Первый раз ОО был опубликован в журналах «Знание — сила» (1968; отрывок) и «Нева» (1969; сокращенный вариант). В «Знание — сила» — только первая глава со сноской от редакции: «Мы публикуем первую главу повести, которая полностью будет опубликована в 1969 году в журнале „Нева“». В издании «Невы», о котором — ниже, также была сноска от редакции: «Печатается с некоторыми сокращениями. Полностью выйдет в издательстве „Детская литература“».
Первое книжное издание в издательстве «Детская литература» (1971) из-за суровой цензуры вышло хотя и в более полном варианте, чем в журнале, но имело чрезвычайно много купюр. Переиздавался ОО в 1983, 1989, 1992 годах по книжному варианту — с купюрами, и лишь благодаря тщательнейшей работе Юрия Флейшмана, который вместе с БНС восстанавливал этот роман, в первом собрании сочинений Стругацких (изд. «Текст») в 1993 году текст вышел на люди в своем исконном виде. Об этом пишется в предисловии «От авторов» к этому изданию:
Авторы с удовольствием представляют читателю текст повести (или романа?) «Обитаемый остров», максимально приближенный к тому, что сошел у них с машинки в Доме творчества «Комарове» в солнечный апрельский день 1968 года.
Этот текст на протяжении последующих лет подвергался множественным нападкам цензоров и редакторов — Юрий Флейшман (которому авторы рады здесь выразить свою живейшую благодарность за помощь в восстановлении исходного текста) насчитал более семи сотен (!) отклонений детлитовского (1971 года) издания от первоначального авторского варианта. Некоторые из этих отклонений приобрели теперь характер необратимых. Так, по требованию (точнее — по настоятельному совету) издательского начальства исконные русские Максим Ростиславский и Павел Григорьевич (он же Странник) превратились в лиц немецкой национальности, и ныне с этим уже ничего не поделаешь, ибо после «Обитаемого острова» появился целый цикл повестей, где эти люди действуют или упоминаются как Каммерер и Сикорски.
Некоторые изменения авторам пришлись по душе. Например, странновато звучащее в здешнем контексте редкое слово «воспитуемый» оказалось прекрасным эвфемизмом точного, но вполне обыденного слова «каторжник», а звучащие старомодно и веско «ротмистр» и «бригадир» нравятся теперь авторам больше, чем изначальные «лейтенант» и «капитан».
Однако подавляющее большинство позднейших изменений были авторами в данном издании, решительно отвергнуты, и отныне они (авторы) склонны полагать предлагаемый здесь текст как бы каноническим.
В издании «Невы» помимо крупных сокращений, о которых ниже, из текста были изъяты мелкие подробности — часть предложения, несколько слов, предложение-два. К примеру, убрано: «…если ты настолько примитивен, что воображаешь, будто на неизвестных планетах можно отыскать некую драгоценность, невозможную на Земле…», «Не снимая высокого белого воротничка…», «Мама… Отец… Учитель…», «…и очень собой довольные», «…от чего он не стал ни красивее, ни удобнее», «Он обследовал себя изнутри, убедился, что горячки не порет…», «Теперь было самое время утолить чувство благодарности», «…старый хрен. Капрал называется…» и так далее. Можно видеть, что эти сокращения были произведены Авторами и не затрагивали ни основной темы, ни внутреннего смысла произведения. Некоторые более крупные сокращения тоже были несущественны для понимания текста, к примеру, сон Гая о встретившихся ему выродках, один из которых — Мак, и последующие мысли Гая об этом сне.
В «невском» тексте были и два существенных сокращения — убраны находка и обследование Крепости (и первая встреча с Голованами), а также все путешествие Максима на юг и к побережью и его участие в войне (главы 15–17). Вместо путешествия в следующей главе только краткое описание его:
И не мудрено: путь он прошел страшный и жестокий. Бежал с каторги, прихватив этого своего приятеля, разжалованного капрала; месяц бродил с ним по деревням диких выродков — искал, вероятно, себе армию, ничего не нашел, бросился к побережью — надо понимать, хотел вступить в контакт с белыми субмаринами, опять ничего не вышло, и тогда он сдался патрулю и вернулся в свою колонну; тут началась эта злосчастная война, он записался добровольцем, отправился на фронт, каким-то чудом, выжил в этом аду и вернулся в столицу вместе с жирным Фанком, потеряв по дороге своего Гая, голыми руками перебив экипаж патрульного танка… Да, это уже не прежний добрый мальчик. Посуровел наш Мак, ожесточился. И поумнел!