Впоследствии, однако, произошел поворот в неаполитанской политике: наступило время негласного союза с сарацинами, прерванного папой Иоанном VIII. Понтифик приказал привезти в оковах неаполитанского герцога в Рим и казнил его. Некоторое время герцогство было, что называется, на ножах с папством. Конец вражде положила новая кампания борьбы с сарацинскими пиратами. В 902 г. был срыт до основания монастырский комплекс на островке Мегариде, чтобы там не укрепились пираты, сделав его базой для нападений на города Неаполитанского залива. Монахи переселились на Пиццофальконе. В 915 г. соединенные войска Неаполитанского и Капуанского герцогств одержали победу над мусульманами из Траэтто, но командовали объединенными вооруженными силами византийцы, стремившиеся таким вот образом проявить свое присутствие на юге Италии. На целых полвека герцогство оказалось в сфере византийского влияния. На рубеже тысячелетий над герцогством нависла новая опасность: интерес к итальянскому югу, а значит, и к Неаполю, проявил Оттон III. Неаполитанцам пришлось готовиться к борьбе против нового врага.
В 1027 г. герцог Серджо IV за помощь в борьбе против Капуанского княжества подарил графство Аверса дружине нормандских наемников, которой командовал Райнульф Дренго. Так на юге Италии появились выходцы из Нормандии. Сделав это графство своей базой, потомки викингов в течение столетия подчинили весь юг Италии и создали королевство Сицилия. В 1077 г. Неаполь с большим трудом устоял, выдержав двухлетнюю осаду северян, но в 1131 г. герцог Серджо VII вынужден был признать своим сюзереном Рожера II. Однако после пары лет вассалитета герцог Серджо присоединил неаполитанский флот к судам антирожеровской лиги в сражении при Скафати. В 1134 г. неаполитанцы отбросили в море нормандские корабли. Сицилийский король ответил репрессиями. Эту, можно сказать, местную войну приостановило вторжение на земли Юга войск императора Лотаря III. Имперские войска погнали нормандцев на юг, но как только они ушли (октябрь 1137), Рожер II снова захватил Салерно, Авеллино, Беневенто и Капую. Последним капитулировал неаполитанский герцог. Горожане, правда, возмутились и восстали против иностранного монарха. Была образована аристократическая республика, с которой нормандцы расправились только в 1139 г. На долгие столетия Неаполь попал под управление иноземных государей.
Потеря независимости сопровождалась разрушением мифа о самом популярном в Неаполе гражданине: великом поэте Вергилии, бывшем символом автономии города. Нормандцы, заручившись поддержкой Рима, осквернили могилу поэта. Неаполитанцы спрятали урну с останками поэта в замке Кастель делль’Оро, но там ее нашли чужеземцы и тайно перезахоронили в неизвестном месте.
Сицилийское королевство, объединившее самый большой остров в Средиземном море и юг Апеннинского полуострова, было впервые утверждено антипапой Анаклетом II в 1130 г. Официальное, теперь уже законное утверждение произошло в 1139 г. по воле папы Иннокентия II. Столицей королевства до 1195 г. был Неаполь; потом ее перенесли в Палермо. Тем не менее Неаполь, благодаря своему порту, сохранил свое значение. Он был единственным городом полуострова, принятым в Ганзейскую лигу (1164).