Другим проявлением борьбы за влияние на партизанское движение явилась история с постом его главнокомандующего. После учреждения этой должности 6 сентября 1942 года главкомом стал маршал Советского Союза Ворошилов, который, несмотря на все имевшиеся у него недостатки как военачальника, все же являлся профессиональным военным и мог квалифицированно осуществлять руководство боевой деятельностью партизан. Однако уже 19 ноября в результате его трений с партийным руководством пост главкома упразднили, и теперь в отсутствие военных во главе партизанского движения окончательно остался начальник ЦШПД Пономаренко, тот самый, который в июле 1941 года советовал жителям Белоруссии вооружаться косами и ломами и нападать на аэродромы противника.
Однако и не это оказалось самым слабым местом в организации партизанской борьбы в период до 1943 года. Кроме неудачного выбора общей стратегии, весьма негативную роль играл отрыв отрядов от потребностей командования фронтов, в операционной зоне которых они действовали. Именно это стало причиной расформирования ЦШПД в марте 1943 года как выполнившего поставленные задачи, что явилось еще одной серьезной ошибкой. К счастью, ее достаточно быстро осознали. Уже 17 апреля Центральный штаб партизанского движения был восстановлен, правда, в несколько ином качестве. Теперь УШПД с Молдавским отделом подчинялись напрямую Ставке ВГК. Практически одновременно все штабы партизанского движения получили идентичные директивы об улучшении разведывательной работы, выполнение которые оказалось для многих проблематичным. Лишь разведывательные партизанские отряды по-прежнему выполняли эту задачу достаточно качественно, но они справлялись с ней и до апрельских приказов и постановлений.