столике лежала епитрахиль и открытый канон на исход души. Отец Адриан увидел, что батюшка умирает, и начал читать отходную. Прочитал все полностью. Батюшка еще был жив. Отец Адриан, упав на колени, прижался к нему, к его спине под мантией. Батюшка дышал еще некоторое время, но дыхание делалось все реже и реже. Отец Адриан, видя, что батюшка кончается, поднялся с колен и накрыл батюшку епитрахилью; через несколько минут батюшки не стало. Было восемь с половиной часов вечера 29 апреля 1928 года».
Отец Адриан закрыл глаза старцу Нектарию. На другой день к вечеру приехали отец Сергий Мечёв, иеромонах Савва из Звенигородского Саввино-Сторожевского монастыря, отец Андрей Эльбсон из Москвы и отец Петр Петриков из Можайска. Пришел местный священник отец Тихон. Прибыли также и агенты московского ГПУ. Приехавшие из Козельска келейники отца Нектария отец Севастиан и отец Петр облачили батюшку так, как полагается монаху. В ночь на 3 мая из Москвы привезли дубовый гроб-колоду, присланный женой Михаила Чехова. К этому времени собралось немало духовных чад отца Нектария из Москвы, Смоленска, Козельска.
Незадолго до кончины старца спрашивали, где его хоронить в случае кончины. «Старец каждый раз указывал рукой назад, в сторону сельского кладбища», — писала С. А. Энгельгардт. Там и решили хоронить старца. Позднее оказалось, что храм и кладбище в самом селе Холмищи были уничтожены, сельское же сохранилось.
Вынос тела отца Нектария начался в пять часов утра 3 мая. Гроб в холмищенский храм сопровождало очень большое количество народа. Местные власти и московские чекисты следили за всем. Идти было недалеко, но на пути несколько раз совершали литии, и это движение длилось около часу. В Покровской церкви Холмищ совершены были панихида и литургия, — священнослужителей было очень много. Слово произнес отец Тихон. Затем было отпевание и вынос на кладбище, также с литиями на пути. После похорон на могиле в головах утвержден был крест, привезенный из Москвы. Но отцу Петру (Швыреву) не понравилось, что батюшка лежит не лицом ко кресту. Он сделал ночью и поставил другой крест — в ногах покойного. Так и стояло на могиле отца Нектария два креста.
Племянница Андрея Ефимовича Денежкина, хозяина дома, где жил старец Нектарий, вспоминала:
«Мой дядя был зажиточный крестьянин, воспитывал троих детей один. Жениться в третий раз отец Нектарий его не благословил, сказав, что он умрет в поле. Шло раскулачивание, и дядю часто вызывали в сельсовет. Отец Нектарий сказал: «Не бойся, пока я жив, тебя не заберут». Так это и было. Однажды батюшка спросил: «Что это ты, Ефимыч, строишь в саду?» — «Баньку. Детки растут, и для тебя удобнее помыться». — «Ах, ах! Почему ты не взял благословения? Строить надо было вон там, через дорогу, а теперь ни тебе, ни деткам не достанется. И жить им негде будет». И действительно, после смерти отца Нектария Андрея Ефимовича арестовали, всё забрали, детей выгнали. Незадолго до смерти его (отца Нектария. — М. Л.) хотели взять в Киев, но отец Нектарий отказался и просил похоронить его на общем кладбище». Андрей Ефимович отсидел шесть лет в заключении, потом поехал в Гомель к Марии Ефимовне, там шел пешком по дороге в поле и на пути скончался. Мария Ефимовна услышала по радио объявление о неизвестном, умершем в поле, пошла туда, узнала Андрея Ефимовича и похоронила его.