Удо сравнил фрагменты ДНК с геномом человека и шимпанзе. Это было не очень трудно, так как мы пользовались методиками Эдриана для устранения большинства ошибок. Удо предупредил, что сравнение только предварительное. Несмотря на это, мы ознакомили консорциум с информацией Удо. Вскоре после отправки в журнал окончательного варианта статьи по мтДНК Ник Паттерсон прислал предварительный анализ предварительных результатов Удо. Прочитав его, я мысленно произнес слова благодарности рецензенту, убедившему меня не спешить с названием нового вида. Ник сделал два открытия.
Во-первых, он обнаружил, что геном из денисовского пальца ближе к неандертальцам, чем к современным людям. Разница между денисовским и неандертальским геномами оказалась всего чуть больше, чем различия геномов современных людей — если, например, сравнивать ДНК папуасов Новой Гвинеи и африканских бушменов. Картина выходила совсем не та, что представлялась по сравнениям одних только мтДНК. И первое, что пришло в голову: приток генов неких архаичных форм гоминин из Азии привнес соответствующую мтДНК в геном денисовского человека. В конце концов, не мы ли только что доказали, что неандертальцы скрещивались с современным человеком? Почему бы и здесь не предположить генетический обмен? Однако с выводами спешить не следовало.
Второе открытие Ника оказалось еще более неожиданным. У человека из Денисовой пещеры было больше одинаковых мутантных аллелей (СНИПов) с папуасами, чем с китайцами, европейцами или с двумя африканскими индивидуумами. Возможно, люди, родственные денисовцам, перемешались с предками папуасов, хотя, учитывая расстояние между Сибирью и Новой Гвинеей, нам опять же не стоило торопиться с выводами. Может быть, мы совершили ряд ошибок, к тому же Удо еще раз напомнил, что геном, составленный им из фрагментов ДНК, строго предварительный. Возможно, что-то пошло не так в сложном компьютерном анализе, и, таким образом, появилось добавочное сходство между геномом неандертальцев и денисовцем, а также между папуасским и денисовским геномами. Также приходилось учитывать, что оба утверждения Ника могли быть ошибочными.
Спустя неделю Эд завершил свой собственный анализ всего массива новой информации. Он почти не нашел фрагментов У-хромосом среди составленных цепочек, так что наша Мисс Икс действительно оказалась женщиной, а если учесть крошечный размер кости, то и вообще девочкой. Отсутствие фрагментов У-хромосом указывало и на низкое количество мужской чужеродной ДНК. Опираясь на различия денисовской, человеческой и неандертальской ДНК, Эд подтвердил выводы Ника: если взять продвинутые, необезьяньи СНИПы, то денисовский геном больше похож на неандертальца, чем на современного человека. Исходя из этого он предположил, что общие предки денисовской девочки и неандертальцев вначале отделились от общей линии, куда входили и предки современных людей, и только затем их пути разошлись, дав начало неандертальцам и денисовцам. Другими словами, неандерталец и денисовская девочка более близки между собой, чем с современным человеком. Вся эта информация заставила нас задать себе несколько важных вопросов, которые стали темой обсуждения на наших пятничных совещаниях в Лейпциге и при телефонных разговорах с Ником, Дэвидом, Монти и остальной командой. Почему денисовская мтДНК так сильно отличается от неандертальской, а ядерный геном — нет, и при этом он ближе к неандертальскому, чем к современному человеческому? Может быть, у денисовской девочки в ближайших предках числились неандертальцы и какая-то более архаичная человеческая форма, например поздний Homo erectus.. . Или может, в денисовском геноме смешались архаичная форма гомининов и человек современного типа? Но похоже, эти гипотезы никуда не годились.