Заметно повлиял на результаты дешифровальной работы ряд принятых в наркоматах обороны и внутренних дел административных решений. В 1942 году в составе 5-го управления НКВД появился Криптографический совет, занятый организацией и координацией проводимых в этой области научных исследований, а на базе криптографической Школы особого назначения этого же управления и 3-го учебного отделения Высшей школы генштаба была создана Специальная школа 5-го управления НКВД СССР. На двух ее отделениях готовили дешифровальщиков военной и дипломатической переписки. И хотя подлинный прорыв в развитии криптографии произошел лишь после открытия в Московском государственном университете специального факультета, принимаемые в ходе войны меры привели к хорошим результатам.
Разведывательное обеспечение последующих операций Красной Армии, как правило, соответствовало потребностям войск, несмотря на значительно сократившееся с осени 1943 года поступление стратегической информации от закордонных резидентур. Как известно, к этому времени крупнейшие агентурные сети НКГБ и ГРУ в Западной Европе оказались разгромленными, продолжала работать устойчиво лишь лондонская точка. Однако сообщения из Великобритании не могли обеспечить поступление всей требующейся информации о вермахте, поэтому основную роль в этом процессе стали играть органы оперативной разведки. Следует особо отметить, что с весны 1944 года Красная Армия проводила главным образом наступательные операции, в которых организация ведения разведки всегда является более сложной задачей, чем в обороне. Опыт показал, что в наступлении деятельность забрасываемых в тыл противника разведывательных групп и резидентур не приносит ожидаемых результатов из-за сложности закрепления на месте, поэтому военной разведке пришлось спешно перестраиваться и создавать в глубоком тылу противника постоянный разведывательный аппарат. Пока наступление проходило по территории СССР, значительную помощь разведке фронтов оказывали связанные с ней партизанские отряды. Прохождение коммуникаций вермахта через районы их действий позволяло достаточно точно установить направления и объемы перебросок живой силы и техники противника на различные участки фронта. В сочетании с возобновлением ведения агентурной разведки штабами фронтов это принесло желаемый и стабильный эффект. Однако после выхода на рубежи государственной границы обстановка принципиально изменилась, не могли ее исправить и разведывательно-диверсионные группы и резидентуры РУ ГШ КА и 4-го управления НКГБ СССР. Ранее описывались сложности с их заброской на территории Польши и Германии, повлекшие бессмысленную гибель почти всех разведчиков. С целью облегчения легализации агентуры РУ перешло к использованию немцев в качестве агентов, но в большинстве случаев после заброски они не выходили на связь и либо дезертировали, либо являлись с повинной в гестапо или абвер. Смешанные группы также не принесли желаемого результата из-за частых предательств. Кроме того, наличие в группе немцев вынуждало остальных относиться к ним с подозрением и постоянно контролировать их действия, практически не позволяя сосредоточиться на выполнении основных разведывательных задач. Некоторый выход из положения был найден в передислоцировании за линию государственной границы крупных партизанских соединений. Отряды располагали сложившейся структурой, разведывательным аппаратом, средствами связи и служили серьезными базами для ведения разведки. Им не требовалось пересекать фронт, поскольку партизаны и так находились в германском тылу, и простое отступление вместе с вермахтом сразу же выводило их на нужные позиции. Однако все обернулось совершенно иначе. На сопредельной территории местное население, как правило, воспринимало партизан как вражеские войска. В результате любые их замеченные передвижения немедленно становились известными противнику, разрушилась продовольственная база отрядов, иностранные граждане не желали делиться наблюдениями и тем более действовать в качестве агентов, в лучшем случае оставаясь индифферентными к происходившим событиям. Как следствие, передислоцировавшиеся через государственную границу партизаны понесли огромные потери и не выполнили поставленных задач. При этом просто вывести их из зоны боевых действий было невозможно, поскольку от Красной Армии их отделяла линия фронта. Партизанам пришлось отыскивать в ней наиболее слабые участки и с боями прорываться через них, но при этом отряды встречали на своем пути не тыловые охранные части, а явно превосходившие их по боевым качествам фронтовые войска первой линии. По изложенным причинам на последнем этапе войны оперативная агентурная разведка в значительной степени утратила свои позиции, а ее место заняла наполовину разведывательная, наполовину дипломатическая работа по установлению контактов с национальными отрядами Сопротивления в тех районах, где таковые имелись. Тем не менее, возросшие достижения радиоразведки, выделение значительного количества самолетов в состав разведывательных и разведывательно-корректировочных авиаполков и резко увеличившееся количество пригодных для допросов пленных компенсировали утрату позиций по перечисленным направлениям. В качестве примера можно привести действия 132-го отдельного радиодивизиона в январе — феврале 1945 года в районе Бреслау. Его специалисты обратили внимание на весьма незначительный радиообмен противостоящей германской группировки и начали целенаправленно выяснять причины этого. Вскоре из дешифрованных перехватов было установлено, что такое явление было вызвано массовым использованием подземных кабелей, после чего разведка установила места 45 из них, немедленно уничтоженных саперами. Радиообмен резко возрос и позволил существенно увеличить объем перехватываемой из эфира информации.