1. На освобождаемых территориях вскрывать и документировать всю подпольную деятельность поляков и передавать полученные данные для дальнейшей агентурной разработки. Завести дела-формуляры на всех руководителей таких организаций, их эмиссаров и связников, а также на окружение, составляющее базу подпольного движения (католическое духовенство, офицеров, членов бывших политических партий, ближайших родственников репрессированных и прочих).
2. Арестовывать в первую очередь их руководство и лиц, активно вовлеченных в борьбу с партизанами; готовящихся к активной антисоветской, в том числе вооруженной борьбе. Захватывать и перевербовывать (при наличии гарантий) эмиссаров и связников.
3. При обнаружении приготовлений польских групп к вооруженному выступлению немедленно и всеми мерами пресекать их.
4. При выявлении подпольных организаций в первую очередь устанавливать их руководящие центры и каналы связи с Лондоном. Обращать внимание на обнаружение нелегальных радиостанций, складов оружия, типографий, установление связников и конспиративных квартир. При захвате радистов стараться начинать радиоигры.
5. Вербовки агентуры производить с целью установления в первую очередь руководства, связников, содержателей конспиративных квартир. Выявлять в подпольных организациях немецкую и английскую агентуру, перехватывать ее каналы связи и внедрять в их руководство свою агентуру на освобождаемых территориях, в Польше и особенно в Варшаве.
6. Установить связь с закордонной разведкой в плане использования ее возможностей для проникновения в подполье.
7. Учитывать предстоящий призыв способных носить оружие поляков в состав польской армии в СССР, поэтому принимать меры к исключению проникновения в ряды мобилизованных эмиссаров лондонского правительства и участников националистического подполья.
Специально с целью борьбы с АК в тылы вермахта направлялся ряд оперативно-чекистских групп и партизанских отрядов. Комплекс принятых мер и отсутствие базы для подпольного движения вскоре после очистки территорий Западной Белоруссии, Западной Украины и Литвы от германских войск привели к быстрому вытеснению польских подпольных организаций на запад от новой границы СССР, где в борьбу с ними включились коммунистические органы безопасности Польши.
Немало проблем вызывало у советского руководства литовское сепаратистское движение, возглавлявшееся Президиумом Союза борьбы за освобождение Литвы. ЛЛА считалась его вооруженным формированием, а во главе и политической, и военизированной структуры стоял один и тот же человек, Йонас Жемайтис (“Витаутас”) — В период пика своей численности ЛЛА насчитывала до 30 тысяч бойцов, весьма немало для небольшой Литвы. Борьбу с ними до середины 1945 года вели части и подразделения 3-го Украинского фронта, позднее существенно укрепленные двумя дивизиями внутренних войск. В рамках оперативной работы ЛЛА разрабатывали примерно на тех же принципах, что и УПА. НКВД также создавал в Литве легендированные под подполье агентурные спецгруппы и ложные партизанские отряды, фактически представлявшие собой агентурно-боевые группы. Борьба с литовскими вооруженными сепаратистами велась до 1950-х годов, а последнее боестолкновение с подпольщиками произошло 17 марта 1965 года.