Одним из важнейших видов обеспечения операций являлась связь. Развитая система пеленгации у немцев уже зимой 1942–1943 годов не позволяла операторам агентурных передатчиков выходить в эфир дольше, чем на пять минут. До 1 июня 1942 года весь радиообмен СОЕ осуществлялся через центр связи МИ-6, что позволяло разведке быть полностью в курсе проводимых специальных операций и давало Мензису важный рычаг воздействия на конкурента. Ничего особенно угрожающего по этой причине не произошло, но СОЕ, как любая секретная служба, желал иметь полную уверенность в конфиденциальности своей переписки. Кроме того, межведомственная передача радиограмм на 1–2 часа замедляла их вручение адресату, и иногда эта задержка сказывалась весьма негативно. С лета 1942 года СОЕ создал два собственных радиоузла с аппаратурой мощностью по 250 ватт и резервной станцией в 1,5 киловатта. Первоначально агенты получали технически весьма несовершенный приемопередатчик, использовавшийся и МИ-6. Позднее, когда система связи СОЕ полностью отделилась от разведки, их стали снабжать новой радиостанцией весом всего в 1,5 килограмма (без учета батарей). Со второй половины войны британцы смогли наладить надежную схему радиосвязи и укомплектовать ее передовой по тому времени техникой.
С течением времени в СОЕ были разработаны довольно совершенные системы обеспечения безопасности операторов агентурных передатчиков. Одним из методов являлось несение радиовахты во время сеанса связи в городах тремя, четырьмя и даже пятью радистами, использовавшими одну и ту же частоту и готовыми передавать одну и ту же радиограмму. Начинал сеанс один из них. В случае появления в окрестностях радиоквартиры машин с пеленгаторами оператора предупреждали об опасности, он замолкал, а его прослушивавший эфир коллега возобновлял передачу с того же места, на котором она прервалась. При необходимости процедура повторялась еще и еще с новыми операторами. Другим и весьма надежным методом обеспечения безопасности была установка передатчика в пустой квартире и соединение его с ключом по неиспользуемому и достаточно протяженному телефонному кабелю. Конечно, самым распространенным методом обеспечения безопасности было выставление наблюдателей и разработка простых сигналов тревоги. Случались и курьезы. Например, один из агентов-радистов оказался столь увлекающейся натурой, что несколько раз игнорировал предупреждения, продолжал вести передачу и едва избежал ареста. Тогда резидент посадил одного из наблюдателей на крыше дома, из которого велась передача, через форточку провел от него веревку к запястью радиста и распорядился в случае тревоги просто отдергивать руку энтузиаста от ключа. Со временем британцы выработали немало мер, существенно повысивших безопасность агентурной радиосвязи.
С шифрами было сложнее. Первоначально агентов СОЕ снабжали полученными от МИ-6 примитивными шифрами двойной замены, составленными на основе широко известных стихотворений. Руководство разведки высокомерно полагало всех сотрудников примитивными существами, не способными запомнить какой-либо связный текст, за исключением хрестоматийного. Как не переставал указывать руководитель отделения агентурных шифров СОЕ Лео Маркс, эти стихотворения не хуже были известны и немцам, достаточно легко раскрывавшим простые английские шифры. Собственно, даже обстоятельства его первого появления в стенах этой организации свидетельствовали о ненадежности защиты ее переписки с агентами. Маркс являлся своеобразной, самобытной личностью и первый шифр, найденный им среди книг в отцовском магазине, он самостоятельно раскрыл в восьмилетием возрасте. Из-за талантливого, но сложного характера после окончания школы криптоаналитиков его не взяли на работу в ПШКШ и направили в СОЕ, где на первом собеседовании ему поручили расшифровать закрытый текст. Рядовые девушки-криптографы обычно тратили на это не более получаса, и экзаменаторы, которым Маркс вручил открытый текст лишь по истечении семи часов, были весьма разочарованы его способностями. Однако тут же выяснилось, что перед началом испытания ему забыли дать ключ к шифру, и молодой человек вскрыл его самостоятельно, не пользуясь никакими документами! Руководителей шифровальной группы потрясла внезапно выявившаяся столь невысокой стойкость своих шифрсистем, но не меньшее удивление это вызвало и у новичка, едва поверившего, что забрасываемых в тыл противника людей снабжают такими шифрами. Поэтому всю свою деятельность он посвятил укреплению безопасности радиообмена центра с агентами. Маркс нажил немало врагов и недоброжелателей, однако вскоре, несмотря на это, в неполные 22 года занял в СОЕ пост руководителя агентурных шифров секции криптографии и стал одним из признанных мастеров шифровального дела Великобритании. Для начала в надежде хоть как-то поправить положение, он стал сам сочинять простые и легко запоминающиеся стихи, естественно, неизвестные германским криптоаналитикам. Беда заключалась в том, что пойманный агент под пытками неизбежно выдавал ключ к своему шифру, и безопасность переписки по-прежнему не соблюдалась. Не оправдала себя и архаичная система двойной замены “Плейфейр”, из-за слабой стойкости запрещенная к применению с 1942 года. Не большую гарантию давали и система “безобидного письма”, при которой в качестве ключа использовались первые буквы заранее произвольно выбранных слов, поскольку перед следователями абвера, гестапо и СД сохранить их в секрете было практически невозможно. Вопрос следовало решать иначе. Летом 1942 года Маркс изобрел систему шифрования, практически гарантировавшую шифры от компрометации противником. Агентам выдавались ключи, отпечатанные на квадратных 50-сантиметровых кусках шелка в виде набора случайных фраз. После однократного использования они отрезали полоску с буквами и уничтожали ее, поэтому даже захваченный с остатком ключа сотрудник СОЕ при всем желании не мог восстановить ключи, использовавшиеся им в предыдущих сеансах связи. Он разработал систему перестановочных ключей (WOK) и буквенных одноразовых блокнотов (LOP), которые, в отличие от цифровых, позволяли сократить продолжительность радиосеанса. Дело в том, что в азбуке Морзе цифры передаются комбинациями из шести точек и тире, а буквы имеют от одного знака до четырех, поэтому продолжительность нахождения агента в эфире при передаче им буквенных сообщений приблизительно вдвое меньше, чем при шифровании того же текста цифрами. Маркс не ограничивался шифровальными вопросами, а активно пытался средствами криптографии осуществлять наступательные контрразведывательные операции.