После освобождения Украины, которое ОУН рассматривала как повторную оккупацию, главным противником УПА стали советские войска, гражданская администрация и НКГБ. После тяжелых потерь в первых стычках с частями Красной Армии командование приказало в столкновения с фронтовыми войсками не вступать, а переждать их уход на Запад, после чего наносить удары по тыловым частям и войскам НКВД. Однако в Москве к националистической опасности отнеслись вполне серьезно и не позволили УПА отсидеться. В УССР развернулось широкое контрпартизанское движение с использованием органами госбезопасности как войсковых, так и оперативных методов. Для начала государственная граница была вновь закрыта и принята под охрану пограничными войсками с собственной разведкой. Полоса войскового тыла между границей СССР и действующей армией контролировалась специально сформированными для этой цели шестью стрелковыми дивизиями внутренних войск НКВД численностью по 5 тысяч человек. Это немедленно раскололо УПА, подразделения которой находились на территориях Украины, Чехословакии и Польши, и позволило успешнее пресекать каналы связи с закордоном. Распыление сил вынудило националистов активизировать обмен курьерами, но их постоянно перехватывали пограничники и контрразведчики. По этому каналу НКГБ зачастую получал сведения о передвижениях групп УПА на соединение друг с другом, после чего в точку рандеву заблаговременно направлялся ложный отряд, чаще всего состоявший из бывших партизан. При приближении подразделения противника он внезапно атаковал его и уничтожал. Кроме того, госбезопасность использовала для борьбы с УПА испытанные методы: легендированные агентурные группы и агентов-боевиков, из которых составлялись агентурно-боевые группы (АБГ) численностью от 2 до 7 человек. Они через пособников националистов устанавливали контакт с отрядом УПА, иногда даже объединялись и некоторое время действовали совместно, а в выбранный удобный момент наносили удар. Уничтожались обычно командиры и референты СБ, после чего справиться с обезглавленной группой было значительно проще.
Основной формой борьбы с националистическими партизанскими отрядами и подпольем являлась чекистско-войсковая операция, чаще всего начинавшаяся на рассвете, чтобы завершиться засветло. Район ее проведения заранее оцеплялся и разбивался на участки, которые затем тщательно прочесывались. Широко использовались засады. Однако все эти действия оказывали должный эффект лишь при обеспечении их достоверной агентурной информацией, в противном случае удар зачастую наносился по пустому месту. При проведении зачисток районов формировались оперативные чекистско-войсковые группы (ОЧВГ) из военнослужащих войск госбезопасности и оперативных сотрудников органов НКГБ и НКВД. Иногда их усиливали обычными армейскими подразделениями, но, как правило, это оказывалось неэффективным и иногда приводило к расшифровке негласного аппарата. Более существенную помощь оказывали восстановленные истребительные батальоны и группы содействия, хотя в них нередко внедрялись агенты СБ.