Ясно, что в XVI веке ботаника и зоология оставались в основном описательными науками. Некоторые зоологи уже приступили к изучению анатомии и существенно продвинулись в этом направлении, но лишь для того, чтобы разъяснить человеческую анатомию – так же как физиология животных пока еще являлась вспомогательной для физиологии человека, и разница между ними не учитывалась. В ботанике даже таксономия не распространилась широко: ученые или перечисляли растения в алфавитном порядке (на латыни или местных языках), или делили их на несколько крупных групп. Это объяснялось главным образом тем, что ботаники в первую очередь стремились идентифицировать растение, а также описать его возможное применение, что поможет другим сделать то же самое. Строго утилитарный подход не оставлял места для чистой науки. Об альтернативном подходе никто не думал. И лишь немногие ученые понимали роль чистой науки. Ботаник из Богемии Адам Залужански в 1592 году писал: «Вошло в привычку связывать медицину и ботанику, однако научный подход требует, чтобы в каждом искусстве теория была отделена от практики: с ними следует разобраться по отдельности, прежде чем объединять. Поэтому чтобы ботаника, которая является отдельной ветвью натурфилософии, стала самостоятельной наукой, ее необходимо отделить и освободить от гнета медицины»[15].
Залужански следовал собственным рекомендациям. Он анализировал растения, разделяя их на низшие и высшие формы (менее и более упорядоченные), и попытался категоризировать степень упорядоченности, исходя из сложности листа, но большого успеха не добился.
Группа гуманистов-реакционеров также считала, что ботаника не должна быть чисто описательной наукой. Они больше хотели спасти ботанику от представлений Диоскорида, чтобы восстановить ее (якобы) аристотелевскую чистоту, чем рассматривать проблему de novo. Некоторые результаты, конечно, были, но очень далекие от традиционной ботаники. Самым заметным представителем этой группы был Андреа Цезальпин (Чезальпино) (1519–1603). Цезальпин получил медицинское образование в Пизе и в 1549 году, став доктором медицины, получил должность профессора фармакологии. Но его труды не были чисто медицинскими. Две его основные книги – «Шестнадцать книг о растениях» (Sixteen Books on Plants, 1583) и «Вопросы перипатетики» (Questiones Peripateticae Libri, V, 1588) – трактуют ботанику по-аристотелевски. В «Вопросах перипатетики» Цезальпин развил общую теорию природы, основанную на попытке реформировать все отрасли науки, не только биологической, отвергнув поздние взгляды ради аристотелевских доктрин. Даже Гален и Птолемей оказались недостаточно совершенными. Убежденный, что аристотелевские доктрины формы и материи могут дать всеобъемлющий принцип, необходимый для организации природы, Цезальпин применил эти доктрины к биологии, стремясь прийти к более твердому убеждению, чем Аристотель, об абсолютной непрерывности в природе. Цезальпин утверждал, что, поскольку живая материя (высокоорганизованная или нет) содержит один живой элемент, каждое живое существо должно иметь один неделимый живой элемент, помещенный в некоем определенном месте организма. Понятно, что у высших животных этот элемент находится в сердце, которое является центром. Без сердца животное умирает. Низшие животные и растения, которые живут даже в разделенном состоянии, имеют менее централизованную структуру. Цезальпин решил, руководствуясь несколько иными причинами, что центр растения – так называемый воротник корня, место, в котором соединяются стебель и корень. Но это центр только in actu, то есть в любой данный момент. In potentia центр может быть где угодно. Ведь можно сделать отросток, из которого вырастает новый индивид, и у него жизненный центр снова будет там, где соединяется корень и стебель. Опять-таки, поскольку есть единый жизненный элемент для животных и растений, вся живая материя должна быть организована по одному основополагающему образцу, так что части растений должны соответствовать органам животных. На основании этого принципа корень растения соответствует пищеварительной системе, мякоть – кишкам, стебель и цветоножка – репродуктивной системе, а плод – эмбриону. (Одновременно Цезальпин отвергал сексуальность растений.) Таким образом, каждый орган имеет свою специфическую функцию и применение. На основании сказанного Цезальпин сделал вывод, что листья существуют, чтобы защищать плод.