Связь между Екатериной Медичи и провансальским астрологом была настолько тесной (она назначила его лечащим врачом Карла IX], что та доверила ему «тайные протоколы». Нострадамус — это очевидно, если сравнить оба текста (Иоганна из Иерусалима и Нострадамуса], - вывел из них собственные предсказания. Этим он нарушил тайну, время раскрыть которую тогда ещё не пришло. Силы, которые он освободил таким образом, направились против него самого: его сын Мишель Нострадамус Младший был убит и сожжён возмущёнными людьми после того, как поджёг городок Пузен близ Привы в Севеннах. Он хотел доказать, что был прав, когда предсказывал разрушение города огнём. Третий экземпляр «тайных протоколов» исчез вместе с Мишелем Нострадамусом Младшим. Вероятно, его бросили в костёр вместе со лживым сыном кощунствующего отца. Известны ещё четыре экземпляра рукописей, причём так и не установлено, какой из них — оригинал. Их также невозможно отличить от копий, которые были выполнены самим Иоганном из Иерусалима или по его указанию. Похоже, что все семь экземпляров вышли из-под пера самого Иоганна. Досадно, что нельзя сравнить отдельные рукописи друг с другом, чтобы узнать о возможных различиях их текстов. Быть может, это оригинал одного из двух экземпляров из четырёх ещё не найденных. Один экземпляр Иоганн передал Мастеру с Востока, который во время поездки останавливался в Иерусалиме.
Такие «научные командировки» предпринимали с античных времён «посвящённые мудрецы» Тибета к берегам Ганга, а оттуда — к Средиземному морю. Во второй половине своей жизни они отправлялись в путь к чистым высотам медитации и заканчивали своё совершенствование в молчании и неподвижности, отказываясь от беспокойства мира и движения, присущего живым существам. Таким путём одна из рукописей Иоганна из Иерусалима попала в Азию. Куда именно — неизвестно, и об её участи ничего определённого сказать нельзя.
О втором исчезнувшем экземпляре мы знаем только то, что несколько десятилетий он находился в архивах Византии. Задолго до крушения Восточной Римской империи, в 1453 году, он был передан, возможно, по воле Иоганна из Иерусалима, греческому монаху, одному из тех отшельников, которые, как птица, «вьют гнёзда» высоко в скалах и, таким образом, находятся как бы на наблюдательном посту веры, высоко над людскими страстями и рядом с небом. Может быть, эта книга пророчеств ещё находится в одной из ниш между небом и землёй на горе Атос? Может быть, и другие рукописи Иоганна из Иерусалима, о которых мы ещё не знаем, скрыты в архивах? Определённого ответа на этот вопрос сегодня нет. С помощью рукописи XIV века, найденной в Троице-Сергиевой лавре, можно было бы, хотя сведения и крайне скудны, проследить путь каждой отдельной рукописи Иоганна с самого начала. В ней есть также свидетельство того, что в Византии находилась вторая рукопись с заголовком «Тайные протоколы пророчеств». В более позднем тексте XVI столетия монахи упоминали, что эта ценная рукопись по случаю попала в их монастырь (лавру). Здесь «под защитой веры нашли себе убежище люди с письменами, в том числе с «тайными протоколами«, которые сообщают о том, какая участь ждёт людей, когда начнётся тысячелетие, пришедшее на смену другому…» О местонахождении шестого экземпляра рукописи Иоганна нет никаких сведений. Он исчез. Все те, кто интересовался этим вопросом, придерживаются мнения, что в 1918 году рукопись была конфискована большевиками, когда во время Гражданской войны начались преследования и гонения на православную церковь, а затем утрачена. Возможно, что конфискация архива Троице-Сергиевой лавры была произведена с целью изъятия именно «тайных протоколов», так как Иоганн из Иерусалима не предрекал, что третье тысячелетие станет временем триумфа коммунизма. Ленин же и его соратники видели успех общества, созданного по большевистской модели, уже в XX веке. Конечно, мы далеки от мысли, чтобы выражать благодарность работникам НКВД, сохранившим (не специально для потомков, конечно!) седьмой, и последний, экземпляр книги Иоганна из Иерусалима. Он находился в архивах КГБ, на Лубянке. «Тайные протоколы» были обнаружены при просмотре описей, в которые могли быть включены названия религиозных книг. Имя автора, вероятно, стало причиной того, что она находилась вместе с рукописями Русской православной церкви. И всё же седьмой экземпляр попал туда не из православного монастыря. Путь рукописи был зафиксирован с педантичной точностью, которой славились сотрудники НКВД. Книга была конфискована в Берлине, в бункере Гитлера.