Летом 1919 года в Башкирии по инициативе коммунистов-башкир было учреждено «Временное центральное бюро коммунистов Башкирии», независимое от РКП (б). Ответ на просьбу о признании со стороны Москвы был отрицательный — ЦК РКП(б) не одобрил организацию независимой партии. В ноябре 1919 года на первой Башкирской областной партийной конференции было объявлено, что «башкирская партийная организация есть областная партийная организация». В Москве отношение к Башкирии ухудшалось. 23 октября 1919 года на заседании Политбюро ЦК РКП(б) председатель ВЧК Ф. Э. Дзержинский заявил о ненормальных отношениях между советскими и партийными органами Уфимской губернии и Башревкомом, обвинив при этом правительство Валидова в контрреволюционной деятельности.
Еще одной миной замедленного действия был вопрос о создании объединенной Татаро-Башкирской Республики. Декрет об этом был принят еще в марте 1918 года народным комиссариатом по делам национальностей, бессменным наркомом которого был Иосиф Виссарионович Сталин, и очень не понравился башкирским лидерам, опасавшимся «татарского империализма». И хотя декрет из-за развернувшейся в регионе гражданской войны не был реализован, а решением Политбюро в декабре 1919 года и вовсе отменен, антитатарские и антирусские настроения среди башкир усилились. Плюс к этому Москвой был отвергнут предложенный башкирскими лидерами проект Башкиро-Казахской Федерации, альтернативный уже отмененной Татаро-Башкирской Республике. Последовавшее вскоре обычное вроде бы кадровое назначение вызвало политический взрыв.
Решением обкома партии 13 января 1920 года председателем Башкирской ЧК был назначен (без согласия Башкирского ревкома) Мурзабулатов, татарин по национальности. В тот же день правительство БАССР отменило решение обкома, обвинив парторганизацию в превышении своих полномочий за счет ревкома. Далее, в ночь с 15 на 16 января 1920 года в Стерлитамаке по приказу председателя Башревкома Юмагулова были арестованы два члена обкома РКП(б). На следующий день арестовали всех остальных членов обкома и других ответственных работников (в основном татар), кроме уполномоченного ВЦИК при Башревкоме старого большевика, бывшего депутата IV Государственной Думы Федора Самойлова, а в городе введено патрулирование башкирских войск. Башревком обратился к населению с воззванием, обвинив руководство обкома в желании ликвидировать автономию Башкирии. Такую форму принял конфликт между членами формально одной партии.
После вмешательства Центра (на случай вооруженного сопротивления со стороны ревкома Ленин отправил командующему Туркестанским фронтом Михаилу Фрунзе телеграмму с предписанием соответствующих мер) арестованных освободили, Юмагулова во главе ревкома сменил Валидов (во время январских событий, будучи в Москве, он убеждал Сталина в необходимости изменения политики Кремля в Башкирии), из Уфы прислали авторитетного уральского большевика Евгения Преображенского, а уже работавшему в Уфе кандидату в члены ЦК партии Федору Артему (Сергееву) Политбюро поручило надзирать за ревкомом и (по соглашению с Дзержинским) выполнять обязанности уполномоченного ВЧК по «борьбе с башкирской контрреволюцией», с подчинением ему всех ЧК и особых отделов на территории «Малой» Башкирии и соседних губерний.
Одновременно в середине февраля 1920 г. началось обычное для той эпохи «военного коммунизма» крестьянское восстание в Белебеевском, Бирском и Мензелинском уездах, известное под названием «Черный орел» (под лозунгом «Долой коммунистов, да здравствуют большевики и свободная торговля!»). В результате для разрешения ситуации в марте 1920 года потребовался приезд (из Екатеринбурга) председателя РВС Льва Троцкого, который пришел к соглашению с башкирами, по его же предложению были отозваны в Москву Артем и Преображенский. Тогда же Валидов и его сторонники, вдохновленные успехом, потребовали сформировать Башкирский обком исключительно из коммунистов татарской и башкирской национальностей, и выслать из республики неугодных им партийцев.
5 апреля 1920 года на пленуме ЦК РКП(б) с заявлением о чрезвычайном положении в Башкирии выступил Дзержинский с требованием судить Юмагулова и других инициаторов январского ареста членов Башобкома, отозвать Валидова для дачи показаний в связи с его ультиматумом. Пленум после обсуждения поручил комиссии в составе Сталина, Троцкого и Каменева, Дзержинского и Преображенского заняться «башкирским вопросом». Пленум ЦК постановил, что председатель Башкирской ЧК должен назначаться по соглашению с Башревкомом и ВЧК.