После недолгой работы с пленными офицерами штаба кригсмарине он предоставил список всех имевшихся у Германии в ходе войны 1170 подводных лодок, начинавшийся с U-1 и заканчивавшийся U-4712. Против каждой из них были указаны координаты места потопления либо место нахождения после поражения Германии, и стало ясно, что исчезнувших лодок, на которых можно было бы скрыться, просто нет.
В отличие от командования сухопутными войсками и авиацией, Адмиралтейство непосредственно руководило всей войной на море, поэтому морская разведка по сравнению с армейской (ДМИ) и авиационной (АИ) была намного более боевым подразделением. На пике своей численности в 1943–1944 годах НМД насчитывал примерно две тысячи человек штатного состава, распределенных по 20 отделам. Разведка Адмиралтейства была одним из инициаторов захвата Исландии, являвшейся в тот период частью территории оккупированной нацистами Дании. Операция прошла 10 мая 1940 года быстро и бескровно, при этом был схвачен не успевший уничтожить секретные документы и шифры германский консул, а также несколько находившихся на острове резервных экипажей германских подводных лодок. Зимой 1939/1940 годов организационная структура морской разведки была пересмотрена. Многочисленные функциональные и оперативные секции были сгруппированы под началом трех помощников (ADNI) и одного заместителя (DDNI) директора разведки. При этом под началом последнего оказались подразделения, отвечавшие за связь с СИС, за безопасность, за техническую разведку, а также географические секции. Несколько позднее, в мае 1940 года четыре управления были реорганизованы в аппараты двух заместителей директора по внутренним и внешним вопросам, соответственно обозначавшихся DDNI(H) и DDNI(F).
Важной задачей НИД являлся контроль за безопасностью собственной связи, возложенный на 10-й объединенный (разведка и связь) отдел. Наиболее примечательное событие в его деятельноести произошло 4 апреля 1940 года, когда после морского боя на норвежский берег выбросился эсминец “Харди”. На борт корабля поднялись немцы и, хотя не было установлено, захватили ли они секретную документацию по связи и шифрам, сотрудники 10-го отдела сочли риск неоправданно высоким. Вся радиосвязь на флоте срочно прекратилась до замены документов на более надежные, и на некоторый период времени это почти парализовало морские операции.
13 мая 1940 года адмирал Годфри предложил внести существенное дополнение в список задач морской разведки и возложить на нее обязанность не просто поставлять информацию, но также прогнозировать на ее основе намерения противника. Объединенный комитет по разведке согласился с этим, и вскоре был создан Объединенный штаб разведки, в составе которого несколько позже возникла секция ближайших планов противника. Морская разведка Великобритании за период Второй мировой войны оказала существенную помощь флоту, однако все ее действия лежат за пределами рассматриваемой темы и скорее должны рассматриваться в истории морских операций.