Спірним питанням є розгляд справ за участю ще не створеної юридичної особи. Так, Закон України «Про державну реєстрацію юридичних осіб та фізичних осіб — підприємців» передбачає, що відмова у проведенні державної реєстрації юридичної особи може бути оскаржено у суді, проте підвідомчість не визначена. Оскільки утворення ще не є юридичною особою, тому що Цивільний кодекс передбачає, що «юридична особа — це організація, створена та зареєстрована у встановленому законом порядку», виникало питання про оскарження відмови державного реєстратора у порядку цивільного чи господарського судочинства. Ця проблему знято із вступом у силу Кодексу адміністративного судочинства, адже державний реєстратор є суб’єктом владних повноважень.
Проте невирішеною залишається проблема розмежування розгляду справ із участю ще не зареєстрованих юридичних осіб та суб’єктів господарської діяльності. Наприклад, справи про визнання недійсними рішень установчих зборів акціонерного товариства. Судова практика також неоднозначно вирішує це питання: воно розглядається і у порядку господарського провадження, оскільки стаття 12 ГПК передбачає право оскарження актів підприємств, установ, організацій, та у порядку цивільного провадження, тому що засновники акціонерного товариства проводять установчі збори до моменту його державної реєстрації, тобто визнання юридичною особою. Порядок проведення та умови установчих зборів акціонерного товариства визначені у Цивільному кодексі, Господарському кодексі, Законі України «Про господарські товариства», вони є особливим утворенням і першим органом товариства. Проте не можуть визнаватись органом управління юридичної особи, оскільки вона як така до державної реєстрації правовим порядком не визнається. Водночас це не означає, що ці відносини не підвідомчі судовій юрисдикції.
У літературі давно обговорюється застосування положень Цивільного кодексу щодо договорів про спільну діяльність до засновницьких договорів у АТ. Вперше заперечив цю тезу Вищий господарський суд у п. 3 роз’яснення «Про деякі питання практики вирішення спорів, пов’язаних з укладанням та виконанням договорів про сумісну діяльність» від 28.04.95 р., визначивши, що створення суб’єктами господарської діяльності спільного підприємства, господарського товариства, тобто окремої юридичної особи, регулюється не договором про сумісну діяльність, а іншими нормами чинного законодавства. Цивільний кодекс України також дотримується позиції, що договори про спільну діяльність передбачають діяльність без створення юридичної особи. Проте природа засновницького договору є цивільною, регулює відносини між особами, а не діяльність уже створеної юридичної особи, тому такі справи мають бути підвідомчі загальним судам.
Вищий господарський суд висловлює позицію, що справи за заявами засновників ще не створеної юридичної особи мають розглядатись загальним судом. Такими були правила визначення підвідомчості справ про оскарження відмови у реєстрації об’єднань громадян, господарських товариств, інших юридичних осіб, які сьогодні розглядаються у порядку Кодексу адміністративного судочинства.
8. Частина 2 коментованої статті робить відсилання до норм процесуального законодавства, якими може бути визначено, що ця категорія справ розглядається у порядку Цивільного процесуального кодексу.
Статтями 16, 17 Закону України «Про свободу совісті та релігійні організації» передбачено, що справи про припинення діяльності релігійної організації за заявою органу, уповноваженого здійснювати реєстрацію статуту релігійної організації або прокурора, а також щодо оскарження рішення державних органів з питань володіння та користування культовими будівлями і майном, розглядаються у порядку, встановленому ЦПК.
У відповідності із ч. 1 ст. 26 Закону України «Про режим іноземного інвестування» спори між іноземними інвесторами і державою щодо державного регулювання іноземних інвестицій та діяльності підприємств з іноземними інвестиціями підлягають розгляду в судах, якщо інше не визначено міжнародними договорами України. Президія Вищого господарського суду України у п. 20 Рекомендацій від 27.06.2007 р. № 04-5/120 «Про деякі питання підвідомчості і підсудності справ господарським судам» зазначила, що за змістом статей 1 та 12 ГПК України господарським судам підвідомчі справи у відповідних спорах, якщо інше не визначено міжнародними договорами України. Усі інші спори підлягають розгляду у судах України або за домовленістю сторін — у третейських судах, у тому числі за кордоном.