Не менее важной и масштабной являлась также находившаяся под прямым и непосредственным руководством уполномоченных НКВД задача фильтрации репатриируемых советских граждан и освобождаемых военнопленных. Все они первоначально попадали в ведение сборно-пересыльных пунктов (СПП), организованных отделами при репатриации при штабе каждого из фронтов в соответствии с Постановлением СНК СССР № 30-12с от 6 января 1945 года. В них действовали проверочно-фильтрационные комиссии, состоявшие из представителей НКВД, “СМЕРШ” и НКГБ, выносившие суждение о каждом из проверяемых. Кроме того, проверялись и жители приграничных областей Советского Союза, но эта задача решалась в 16 проверочно-фильтрационных пунктах (ПФП), дислоцировавшихся на территории СССР. В них госпроверку проводили только сотрудники НКВД.
В целом работа уполномоченных НКВД на фронтах явилась удачным решением, позволившим существенно ускорить решение поставленных задач. Высокий служебный ранг позволял им решать многие вопросы без дополнительных санкций и гарантировал не только их выполнение подчиненными работниками, но и исполнительность военного командования.
Борьба спецслужб продолжалась и в восточных районах СССР, правда, с существенно меньшей интенсивностью. Японская разведка действовала на советском Дальнем Востоке и некоторых глубинных областях страны в основном с территории Маньчжурии, где ее организовывали и координировали военные миссии. Главной из них была насчитывавшая до тысячи сотрудников Харбинская ЯВМ под руководством генерал-майора Аникуса. Она являлась региональной и руководила другими подчиненными миссиями, забрасывавшими агентуру по строго определенным направлениям: владивостокскому, хабаровскому, биробиджанскому, благовещенскому, куйбышевскому и борзинскому. Прикрытие агентов разнообразием не отличалось, в основном они выступали под видом эмигрантов, беженцев и партизан, в основном китайских и корейских крестьян. Японцы вели прежде всего военную разведку, но занимались также и политической. Советские спецслужбы располагали неплохой агентурой на входившем тогда в состав Японии Южном Сахалине и получили оттуда информацию об интересе противника к советским гражданам — сотрудникам нефтяных, угольных и рыбных концессий. После этого УНКГБ по Хабаровскому краю смогло подставить под вербовку нескольких своих агентов и выявить японские каналы для засылки агентуры в Хабаровск, Комсомольск-на-Амуре, Благовещенск и некоторые другие города региона. Полученная информация позволила работать на опережение. Например, только Хабаровское УНКВД в 1942 году забросило на территорию Маньчжурии 32 агента-вербовщика. Им удалось привлечь к сотрудничеству 20 агентов и 30 связников из местных жителей, в числе которых 5 были направлены в Харбин на оседание[380]. Расовые различия заставляли использовать в основном агентов из маньчжур, китайцев, удэгейцев и других народностей, у которых, как правило, имелись родственники на сопредельной стороне. Это позволяло успешно легендировать их заброску, однако часто оборачивалось и другой стороной. Попав в знакомую обстановку, многие агенты просто находили укрытие у многочисленной родни и не возвращались.
Помимо разведорганов на сопредельных с СССР территориях, японская разведка активно действовала и с позиции консульств во Владивостоке, на Северном Сахалине и Камчатке. Важным методом сбора разведывательной информации оказалось использование офицеров различных ветвей и звеньев разведки в качестве дипломатических курьеров, регулярно совершавших поездки из Токио в Москву и обратно по Транссибирской магистрали. Несмотря на принимаемые советской стороной меры безопасности, они вели визуальную разведку по пути следования, завязывали знакомства в поездах и занимались подслушиванием. Японцы использовали в качестве вербовочного контингента проживавших на советском Дальнем Востоке многочисленных китайцев и корейцев. Мероприятия по переселению последних в глубинные районы СССР оказались менее результативными, чем ожидалось.