После ввода в страны Прибалтики значительных контингентов советских войск обстановка здесь коренным образом изменилась. 14 и 15 июля прошли выборы в народные сеймы Латвии, Литвы и Эстонии, а 21 июля народные представители провозгласили установление в своих республиках советской власти и приняли декларации с просьбой о принятии их в состав СССР. Чрезвычайная VII сессия Верховного Совета Союза ССР удовлетворила эту просьбу. Образовались Латвийская, Эстонская и Литовская ССР.
В целях прикрытия сухопутных и морских границ Советского Союза и обеспечения безопасности новых советских республик 11 июля 1940 г. был создан Прибалтийский военный округ. В его состав включались войсковые части и учреждения, дислоцировавшиеся на территории Латвийской и Литовской республик. Войска на территории Эстонии первоначально вошли в состав Ленинградского военного округа. Приказом народного комиссара обороны Союза СССР № 0190 от 17 августа 1940 г. округ был переименован в Прибалтийский Особый военный округ с включением в него и территории Эстонской ССР. Одновременно было принято решение о ликвидации национальных армий прибалтийских государств, и за два месяца – сентябрь-октябрь они были переформированы в 22, 24-й и 29-й стрелковые корпуса Красной Армии. Постановлением СНК Союза ССР от 19 декабря 1940 г. двадцати бывшим генералам прибалтийских армий были присвоены воинские звания генералов РККА. Но спустя полгода, в июне 1941 г., под предлогом направления на учебу в военные академии командование территориальных корпусов было заменено командирами Красной Армии. Несмотря на организационно-штатные и другие мероприятия, проведенные в самый канун войны, боеспособность этих корпусов была низкой, а политико-моральное состояние личного состава, большинство из которого по-прежнему составляли представители коренных национальностей, вызывало тревогу у командования округа.
Нарастание угрозы войны, изменение западных границ страны, развертывание на новых территориях значительных группировок Вооруженных Сил потребовали пересмотра планов их применения. Что касается Прибалтийского Особого военного округа, то в соответствии с «Соображениями об основах стратегического развертывания Вооруженных Сил СССР на западе и на востоке на 1940 и 1941 гг.», представленными наркомом обороны и начальником Генерального штаба в докладной записке И.В. Сталину и В.М. Молотову 18 сентября 1940 г., его задачи определялись следующим образом. По первому – «южному» варианту, когда основные силы Красной Армии сосредоточивались южнее Брест-Литовска, а главный удар наносился Юго-Западным фронтом, предусматривалось «активной обороной прочно прикрывать наши границы в период сосредоточения войск… Северо-Западный фронт (развертывался с началом войны на базе Прибалтийского Особого военного округа. – Авт.) – основные задачи:
1. Обороняя побережье Балтийского моря, совместно с Балтфлотом не допустить высадки морских десантов противника.
2. Прочно прикрывать минское и рижско-псковское направления и ни в коем случае не допустить вторжения немцев на нашу территорию.
3. С целью сокращения фронта 11-й армии и занятия ею более выгодного исходного положения для наступления, в период сосредоточения войск, во взаимодействии с 3-й армией Западного фронта, овладеть районом Сейны, Сувалки и выйти на фронт Шиткемен, Филипово, Рачки.
4. По сосредоточении войск, ударом в общем направлении на Инстербург, Аленштейн, совместно с Западным фронтом сковать силы немцев в Восточной Пруссии». Таким образом, задача фронта включала два этапа. На первом этапе планировалось силами войск прикрытия отразить наступление противника, не допустить его вторжения на советскую территорию и создать тем самым условия для сосредоточения и развертывания главных сил. На втором – нанести удар против немецких войск в Восточной Пруссии.
По второму – «северному» варианту, с развертыванием основных сил севернее Брест-Литовска, планировалось «нанесение решительного поражения главным силам германской армии, сосредоточившимся в Восточной Пруссии…». В этом случае задача Северо-Западного фронта заключалась в том, чтобы «по сосредоточении войск атаковать противника с конечной целью совместно с Западным фронтом нанести поражение его группировке в Восточной Пруссии и овладеть последней».