Если убийство и было дело его рук, то навряд ли мотивом была любовь к невестке, а напротив — его любовь и преданность к брату; если он и следил за своей невесткою, то именно из-за боязни за честь брата».
Тяжело раненный Охотников подал 27 октября 1806 года прошение об отставке, «за имеющеюся… грудной болезнью». Поданное по команде прошение доходит до командующего гвардейским корпусом великого князя Константина Павловича, который предписал шефу полка Уварову: «Охотникова лично освидетельствовать в болезни, и действительно ли он к службе неспособен, а что по тому окажется, мне донести». 14 ноября 1806 года Охотников был уволен со службы. Смертельный исход стремительно приближался. Тогда императрица с помощью своей сестры Амалии устроила с ним свидание. В минуту расставания она поцеловала его в губы. Он прошептал в ответ: «Я умираю счастливым, но дайте мне что-нибудь, что я унесу с собою». В качестве последнего дара он получил локон волос Елизаветы Алексеевны, упавший ему на грудь, медальон с ее портретом и памятное кольцо. Умер он 30 января 1807 года. Императрица с сестрой в траурном платье посетила его квартиру. На другой день принцесса Амалия забрала оттуда шкатулку с письмами императрицы, которые ее поклонник завещал ей вернуть. Через шесть месяцев над могилой Охотникова на Лазаревском кладбище Александро-Невской лавры появился надгробный памятник, сооруженный на средства императрицы в виде грота со скульптурой плакальщицы у сломанного дерева с надписью: «Кавалергардского полку штаб-ротмистр Алексей Яковлевич Охотников. Умер 30 января 1807 года на 26-м году от рождения».
Уже после того как Охотников был смертельно ранен, 3 ноября 1806 года на свет появилась дочь императрицы, названная в ее честь Елизаветой, прожившая всего полтора года и умершая 30 апреля 1808 года. Она считалась конечно же дочерью Александра I, но была погребена неподалеку от могилы своего истинного отца — в Благовещенской церкви Александро-Невской лавры.
После этой истории Елизавета Алексеевна еще больше замкнулась в себе. Посол Наполеона в России генерал Савари писал о ней: «Царствующая императрица живет в полном уединении. Она кушает у себя, одна с сестрой принцессой Баденской Амалией, по крайней мере 3 раза в неделю. В другие дни, когда она обедает у императора, она появляется в столовой за минуту до подачи кушанья, удаляется немедленно после кофе и возвращается в свои внутренние комнаты, откуда она высылает даже фрейлину или придворную даму, несущую при ней дежурство».
Трудно сказать, какая роль досталась во всем этом деле Наталье Ивановне Загряжской. Разрывался ли Охотников в своих чувствах между императрицей и ее фрейлиной или последняя была для него лишь временным увлечением? Стала бы она супругой-ширмой или они вместе покинули бы двор, удалившись в деревню, как иногда бывало в завершение подобных историй? Роковой удар кинжалом нарушил планы всех участников этой драмы.
Наталью Ивановну выдали за Николая Афанасьевича Гончарова, тогда камер-юнкера, красавца и наследника значительного состояния, обращенного уже к тому времени в майорат. После ранней смерти старшего брата Дмитрия он остался единственным ребенком Афанасия Николаевича и Надежды Платоновны. Они не чаяли в нем души, дали ему европейское образование, для чего приглашались лучшие учителя, обучавшие его различным наукам и языкам, к которым у него оказались необыкновенные способности. Он в совершенстве овладел французским, английским и немецким, писал стихи. У Николая открылись и незаурядные музыкальные способности — он виртуозно играл на скрипке и виолончели. Среди его гувернеров в Полотняном Заводе оказался и будущий учитель Пушкина, профессор французской словесности в Лицее Давид де Будри, родной брат Жана Поля Марата. Николай Афанасьевич был на 11 лет старше Пушкина. В 1804 году он был зачислен на службу в Коллегию иностранных дел, куда поэт поступил в 1817 году по окончании Лицея. При дворе Гончаров безумно влюбился в Наталью Ивановну.
Венчание состоялось за три дня до смерти Охотникова, 27 января 1807 года в парадной Большой церкви Зимнего дворца во имя Спаса Нерукотворного Образа, устроенной Растрелли в стиле русского барокко. Ее достопримечательностью был древний флорентийский образ Божьей Матери, писанный, по преданию, евангелистом Лукой. А стоило поднять глаза вверх, то взору открывался великолепный живописный плафон «Воскресение Христово» работы итальянского мастера Франческо Фонтебассо (1760).