Следует особо остановиться на таком нечасто упоминаемом органе военной контрразведки, как ОКР “СМЕРШ” НКВД СССР, в компетенцию которого входило контрразведывательное обеспечение учреждений наркомата внутренних дел и подчиненных ему войск. НКВД и его войска являлись весьма привлекательными объектами для спецслужб противника и потому требовали принятия особых мер по противодействию им. Кроме того, в задачи ОКР “СМЕРШ” НКВД как и любого другого военного контрразведывательного органа, входила работа по обеспечению боеготовности войск наркомата. Строго говоря, в первую очередь он выполнял функции службы внутренней безопасности ведомства, и уже затем — собственно контрразведывательные функции. Отдел возглавлял начальник (до мая 1944 года С. П. Юхимович, позднее В. И. Смирнов), подчинявшийся непосредственном наркому внутренних дел. У него в подчинении имелись два заместителя и ряд структурных подразделений:
— Секретариат;
— Спецгруппа;
— Группа оперативного учета;
— 1-е отделение (агентурно-оперативная работа по центральным направлениям войск НКВД);
— 2-е отделение (руководство агентурно-оперативной работой отделов “СМЕРШ” в охране войскового тыла фронтов);
— 3-е отделение (руководство агентурно-оперативной работой отделов “СМЕРШ” в пограничных войсках);
— 4-е отделение (руководство агентурно-оперативной работой отделов “СМЕРШ” во внутренних войсках, железнодорожных, промышленных, конвойных войсках НКВД и МПВО);
— 5-е отделение (следственное);
— 6-е отделение (организационно-мобилизационное).
Периферийные органы ОКР “СМЕРШ” НКВД имели специфическую структуру. Поскольку наркомат внутренних дел являлся союзно-республиканским, отделы “СМЕРШ” в союзных и автономных республиках подчинялись не московским контрразведчикам, а соответствующим местным наркомам НКВД. Аналогичной была ситуация с отделениями “СМЕРШ” в краях и областях, находившимися в подчинении начальников УНКВД. Зато войсковые подразделения “СМЕРШ”, фактически представлявшие собой переименованные особые отделы и отделения соответствующих частей, соединений и объединений, имели центральное подчинение. В пограничных округах, отрядах, полках и отдельных комендатурах действовали отделы, отделения и группы “СМЕРШ”, а в дивизиях и бригадах остальных войсках НКВД — отделы и отделения. Последние постоянно реорганизовывались и переформировывались ввиду непрекращавшейся реорганизации войсковой структуры армии и наркомата внутренних дел и поэтому, вероятно, были наиболее нестабильными контрразведывательными подразделениями за весь военный период.
С. П. Юхимович
В. И. Смирнов
На момент формирования ОКР “СМЕРШ” НКВД подчинялись 12 ОКР “СМЕРШ” охраны тыла фронтов, 2 ОКР “СМЕРШ” округов внутренних войск. 10 ОКР “СМЕРШ” пограничных округов, самостоятельные отделы ОКР “СМЕРШ” 1-й мотострелковой дивизии НКВД и ОМСБОН, а также 4 ОКР “СМЕРШ” в наиболее важных в военно-промышленном отношении областях (Московской, Куйбышевской, Новосибирской и Свердловской). На момент окончания войны число ОКР “СМЕРШ” округов внутренних войск увеличилось до 7, пограничных округов — до 18, ОКР “СМЕРШ” ОМСБОН в связи с расформированием бригады был ликвидирован. Были созданы ОКР “СМЕРШ” НКВД по охране тыла и коммуникаций на территории Румынии и Венгрии, а также ОКР “СМЕРШ” группы советских войск в Германии, Польше, Венгрии и Австрии. Число ОКР “СМЕРШ” войск по ОТ ДКА постоянно менялось вслед за созданием и ликвидацией фронтов, в том числе и на Дальнем Востоке.
Специфика работы отделов “СМЕРШ” в различных войсках НКВД была неодинаковой. Пограничные войска считались наиболее благополучными ввиду самой жесткой системы отбора направлявшихся в них призывников и военнослужащих, поэтому в них процент дезертиров, преступников и иного ненадежного элемента был относительно низок. Внутренние войска представляли собой уже намного менее спокойный контингент, в котором нередки были случаи резкого снижения морально-политического уровня, пораженчества, грабежа населения и иных нарушений законности и воинской дисциплины. Еще хуже выглядели железнодорожные и промышленные войска, комплектовавшиеся в основном по остаточному принципу, а уж конвойные войска являли собой весьма неприглядную картину. В них системой стали случаи мародерства, самовольных расстрелов военнопленных и задержанных, отбирания продовольствия и имущества заключенных, сговоры с заключенными с целью организации побегов, убийств гражданского населения и прочих преступных действий. Неблагополучное состояние конвойных войск стало главной проблемой органов “СМЕРШ” НКВД, не нашедшей решения не только в период войны, но и в течение многих лет после ее окончания.