Однажды в Великом посту отец Иоанн тяжело заболел: доктора предписали ему скоромную пищу. Тогда он запросил свою мать, благословляет ли она его на это, и получил такой ответ: "Лучше умри, но не нарушай устава Святой Церкви".
Батюшку часто спрашивали [о Толстом] — может ли он покаяться… Он говорил: "Нет, так как повинен в хуле на Духа Святого", причем предсказывал ему <близ>кую (?) смерть, что действительно и случилось.
Отец Иоанн каждую литургию считал за правило говорить поучение, заранее его обдумав, а иногда и написав. Выходя же на амвон, непременно молился: "Господи, помоги мне сказать слово на пользу слушающим".
Батюшка стремился всегда иметь святое, серьезное отношение к Богу и близким. Мы часто поверхностно рассуждаем о предметах веры, а к людям бываем неискренни и недоброжелательны; Кронштадтский же светильник горел духом ко Господу, а в человеке видел образ Его, и потому каждого ценил, уважал и любил.
Отец Иоанн обладал даром слез, которые часто наблюдались у него при совершении Божественной литургии, тайном молитвенном покаянии и духовном созерцании. Слезы эти, как говорил он, не вредили его зрению. "Ты, Господи, устроил то, что я не боюсь проливать пред Тобой слезы покаяния и умиления, ибо они не ослабляют, а очищают и укрепляют мое зрение.
Слезы мира сего — от печали мирской — ослабляют и совсем ослепляют человека много плачущего, а слезы благодатные производят противное действие. За сие и за все благое — слава Богу" (От смерти к жизни, с.36).
Батюшка часто в своих проповедях указывал на близкое Пришествие Спасителя, ожидал Его и чувствовал, как сама природа готовится к сему великому моменту. Главным образом он обращал внимание на огонь, которым будет уничтожен мир подобно тому, как древний истреблен водой. "Всякий раз, — говорил он, — как я смотрю на огонь и особенно на бушующую стихию его при пожарах и других случаях, то думаю: стихия всегда готова и только ожидает повеления Творца вселенной выступить к исполнению своей задачи — уничтожить все, что на земле, вместе с людьми, их беззакониями и делами". А вот еще подобная запись: "Когда воды земного шара потеряют свое равновесие с подземным огнем и огонь пересилит водную стихию, непрестанно убывающую, тогда произойдет огненный потоп, предсказанный в Священном Писании и особенно в послании апостола Петра, и настанет Второе Славное Пришествие Господа и суд всему миру. К тому времени нравы чрезвычайно развратятся. Верьте, что Второе Пришествие Господа Иисуса Христа со славою — при дверях" (Созерцательное подвижничество, с.88).
Отец Иоанн в поучениях, беседах и дневниках часто напоминал, что грех, беззаконие томит человека, вселяет в него тоску, терзание совести, и наоборот, свобода от страстей бодрит сердце и освежает весь организм. Здесь сказался духовный опыт батюшки, неусыпно боровшегося с греховной природой.
Любил отец Иоанн говорить о пространстве сердечном, коего сам постоянно искал и просил у Господа. А определял он это так: это состояние духа, когда не гнетет тебя ни уныние, ни скука, ни страх, ни какие-либо другие страсти. Оно открыто для восприятия духовных благ и переполняется ими. Ему противоположна туга душевная, происходящая от всякого рода скверны и удаления от нас благодати Божией.
Отец Иоанн восхвалял простоту, указывая на то, что Сам Господь есть Простое Существо. Вера, трудолюбие, обходительность, смирение, незлобие, тихость, покорность, послушание — все это, пояснял батюшка, возрастает на почве простой души.
Отец Иоанн во всем добивался совершенства. Так, признавал только сердечную глубокую молитву, а поспешную и рассеянную считал одним лишь воздухобиением. Придавал значение каждому своему слову, потому никогда не говорил ничего лишнего. Человеческая речь, объяснял великий пастырь, есть образ слова Божия, и как таковая она должна быть свята и справедлива. Отсюда не должно быть противоречия между словом и делом: что сказано и обещано, то и следует исполнять.
