Знамена – хоругви украинского казачества, – делались из ярких шелковых материй, часто красного цвета. С одной стороны хоругви часто писали лик Богородицы, с другой – крест и название войска, полка; изображались и святые, ангелы. Позднее на знаменах появились орлы, львы, мечи. Свои значки имели и казачьи сотни. Знамена охранялись хорунжими.
Казацкие печати были известны с XVI века – «На сей печати малороссийской войсковой герб: воин в кошаку перекривленном, на плечах мушкет, а при боку сабля и казацкий рог с порохом и пулями. Дан Войску от Короля Польского и Венгерского Стефана Батория в 1576 году». Потом были печати и от московского царя. Войсковая печать находилась в ведении Генерального войскового судьи. Полковники имели свои печати, которые хранились у есаулов.
Украинское казачество управлялось Генеральными старшинами – Вельможными панами, заседавшими и судившими в Генеральной Войсковой канцелярии, находившейся в ведении гетмана. Это были и войсковые и административные руководители. Генеральный Ободный был начальником обозов и артиллерии, ему подчинялись полковые обозные. Генеральный Войсковой писарь заведовал всеми войсковыми делами, исполнял повеления гетмана, руководил Генеральной войсковой канцелярией. Генеральный Войсковой есаул управлял полками. Генеральный судья вел гражданские, а иногда и военные дела. Очень влиятельные полковники были и военными начальниками, и административными руководителями региона, области, со всем ее населением. В их подчинении также были полковые обозные, писари, судьи, по два есаула, руководившие боевой подготовкой казаков полка. Полковникам подчинялась сотенная старшина. Исследователь истории украинского казачества Н. Березин писал в конце XIX века:
«Украинские казаки представляли не только свободное, но собственным порядком устроенное войско, но войско своевольное. В казаки мог попасть всякий, так что ряды войска, особенно запорожского, пополнялись многими беглыми холопами, и потом из невозможно было оттуда извлечь. Казачество и тесно связанное с ним Запорожье являлось, таким образом, убежищем, укрыться в котором мог рассчитывать всякий. Своеволие казаков проявлялось в том, что они совершенно не считались с верховной властью. Они заключали договоры с московскими царями об охране их границ, гетман их вел переговоры с немецким императором, точно самостоятельный властелин».
Запорожские казаки в документах называли себя рыцарями Войска Запорожского, Христолюбивым войском, Храбрыми рыцарями.
Все должности в Войске Запорожском были выборными. Высшая власть принадлежала войсковой Раде, в которой принимали участие все запорожцы. Именно они выбирали кошевого атамана и всю старшину. На раде принимали решения о военных похода, о мире, производили суд. Решения принимались большинством, иногда «с боем». Историк А. Кузьмин писал в начале ХХ века:
«Рада происходила на большой площади между куренями. По грохоту и бою барабанов есаулы-распорядители собирали народ; все бросали работу, гулянку, свои дела и толпою валили на площадь, где становились в круг – майдан. По звуку труб войсковых трубачей наступала тишина. Собравший раду – а собрать ее мог как кошевой, так и само казачество, – выходил на середину майдана и заявлял, что было нужно. Все казаки стояли в шашках, а говоривший, хотя бы и сам кошевой, был с непокрытой головой, в знак того, что он готов подчиниться решению своих товарищей.
В Сечи всегда имелось несколько доблестных и опытных запорожцев, могущих с честью занять место кошевого, а потому, когда приходилось выбирать нового, то толпа начинала кричать что было мочи сразу несколько имен. Когда одно имя восторжествовало над другим, туча шапок взлетала кверху.
Есаулы вводили вновь избранного в средину майдана, где старшины, куренные атаманы, покрывали его шапками и вручал ему палицу или булаву, знак отличия и власти кошевого. Тогда из толпы выходило несколько седых уважаемых запорожцев, которые клали на голову нового кошевого грязь и всякий сор, дабы он помнил, что все казаки ему равны. Кошевой, переодевшись, выходил снова в круг. Головы всех почтительно обнажались, глаза потуплялись в землю и наступала полная тишина. Новый кошевой неторопливо и степенно говорил собранию речь, и одна лишь его шапка алым верхом своим горела под лучами яркого солнца».
Кошевой атаман возглавлял военную и административную власть, утверждал судебные приговоры, занимался дипломатией, распределял трофеи между куренями. Он имел булаву, хоругвь, бунчук, войсковую печать. Ему подчинялась вся старшина.