Создание в самом начале века тайного общества «Башмака», участники которого намеревались осуществить широкую программу антифеодальных действий — от упразднения всякой феодальной зависимости до раздела между крестьянами земель и имущества духовенства, явилось началом открытых выступлений угнетенных масс в обстановке зарождающихся капиталистических отношений и феодальной реакции. Кульминацией таких выступлений стала Великая крестьянская война 1524–1525 гг. Начавшаяся на юге Шварцвальда, война скоро охватила почти всю Германию — от Тироля до Брауншвейга, и накал борьбы был столь силен, что для подавления восставших крестьян буржуазия была вынуждена объединиться с феодалами. Крестьянская война в Германии была, по сути, первой буржуазной революцией, хотя и обреченной на неудачу.
Поражение крестьян имело для страны самые гибельные последствия. Число погибших в сражениях и казненных после поражения крестьян превысило 100 тысяч человек, хозяйство было разорено, крестьяне снова закабалены, а политическая раздробленность еще больше увеличилась.
Широкое общественное движение было подавлено, но стремление к религиозной независимости, отмежевавшееся от революционной борьбы, сохранилось. История утверждения учения Лютера в Германии была недолгой, но бурной. Взошедший на престол Карл V Испанский, внук Максимилиана, вызвал Лютера на заседание имперского сейма в Вормсе. Лютер мужественно защищал свои убеждения и был отпущен с охранной грамотой от императора. Однако уже через месяц сейм принял эдикт, осуждавший Лютера как еретика, тем не менее состоявшийся через пять лет новый сейм в Шпейере решил, что вопрос вероисповедания — дело совести каждого человека. Следующий сейм (1529), также собравшийся в Шпейере, ознаменовался победой католиков, и на нем была провозглашена отмена всех уступок лютеранам, которых они добились на предыдущем сейме. Лютеране заявили протест (отсюда и пошло название «протестанты»), и в это время впервые стало ясно, какую могущественную политическую силу представляет новое религиозное движение.
Начиная с Аугсбургского сейма в 1530 г., на котором протестанты изложили свой символ веры, лютеранство стало быстро распространяться по всей Германии. До этого времени оно было объявлено господствующей религией в Саксонии (1525), Гессене (1527), Брауншвейге (1527), а после 1530 г. лютеранство приняли Бранденбург, Люнебург, Ангальт, а также города Нюрнберг и Ретлинген. По приблизительным данным, к 1557 г. 70 % всех немцев принадлежали к лютеранскому вероисповеданию. Тем не менее еще около столетия в Германии бушевали религиозные распри, нередко приводившие к вооруженным стычкам и войнам между немецкими князьями. Весь период царствования Карла V прошел в непрекращающихся столкновениях с его собственными вассалами, в результате чего он был вынужден отречься от престола в пользу своего брата Фердинанда I. В 1555 г. был заключен Аугсбургский религиозный мир, обеспечивший протестантам свободу вероисповедания наравне с католиками. При сыне Фердинанда, Максимилиане II, протестантство получило дальнейшее распространение, главным образом в Австрии и Богемии.
С воцарением на троне Священной Римской империи сына Максимилиана, Рудольфа II (1576–1612), который будет для нас особенно интересен, поскольку при его дворе работали в качестве имперских математиков Тихо Браге и Иоганн Кеплер, в Германии началась эпоха контрреформации. Одним из главных орудий контрреформации был орден иезуитов, основанный в 1539 г. Игнатием Лойолой. Молодой император целиком находился под влиянием иезуитов и в своем стремлении покончить с протестантами заручился поддержкой наиболее влиятельных немецких феодалов — Фердинанда Штирийского и Максимилиана Баварского. Однако положение Рудольфа в своем родном королевстве — Богемии оказалось настолько шатким, что он был вынужден дать чехам свободу вероисповедания («грамота величества», 1609 г.). Но и после этого акта власть императора оставалась под угрозой падения, и вскоре он вынужден был отречься от чешского престола.