На все члены организма смотрел как на чистые творения, долженствующие возбуждать только возвышенные чувства.
Все земное отец Иоанн переводил на святое, высокое, всемерно старался, если можно так выразиться, "раствориться небесным". Для него везде и во всем был только Бог; вся жизнь, все силы души его направлялись к этому. Иными словами, в духовном кругозоре батюшки земля сближалась с Небом, и чувства его являлись органом для восприятия не столько внешних, сколько духовных впечатлений.
Отец Иоанн не любил оставаться в долгу у кого бы то ни было, а в особенности у тех, кто ему оказывал услуги. Перед праздниками Рождества Христова и Пасхи им подписывались списки лиц, которым надлежало выдать так называемые "чаевые". Сюда входили телеграфисты, почтальоны, полицейские чины и другие лица. Даже в последний год жизни, уже больной, батюшка не забыл своего обычая и торопился составлением списков, а то, говорил он, "не успею".
Перенесши в начале 1906 года болезнь, отец Иоанн, доселе бодрый, неутомимый и жизнерадостный, сразу осунулся, подряхлел и стал чувствовать упадок сил, однако не прерывал своей жизненной задачи — ежедневного служения Божественной литургии и посещения страждущих.
Последнюю обедню служил отец Иоанн 9 декабря 1908 года. С этого дня болезнь его приняла тяжелую форму, так что он был принужден прекратить прием посторонних лиц и почти все время полулежал в кресле при открытой форточке. Неосторожный выезд на прогулку 17 декабря в пролетке случайного извозчика еще более усилил нездоровье светильника Божия. Он весь ослаб и 19-го утром уже не мог выйти в переднюю для встречи священника со Святыми Дарами, как делал ежедневно. В предсмертные дни батюшка иногда стонал, что свидетельствовало о его тяжких страданиях, от всяких лекарем в отказывался и пил только святую воду из источника преподобною Серафима Саровского.
Последнее распоряжение сделал отец Иоанн игумений Ангелине об освящении храма-усыпальницы в Иоанновском монастыре. Ночь на 20 декабря прошла тревожно; в два часа ночи у нею отнялись ноги, и он видимо стал угасать. Пришлось поспешить с литургией — в четыре часа священник пришел уже со Святыми Дарами. Отец Иоанн мог принять только Святую Кровь. После причастия он сам вытер уста и на некоторое время успокоился; проговорив затем: "Душно мне, душно", впал в забытье. Дыхание становилось все тише… Пришедший иерей начал читать канон на исход души, и когда по окончании подошел к батюшке, последний лежал неподвижно, с руками, сложенными на груди.
Послышалось еще несколько вздохов, и великий пастырь спокойно предал дух свой Богу. Глаза, доселе закрытые, чуть-чуть приоткрылись, и из них показались чистые, как хрусталь, слезинки. Это были последние слезы праведника. Умер батюшка в семь часов сорок минут утра 20 декабря 1908 года на восьмидесятом году от рождения. Во время болезни он был молчалив и крайне серьезен: очевидно, молитвенно готовился к переходу в Горний мир.
Отец Иоанн после великих жизненных трудов явился поистине спелым колосом на ниве Христовой, а потому уже не мог пребывать с нами, грешными. Вот почему последние слова его были: "Душно мне, душно", то есть душно в этой юдоли земной.
Похоронили батюшку в усыпальнице устроенною им в Петербурге Иоанновскою монастыря.
Один из священников, присутствовавший при погребении отца Иоанна, ранее довольно критически относившийся к его пастырской деятельности, засвидетельствовал в печати следующее: " Когда я, едва пробираясь через несметную толпу народа, подошел ко гробу батюшки, то моему сердцу передалось сразу чувство, что здесь молятся не об умершем, а у раки уже прославленного угодника Божия, так как храм оглашался воплями и стонами людей, просивших всевозможной помощи у почившего, в чем, очевидно, сказался духовный инстинкт народа. Еще в большей степени пережил я это во время погребения. Полученное впечатление в корне изменило мой взгляд на Кронштадтского пастыря, которого я после этого оценил, полюбил, и молитвою его теперь только и живу".