2 августа сапожковцы приблизились к линии железной дороги Красный Кут — Новоузенск — Александров Гай. Для усиления обороны названного участка дополнительно было выделено 290 человек с тремя пулеметами. Общее командование всеми действующими отрядами в этом районе было возложено на командира 68-й татарской бригады. И хотя оставшиеся у Сапожкова войска даже с натяжкой нельзя было назвать дивизией, он не сдавался. Отчаянность положения только увеличивала ярость сопротивления. К тому же его отряды пополнялись по ходу движения антисоветскими элементами из местного населения.
В. И. Ленин 2 августа 1920 года по прямому проводу направил телеграмму, в которой дал указание ревкому Уральской области и Саратовскому губисполкому принять совместные срочные и самые решительные меры к быстрейшему разгрому мятежников.
Выполняя его указания, партийные и советские органы провели ряд радикальных мероприятий. На ликвидацию мятежа командование Заволжского военного округа дополнительно направило подразделения Самарских и Оренбургских пехотных и кавалерийских курсов, а также некоторые другие воинские части.
Самарским, Саратовским, Оренбургским губкомами РКП(б) было принято решение все вновь прибывшие части, а также ранее действовавшие здесь войска сосредоточить в трех уездах: Пугачевском, Бузулукском и Уральском. На этом этапе общее командование по ликвидации сапожковщины возглавил командующий Заволжским военным округом К. А. Авксентьевский.
Саратовский губком РКП(б) и губисполком создали ревком в Новоузенске, выделили 20 человек ответственных партийных и советских работников во главе с членом президиума губкома, уездная ЧК получила соответствующие директивы и дополнительные указания, рекомендации и советы. Кроме того, председатель Саратовской ЧК Петров направил в Новоузенский уезд 31 сотрудника ЧК. Они стали настоящей грозой для контрреволюционеров, выявили десятки сапожковских агентов, арестовали большое число активно действующих в уездах эсеров.
Вопрос о борьбе с сапожковщиной специально рассматривался и Самарским губкомом РКП(б) 5 августа 1920 года. Это было связано с тем, что мятеж к тому времени растекался вширь, охватив почти все волости Бузулукского, Новоузенского, Самарского и Пугачевского уездов. Местное население подвергалось жестоким избиениям и пыткам, у многих отбиралось имущество, скот, бандиты убивали партийных и советских руководителей. Агенты Сапожкова рыскали по уездам, собирая в свои ряды недовольных Советской властью, вели контрреволюционную агитацию. Требовалось немедленное разоблачение его агентов, а сотрудников ЧК было крайне мало. На заседании пленума губкома РКП(б) председателем губчека был назначен А. Альберт, а 2 августа 1920 года создана коллегия из пяти человек, в которую вошли А. Альберт, И. Слепченко, В. Беляев, П. Селезнев, П. Чаркин. В губчека была направлена группа партийных работников из состава губкома партии и губисполкома. Контрразведку в Пугачевском уезде против банды Сапожкова возглавил самарский чекист В. Яковлев-Семенов.
Стояли жаркие августовские дни.
«Даже птицы не вылетали, — писала местная газета, — боясь обжечь свои крылья, а бандиты сапожковцы творили свое грязное дело, не прекращая своих враждебных выпадов».
Так, 6 августа они внезапно совершили налет на город Новоузенск. И хотя после непродолжительной перестрелки атака противника была отбита, а преследуемый нашими войсками, потерявший весь обоз и большую часть своих сил Сапожков с жалкими остатками вынужден был скрыться в камышах, борьба не была окончена.
Оправившись от нанесенного удара, Сапожков объединил вокруг себя недовольных Советской властью, в основном дезертиров, и совершил нападение на два отряда наших войск, захватил в плен несколько бойцов, орудие и пулеметы. 18 августа в 5 часов утра Сапожков с тремя кавалерийскими эскадронами и сотней пехотинцев при трех орудиях и нескольких пулеметах повел наступление уже на станцию Новоузенск. Не выдержав сильного артиллерийского обстрела противника, некоторые воины местного гарнизона дрогнули. Видя это, командир 3-й роты ВОХР Самарин быстро собрал разбегавшихся красноармейцев и повел их на противника, сам находясь в передовой цепи. Стремительной и внезапной атакой, мощным ружейно-пулеметным огнем при поддержке артиллерии, двух бронелетучек наши бойцы к полудню вынудили противника отступить.
В результате инициативных и энергичных боевых действий частей Красной Армии, внутренних войск и отрядов ЧОН преследуемая банда Сапожкова постепенно таяла: от нее после августовских боев осталось всего 60—80 человек. А 6 сентября эти остатки были настигнуты у озера Бак-Баул и полностью уничтожены. Сам Сапожков был убит.