В декабре 1921 года председателя Гомельской ГубЧК Николая Волленберга перевели в Стерлитамак на аналогичную должность в ЧК Башкирской автономной республики. Вместе с собой он, как это бывает во все времена, пожелал взять своих подчиненных, в том числе своих заместителей — начальника секретно-оперативной части Владимира Алексеева и Наума Эйтингона. Закончился первый период службы Эйтингона. Молодой чекист познакомился в Гомеле с председателем ВЧК — Феликсом Эдмундовичем Дзержинским (утверждения некоторых авторов, относящих их первую встречу ко времени побега Дзержинского из ссылки, неверны: последний, третий побег Феликса Эдмундовича из Сибири состоялся в 1909 году, когда Эйтингону было 10 лет, да и маршрут беглого ссыльного не проходил через Шклов).
Новое назначение Эйтингона несколько застопорилось. В Москве, куда он прибыл для утверждения, вопрос решился положительно. Однако сразу выехать ему не удалось — открылась рана и он еще два месяца пролежал в Москве в госпитале. Боли в ноге и легкая хромота остались до конца жизни.
Башкирия
После выздоровления в марте 1922 года Эйтингон выехал в Стерлитамак, где и приступил к выполнению обязанностей члена коллегии Башкирского отдела ГПУ. Вскоре башкирские чекисты вместе с правительством республики переехали в Уфу — новую столицу автономии.
Вновь рассказы современников: увидев по приезде в Уфу вооруженную охрану вокруг здания ГПУ, Эйтингон сказал:
«Да уберите вы пулеметы к … матери. Вы же на авторитет бандитов работаете. Их просто в город не надо пускать, а уничтожать, где мы наметим».
Но бандитизм, политический и уголовный, не был единственной головной болью для башкирских чекистов. Ситуация в этой республике была одной из сложнейших в молодых советских автономиях, уступая, как всегда, лишь Северному Кавказу.
Источником обострения национального вопроса был вопрос аграрный. Башкирское население было недовольно колонистами-переселенцами, которые получили землю в Башкирии и результате аграрных реформ П. А. Столыпина. Февральская революция 1917 года выплеснула страсти наружу. Новые башкирские национальные лидеры почти всех политических направлений выступили с требованиями территориальной автономии и решения земельного вопроса по формуле «всю землю Башкирии только башкирам», с чем не соглашались волжские татары, настаивавшие на экстерриториальной автономии российских мусульман и национализации всей земли. Башкирские лидеры, которые опасались татар, экономически более развитых, в июле 1917 года организовали свой первый всебашкирский съезд в Оренбурге, где присутствовало 70 делегатов. Лидером башкирского национального движения стал 27-летний сын сельского муллы, получивший хорошее образование, преподаватель медресе, ученый и политик Ахмет-Заки Вапидов. Под лозунгами создания национально-территориальной автономии, организации башкирской армии, возвращения башкирам всех земель, приобретенных поселенцами после 1898 года, в ноябре 1917 года Башкирское Шуро (Совет) в Оренбурге объявило о создании «Малой Башкирии», куда вошли районы Пермской, Оренбургской и Уфимской губерний. В гражданской войне башкирские националисты первоначально поддержали эсеровско-меньшевистское правительство в Самаре, затем, после его разгона, примкнули к адмиралу Колчаку. Убедившись, что белые генералы автономию башкирам (и другим национальным меньшинствам) «видели в гробу», вооруженные формирования валидовцев перешли на сторону Красной Армии, что способствовало разгрому белых на Урале. В результате в марте 1919 года по договору между Совнаркомом РСФСР и Башкирским Шуро появилась первая автономная республика в составе РСФСР — Башкирская АССР, столицей которой был тогда (до июня 1922 года) Стерлитамак. Валидов возглавил Башкирский ревком, а вскоре вступил в РКП(б). Уфимская губерния осталась в составе РСФСР.