И ВОТ в XX веке, в Америке, в Сан–Франциско, Евгений оказался живым свидетелем гонений, которым подвергся современный святой. Горькая то была для Владыки пора. События эти безмерно ускорили его кончину (тремя годами позже). Кульминацией всего стал публичный процесс над ним в Верховном Суде города и округа Сан–Франциско по обвинению его и некоторых других в проведении незаконных церковных выборов и растрате церковной казны.
Нападки на архиепископа исходили со стороны старого приходского совета собора, но, как могли понять Евгений с Глебом, всё действо активно подогревалось «братьями» — епископами из той же Русской Зарубежной Церкви. В приходской совет входили сторонники архиеп. Антония Лос–Анжелесского, члена иерархической группировки, бывшего управляющего Сан–Францисской епархией. Эти церковники старались опорочить Владыку Иоанна и помешать ему как первопреемнику занять пост первоиерарха на смену болящему митроп. Анастасию.
Когда архиеп. Иоанн принимал дела в Сан–Франциско, тогдашний приходской совет, верный архиеп. Антонию Лос–Анжелесскому, не дал ему ознакомиться с финансовыми отчетами, а когда он всё‑таки получил их на собрании совета (хотя кто‑то и пытался вырвать бумаги прямо из его рук), нашел много нарушений.
В начале следующего года Владыка записал: «Великий Пост в Сан–Франциско прошел при большом количестве молящихся и говеющих, и Пасха была встречена с великим духовным подъемом. Взаимоотношения в пастве заметно сглаживались и о прошлогодних конфликтах говорили уже как о «бывших»». Владыка призвал возобновить строительство нового собора, и вскоре после Светлого Христова Воскресения начался сбор пожертвований.
Дела пошли на лад, но тут в приходском совете появились недовольные. При поддержке архиеп. Антония они попытались остановить строительство и сместить архиеп. Иоанна. Поначалу сочинили жалобу на Владыку, эту бумагу разослали епископам и клиру по всему свободному миру. В первую очередь его обвинили в «коммунистических симпатиях» и «приверженности красным», т. к. служа в Шанхае, он поминал Патриарха Московского и одобрил желание одного из своих прихожан вернуться в Советский Союз.
В жалобе ссылались также на «общую неуравновешенность» Владыки Иоанна, «озабоченного лишь духовными делами», и на то, что он не следит за расходованием средств, собранных для строительства собора.
Этот «документ» опубликовали в русскоязычной газете «Русская жизнь» и даже упомянули о нем в одном из ведущих изданий «Хроника Сан–Франциско».
Архиеп. Иоанна неожиданно вызвали в Нью–Йорк в Синод на особое заседание Собора епископов. Обсуждалось положение дел в Сан–Францисской епархии. Враги Владыки из иерархической группировки на основании жалобы приходского совета добились смещения его с позиций правящего архиерея Сан–Франциско, причем самого Владыку даже не пустили на собрание, решавшее его участь — он прождал за дверью более четырех часов.
Новость мгновенно разлетелась по Сан–Франциско, и по возвращении Владыки в аэропорту его ожидали сотни людей. «Возбуждение, — как вспоминает он сам, — было неописуемое». Шум и возмущение продолжались более двух недель, а когда его сторонники обратились в Синод с просьбой изменить свое решение, против них поднялась озверелая кампания, да так, что, по словам Владыки, «возникла опасность рукопашных столкновений. Я, насколько мог, сдерживал, как и само присутствие несколько сдерживало ревность не по разуму. Но, к глубокому прискорбию, то, что было сделано для водворения мира в пастве в течение четырех месяцев, было разрушено в один день, одним ударом».
Друг архиепископа и первоиерарх, митроп. Анастасий позвонил ему, они проговорили около часа и благодаря влиянию митрополита на следующий день Синод отменил свое постановление. Временные полномочия архиеп. Иоанна в Сан–Франциско продлили еще на шесть месяцев. Но всё происходящее ясно показало врагам Владыки — у них есть надежная опора в лице чрезвычайно влиятельных епископов. И они, естественно, пошли дальше.