Только небольшую часть «Третьего» снимали в «Юниверсал», а остальное в основном на натуре. Сцены внутри дома Дока в 1955 году снимали в доме Гэмбла в Пасадене, а ту сцену, в которой Марти и Док попадают в кинотеатр для автомобилистов, — в Долине монументов, где когда-то были созданы многие фильмы Джона Форда с Джоном Уэйном. Но большая часть картины была сделана по дороге в Сонору, более чем в трехстах милях к северо-западу от уютных съемочных площадок «Юниверсал». Этот город — не только прекрасный чистый холст, на котором кинематографисты могут создать свое полотно, но еще и проверенная площадка. К тому моменту, когда по ней проехали колеса ДеЛориана, здесь уже были сняты сотни фильмов и телесериалов, включая «Бонанцу» и «Одинокого рейнджера».
Самым напряженным для создателей фильма оказалось начало съемок. Когда началось производство «Третьего», Артур Шмидт и Гарри Кера-мидас распределили между собой обязанности, чтобы лучше разделять и властвовать, так как оба сиквела монтировались одновременно. Сначала они оба приехали в Сонору, где Земекис работал с ними над окончательным вариантом монтажа того, что теперь называли «Назад в будущее-2», но ему трудно было на этом сосредоточиться. Он снимал днем, а по вечерам и выходным сидел со своими монтажерами. Было здорово, что они приехали к нему, но голова Земекиса была занята другим, и он это знал. Монтажеры тоже это знали, но поделать с этим ничего было нельзя. Теперь они снова бежали наперегонки со временем, стараясь успеть уже не к одной, а сразу к двум датам выпуска.
Через некоторое время Арти уехал в Лос-Анджелес, чтобы принять участие в озвучивании второй части, а Гарри остался в Северной Калифорнии, собирая главную сцену части третьей, — сложный и длинный, снимавшийся в течение нескольких недель эпизод, действие которого разворачивается на старинном паровозе. До этого режиссеру приходилось нелегко, но теперь стало еще труднее. Когда закончился марафон «Семейных уз», Майкл Дж. Фокс наслаждался возможностью играть паренька из восьмидесятых, ставшего ковбоем, и не проводить все дни, изображая Алекса П. Китона. Но теперь уже Земекису приходилось долго ездить на работу, и на этот раз с транспортом все было куда сложнее, чем во времена простых перевозок в студийном фургоне. В течение трех недель Боб 3. каждый день снимал важнейший эпизод с поездом, а Боб Г. в Лос-Анджелесе следил за озвучкой второй части. Когда к вечеру дела на железной дороге заканчивались, режиссер садился на частный самолет и летел на юг, в аэропорту в Бербанке его встречал водитель и вез в студию в театре Хичкока на «Юниверсал». Там Земекис ужинал, просматривал материалы, которые были приготовлены за день, и записывал свои замечания. Он ночевал в отеле Шератон Юниверсал, утром его отвозили в аэропорт Бербанка, и он возвращался на Дикий Запад, а потом все повторялось сначала. Через несколько недель в Сан-Хосе начались предварительные просмотры второй части. Для окончательного завершения фильма потребовался дополнительный монтаж, а тем временем продолжалась работа над «Третьим».
Когда некоторым зрителям не понравилась вторая часть, Земекис не очень удивился. Это был совершенно другой фильм — более мрачный, — но и более утонченный. «Когда я говорю, что он пострадал от монтажа, я не имею в виду, что фильм должен был быть короче или длиннее, — объясняет Земекис. — У меня просто не было достаточно времени, чтобы участвовать в монтаже. Это очень деликатный процесс, для каждой картины свой. Если у тебя слишком много времени на монтаж, то может начаться саморазрушение, но если времени не хватает, то ты можешь не найти нужный ритм. Тебе не хватает времени, чтобы все созрело, а это необходимо; но если у тебя слишком много времени — то ты можешь начать размышлять о том, что тебя не должно волновать. Я чувствовал, что мне не хватило времени, но это не значит, что я вырезал бы больше материала. Может быть, я оставил бы больше пространства для дыхания. У меня просто не было времени в последний раз все чуть-чуть отполировать, потому что мы были слишком заняты и снимали другой огромный фильм».
«Это время было крайне сложным для творчества Боба, — вспоминает Артур Шмидт, — он очень много всего должен был делать. Может быть, от этого немного пострадал „Назад в будущее-2“. У него просто не было столько времени, как обычно, и столько, сколько он любит, на пост-продакшен и на монтаж. Теперь, оглядываясь обратно и оценивая все более объективно, я могу сказать: жаль, что у меня не было больше времени, иначе я сделал бы это, и изменил бы это. Что-то я сделал бы ярче».