Ведение боевых действий на собственной, причем уже освобожденной территории не прибавляло режиму авторитет и компрометировало его. Поэтому контрпартизанские операции дополнялись мероприятиями по разложению УПА и выводу ее членов из подполья, для чего использовались гласные и негласные мероприятия. К первым из них относилось обнародование амнистирующих указов и опубликование заявлений вышедших из подполья или лесов бывших боевиков. Эту категорию людей приходилось тщательно охранять, поскольку в их отношении СБ нередко осуществляла террористические акты и распространяла информацию о свершившемся над перебежчиками возмездии. Для негласных мероприятий использовалась агентура, чаще всего явившиеся с повинной боевики. Им объявляли, что прощение можно заслужить лишь путем помощи органам НКВД или НКГБ, а для этого следует возвратиться в свой отряд, но уже с полученным заданием, чаще всего пропагандистского характера. Среди этой категории агентов потери от расшифровки СБ были наибольшими. Как уже указывалось, ее работники обычно не проводили контригру, а расправлялись с изменниками быстро и жестоко. Для разложения УПА органы госбезопасности также вербовали членов семей и родственников ее бойцов, подбрасывали в отряды письма от них с призывами сдаться властям и гарантиями прощения.
Ближе к окончанию войны УПА отказалась от ставки на боевые операции и перешла к диверсионно-террористической тактике. С конца 1944 года ее боевики совершили ряд громких террористических актов, в том числе 29 февраля 1945 года у села Милятин Ровенской области тяжело ранили командующего 1-м Украинским фронтом генерала армии Н. Ф. Ватутина, впоследствии умершего. Изменившаяся тактика оставалась для националистов единственно возможной на насыщенной правительственными войсками Украине, но одновременно она активизировала НКВД и выбила почву из-под их ног. Даже в случаях симпатий местного населения к УПА нахождение в окрестностях сел ее групп вскоре стало для крестьян тяжким бременем. Они жили в постоянном страхе перед возможностью попасть под внезапный обстрел, боевики требовали от местных жителей продукты и часто отнимали их, солдат тоже надо было кормить и размещать на постой, категорически запрещалось ходить в лес для сбора хвороста или грибов, во многих местах устанавливались проволочные заграждения и минные поля. За помощь УПА крестьян репрессировали власти, а за отказ в оказании такой помощи могли убить националисты. В итоге доведенное до отчаяние местное население с облегчением или вынужденно прекратило помощь партизанам, а войсковые заслоны и засады чекистов окончательно отрезали их от источников снабжения. Фактически это стало концом Украинской повстанческой армии. По официальным оценкам, ее вооруженная борьба продолжалась до 1951 года, но некоторые немногочисленные группы были ликвидированы лишь в середине 1950-х годов. Последним боестолкновением с УПА явилась ликвидация группы Петра Пасичного 14 апреля 1960 года.
Вооруженное украинское подполье представляло собой хотя и самое значительное, но далеко не единственное сепаратистское движение на территории Советского Союза. Его специфика заключалась в размахе и высокой организации, а также в участии УПА в борьбе с германскими оккупантами, в остальном же оно мало отличалось от подполья в Прибалтике, Белоруссии и на Северном Кавказе. Среди аналогичных организаций следует упомянуть “Армию освобождения Литвы” (АЛА, иногда переводится как “Литовская освободительная армия”), “Латышское национальное партизанское объединение”, “Эстонский национальный комитет”, ряд белорусских подпольных групп, польскую Национальную армию (Армия Крайова, АК) и некоторые польские группы меньшего масштаба, а также северокавказское движение. За исключением польских подпольных организаций, никто из них не боролся с нацистскими оккупантами, наоборот, они числились среди их самых активных помощников. Поляки же, подобно украинским националистам, считали своими врагами и Германию, и СССР, и поэтому боролись против обоих. АК и эмигрантское правительство Польши в Лондоне отказывались признавать отторжение Советским Союзом бывших польских территорий осенью 1939 года и потому рассматривали свое подпольное движение на этих землях как освободительное. В отличие от не имевшей собственного государства УПА, задача поляков состояла в восстановлении довоенных границ своей страны. Разгром в 1940 и 1941 годах ЗВЗ и иных подпольных организаций, а также опора на Польскую рабочую партию (ППР) и ее военные формирования (ГЛ/АЛ) дали органам государственной безопасности СССР немало информации о противнике, с которым им предстояло столкнуться после освобождения Западной Украины, Западной Белоруссии и части Литвы. 25 января 1944 года заместитель наркома НКГБ СССР Кобулов совместно с начальником ГУКР “СМЕРШ” НКО Абакумовым издали приказ о начале операции “Сейм” под непосредственным руководством НКГБ БССР, УССР, ЛитССР и органов “СМЕРШ”. Территориальным и армейским контрразведывательным и разведывательным органам предписывались следующие задачи: