Как уже указывалось, заградительные мероприятия постепенно уступали ведущую роль оперативным, вследствие чего основным средством борьбы с разведывательными службами противника стал агентурно-осведомительный аппарат, а наивысшим достижением в этой области являлись легендированные агентурные разработки и радиоигры. К рассматриваемому периоду структура оперативных органов противника на Востоке устоялась и заметно укрепилась. Уже в 1942 году в разведшколах абвера одновременно проходили подготовку до 10 тысяч курсантов, в основном из числа советских военнопленных. При этом существенно улучшилось качество их подготовки, ставшее ответной мерой на участившиеся провалы разведывательно-диверсионных групп и одиночных агентов в районах расположения частей Красной Армии и в ее тылу. В период с мая по ноябрь 1943 года открылись 13 новых разведшкол, а всего количество действовавших на Восточном фронте разведорганов Германии по сравнению с предыдущим периодом увеличилось в полтора раза. С начала отступления вермахта отмечается широкое использование в агентурных кадрах, наряду с военнопленными, местных румын, венгров и немцев, оставшихся в населенных пунктах после отхода фронта на Запад. Достаточный запас времени позволял абверу и впоследствии СД тщательно готовить резидентуры, оставлять для них хорошо оборудованные опорные базы и снабжать агентуру прочными легендами.
В описываемый период на территории СССР действовали органы абвера, СД-аусланд, отдела “Иностранные армии Востока” (ФХО), тайной полевой полиции (ГФП) и гестапо. Как уже указывалось, основными единицами абвера являлись абверкоманды и абвергруппы, с лета 1944 года соответственно именовавшиеся фронтовыми разведывательными командами и группами. Тем не менее, в обиходе прежнее название употреблялось до самого окончания войны, в особенности офицерами военной разведки и контрразведки. Фронтовые органы абвера имели трехзначные номера, первая цифра которых соответствовала их специализации. Как и в центральном аппарате военной разведки, единица означала разведку, двойка — диверсионные операции, а тройка — контрразведку. Соответственно номера разведывательных команд начинались от 101, диверсионных — от 201, контрразведывательных — от 301. Всего на советско-германском фронте действовали шесть диверсионных абверкоманд (201–206), каждой из которых подчинялось от двух до шести абвергрупп, и пять контрразведывательных (301–305), имевших в своем составе от трех до восьми групп. Число разведывательных абверкоманд было намного большим. Одним из наиболее крупных разведывательных органов стала абверкоманда-103, известная также по позывным ее радиоцентра как “Сатурн”. В июле 1941 года она разместилась в Минске, затем передислоцировалась в окрестности Смоленска, потом в окрестности Орши и оттуда снова возвратилась в столицу Белоруссии. После освобождения территории СССР команда перебралась в Восточную Пруссию, а на заключительном этапе войны — в Берлин. Зона ее действия охватывала Западный, Калининский, Брянский, Центральный, Прибалтийские и Белорусские фронты. “Сатурн” располагал рядом разведывательных школ, крупнейшими из которых были Борисовская и Варшавская, а также школа в Нидерзее. Забрасываемая агентура вербовалась из числа эмигрантов, затем военнопленных и перебежчиков, а также личного состава украинских, белорусских и прибалтийских националистических организаций. Члены ОУН привлекались к работе на рейх, как правило, в индивидуальном порядке, без санкции своего руководства. В интересах кригсмарине действовало не подчинявшееся ни одной из групп армий АСТ-Шварцмеер (Черное море). Абверштелле, имевшее наименование прикрытия “Морская наблюдательная команда” (НБО), в свою очередь руководило несколькими “Морскими разведывательными командами”. В 1941 году НБО передислоцировалась из Берлина в Симферополь, где была придана штабу командования германскими ВМС на Юго-Востоке. Направлениями ее деятельности являлись Черноморский флот, Северо-Кавказский и 3-й Украинский фронты. С 1943 года НБО поочередно размещалась в Херсоне, Николаеве и Одессе, а после 1944 года — в Констанце и Вене. Команда располагала тремя радиоузлами, одновременно работавшими в Керчи, Симферополе и Анапе, а также учебными лагерями для агентуры. Кроме того, по заявкам НБО ее агенты готовились в Варшавской разведшколе. Контрразведывательные абверкоманды появились несколько позже разведывательных, когда массовая заброска через линию фронта советской агентуры вынудила немцев не полагаться исключительно на возможности ГФП. Они занимались выявлением агентов противника, партизан и подпольщиков, а также сбором и обработкой захваченных документов. Подобно “СМЕРШ”, немцы проводили радиоигры и имели постоянных агентов, перемещавшихся с ними по оккупированной территории. Общее количество всех фронтовых и территориальных органов абвера в СССР, включая АСТ-Остланд, АСТ-Украина, АСТ-Зюдукраина и АСТ-Крым, превышало 130, в их распоряжении имелось до 60 разведшкол различной величины.