Зоология и ботаника встречались на описательном уровне в многочисленных рассказах о флоре и фауне Америк. Главным образом это были книги о путешествиях, и они открыли целый мир новых животных и растений, подстегнув любопытство и существенно расширив список трав в стандартной фармакопее. Самые ранние примеры книг этого жанра – испанские рассказы о Южной Америке, в первую очередь о Перу, часто носившие пропагандистский характер. Поэтому они не слишком надежны, но содержат первые описания таких растений, как табак, маис, картофель, ананас и т. д., которые очень быстро стали важными составными частями европейской фармакологии, а позднее и пищи европейцев. Взять, к примеру, «Историю Индий» (History of Indies) Овьедо-и-Вальдеса (1478–1557), подготовленную после его сорокапятилетнего пребывания там. Это рассказ о новом мире испанских колоний, демонстрирующий наблюдательность, но также и доверчивость автора. В нем описаны каучуковое дерево, перуанский картофель, табак, который уже ввозился в Испанию как лекарство. Первое иллюстрированное и достаточно подробное описание табака можно найти в труде Николаса Монарда (1493–1588). Впервые это произведение было опубликовано в 1569 году, но лучше всего оно известно в английском переводе 1577 года под замечательным названием «Радостные новости из недавно найденного мира» (Joyfull Newes out of the Newefound World). Там больше естественной истории, чем в других рассказах, а также описано много полезных медицинских растений, травы, кора, а также экзотических животных, таких как армадилл (броненосец). Монард был скорее натуралистом, чем путешественником.
Более полным, хотя и чисто описательным, является интересный и благожелательный рассказ о Перу и Мексике иезуита Хосе д’Акоста. Его «Естественная и нравственная история Индий» (1590) касалась, как и подразумевает заголовок, страны и ее обитателей: ботанических, зоологических и человеческих. В книгу вошло большинство экзотических растений и животных региона, включая, к примеру, кошенильных насекомых, паразитирующих на колючей груше, которые впоследствии явились источником красной краски для европейских тканей. Акоста также интересовался особенностями климата, отметив, что в Западном полушарии солнце, судя по всему, не такое жаркое на экваторе, как в Африке, и дал комментарии относительно перемены времен года, обнаруженной ниже экватора. Еще более любопытной проблемой было происхождение американских индейцев, впрочем, как и само существование Нового Света. Акоста взглянул на проблему прямо: то, что свидетельствуют ощущения, отрицают общепринятые авторитетные источники. Многие Отцы Церкви, несомненно, отрицали существование антиподов, и древние (за исключением Платона) не знали о существовании других континентов, кроме Европы, Азии и Африки. Необходимо принять как факт их подверженность ошибкам. Еще хуже обстояли дела с обитателями Нового Света – людьми и животными.
Считать, что индейцы были предшественниками Адама, значит, попирать авторитет Библии – такого Акоста не мог себе позволить. Кроме того, Всемирный потоп, несомненно, затронул всю поверхность земли и должен был погубить обитателей Америк, как и население всех остальных частей света. Некоторые предполагали, что индейцы – это десять потерянных колен Израилевых. Данную гипотезу Акоста отвергал, основываясь на их культурных традициях. Он отметил, что они не умеют писать, как древние евреи, не совершают обрезания и (для него это был решающий аргумент) не проявляют любви к серебру. Даже за тысячу лет, считал он, невозможно утратить столь характерные укоренившиеся обычаи. Поэтому он сделал вполне обоснованный вывод, что индийцы когда-то пришли из Азии по сухопутному мосту, который, должно быть, находился севернее или южнее исследованных прибрежных регионов.
Северная Америка нигде не представлена так живо и подробно, как в испанских книгах того периода. Можно упомянуть разве что рассказ о Вирджинии, написанный математиком Томасом Гариотом для Уолтера Рэли, опубликованный в 1588 году «Краткий и правдивый отчет о найденной земле Вирджинии» (A Briefe and True Report of the New Found Land of Virginia). В нем есть некоторые сведения о флоре и фауне, но в целом рассказ очень короткий. Одним из первых колонистов Вирджинии был Джон Уайт, собравший великолепно исполненные и точные акварели туземцев, растений, рыб, птиц, насекомых и рептилий. Гравюры с этих рисунков использовались для иллюстрации второго издания книги Гариота в 1590 году.