Крайне засоренными агентурой противника оказались части, сформированные из перебежавших на советскую сторону корейцев и китайцев и включенные в состав Красной Армии. Положение в них было критическим, внутренняя пропаганда приводила к массовому дезертирству и полной потере боеспособности. Более того, поскольку из личного состава именно этих частей советская разведка формировала партизанские группы и отряды для действий в Маньчжурии, японская агентура проникала по этому каналу и в них. Вопросом был вынужден заняться лично Сталин, после вмешательства которого органы “СМЕРШ” заметно активизировались и провели ряд успешных разработок (литерные дела “Братство”, “Предатели”, “Связисты”, “Стрелки” и другие). В результате в корейские и китайские части был внедрен негласный аппарат “СМЕРШ”, агентура противника в подавляющем большинстве ликвидирована, боеспособность частей восстановлена.
Возвращаясь к периоду конца 1941 — первой половины 1942 годов, следует особо отметить реальность опасений относительно возможности внезапного удара японских вооруженных сил по советскому Дальнему Востоку, что могло повлечь потерю значительных приморских территорий и всех баз Тихоокеанского флота. В связи с этим и с использованием опыта, накопленного в Европейской части СССР, Особая группа НКГБ/НКВД СССР приступила к созданию разведывательно-диверсионной сети для ее оставления в случае японской агрессии. Практическое осуществление данной задачи возлагалось на УНКВД по Приморскому краю и Особый отдел ТОФ. Созданные спецрезидентуры находились в готовности вплоть до второй половины 1943 года, когда стало очевидным увязание Японии в войне против Великобритании и США, исключившее возможность ее нападения на Советский Союз.
На Дальнем Востоке особенно активно действовали разведывательные органы погранвойск. В отличие от западной части страны, там они не только сохранились, но даже выросли в количественном отношении, а в штабах всех восточных пограничных комендатур появились разведывательные отделения в составе 2–3 офицеров. Эта мера сразу же улучшила контакт с агентурой, ранее затрудненный из-за малочисленности оперативного персонала. Пограничная разведка, разведка УНКГБ и оперативная разведка военных округов в совокупности собрали значительную информацию о предстоящем театре военных действий, частях и учреждениях Квантунской армии и разведывательных органах потенциального противника. Этим процессом руководил из Хабаровска уполномоченный по Дальнему Востоку генерал-полковник С. А. Гоглидзе, координировавший в регионе работу всех оперативных органов, за исключением “СМЕРШ”. Хорошая организация этого процесса позволила обеспечить разведывательную и контрразведывательную подготовку наступательной операции в Маньчжурии, прежде всего по направлениям борьбы с агентурой противника и обеспечения скрытности развертывания войск, войсковой и агентурной разведки ТВД, захвата и уничтожения японских погранполицейских и разведывательных постов. Полнота собранной информации позволила оперативным группам НКГБ, в августе 1945 года вошедшим в Маньчжурию вместе с советскими войсками, захватить архивы японских военных миссий, содержавшие списки агентуры на советской территории. Например, в разведывательном пункте на пограничной станции Маньчжурия (Маньчжоули) были обнаружены материалы, позволившие обезвредить иностранных агентов на нескольких станциях Забайкальской железной дороги. Опергруппы, укомплектованные в основном пограничниками, захватили многих руководящих работников японской разведки, в том числе начальников ЯВМ в Хай-ларе Акано и в Цицикаре Танако, бывшего начальника Харбинской ЯВМ Янагита и других высокопоставленных офицеров. Особую роль в этом сыграли сформированные в 1943 году при маневренных группах погранотрядов нештатные парашютные взводы, на базе которых в 1945 году создавались отдельные роты особого назначения.
В июне 1945 года, в самый разгар подготовительных мероприятий по вступлению СССР в войну против Японии, ГУКР “СМЕРШ” решило повторить на Дальнем Востоке практику, применявшуюся на Западном ТВД. Туда прибыла группа контрразведчиков во главе с заместителем начальника ГУКР И. Я. Бабичем для координации деятельности всех органов “СМЕРШ” на ТВД и успешно выполнила поставленную перед контрразведкой задачу. Всего в ходе Маньчжурской наступательной операции был захвачен ряд руководителей японских разведорганов, ряд крупных активных деятелей эмиграции, арестовано 5484 агента и сотрудника разведки противника, 1303 руководителя и активиста антисоветских эмигрантских организаций и 1023 других представлявших оперативный или политический интерес лиц[382].