В состав полигона входили следующие части и подразделения: отдельный батальон связи — в/ч 14315 (подполковник Г. П. Дробы-шевский), отдельный автотранспортный батальон — в/ч 25667 (майор В. М. Быков, с 4.10.1956 г. майор А. Г. Блинов), отдельная производственная эксплуатационно-техническая рота — в/ч 13978 (майор И. П. Кузнецов), 6-е отдельное авиационное звено (старший лейтенант Н. Д. Лубнин), 181-я отдельная рота охраны (капитан М. Е. Бушмакин), военно-почтовая станция — в/ч 14400 (старший лейтенант административной службы А. И. Афонин), 1500-й военный госпиталь — в/ч 25718 (подполковник медицинской службы А. В. Соловьев), поликлиника 1500-го военного госпиталя (майор медицинской службы Ф. Е. Матвиевский), 3-й отдельный противочумный отряд — в/ч 14199 (майор ветеринарной службы В. Е. Деревяшкин), Дом офицеров (майор П. С. Калин, с сентября 1957 г. — майор B. C. Горин), военная комендатура (подполковник А. М. Пышкин), гауптвахта (лейтенант В. А. Шахматов), полевое управление Государственного банка (майор интендантской службы П. Д. Плаутин).
Кроме этого в полигон входили: САРМ (старший инженер-лейтенант В. В. Климов), отдельная центральная экспериментальная ремонтная мастерская (инженер-майор В. Н. Калиновский), склад артвооружения (техник-лейтенант В. Е. Деев), три пожарных команды (начальники техники-лейтенанты Ф. М. Левошин, А. Я. Нестеров, П. А. Ходаковский), кислородно-азотный завод (инженер-подполковник Н. П. Клименко), центральная дизельная электростанция (младший инженер-лейтенант Р. В. Щербачев), два энергопоезда (инженер-лейтенант К. В. Иванов), ТЭЦ (майор Юдин), скотоубойный пункт (лейтенант интендантской службы В. В. Редька), банно-прачечный дезинфекционный пункт (лейтенант интендантской службы В. П. Талалаев), 13-й банно-прачечный дезинфекционный поезд (майор Е. И. Шинкаренко), центральная материальная база (капитан И. П. Писанов), хлебопекарня (лейтенант интендантской службы Н. М. Черленяк), кинобаза (лейтенант Б. Г. Быков), 50-й отдел военной торговли (Д. И. Волков), промкомбинат (В. А. Боровков), торгово-заготовительная база (З. С. Хуциев), три столовые № 1–3 (Ирюков, У. Утаров, В. А. Котельников), вечерняя общеобразовательная школа при Доме офицеров (Е. М. Кузнецова). Вот с таким огромным хозяйством приходилось управляться Алексею Ивановичу Нестеренко, и он со своими помощниками делал это успешно.
Алексей Иванович был находкой для нового небывалого полигона. Подбор кадров облегчала предыдущая должность начальника факультета. Офицеры верили ему и давали согласие ехать вместе с ним на покорение пустыни и космоса. Он также уговорил перейти на новый полигон большую группу офицеров Капустина Яра, что позволило воспользоваться их опытом на новом полигоне. Для формирования также пригодились старые связи и фронтовая дружба: отдельная испытательная станция района падения ГЧ для Камчатки формировалась в НИИ-4, а большинство других служб полигона в Капустином Яре (ранее генерал Вознюк формировал свой полигон в НИИ-4 у Нестеренко, теперь отдал долг). Используя обширные связи, нетрудно было договориться и о подготовке испытателей на предприятиях промышленности, в НИИ и КБ.
На долю А. И. Нестеренко выпал самый тяжелый период в жизни космодрома — проектирование, строительство, формирование, организация испытаний, жизни и быта практически на голом месте в сжатые сроки, когда все небывалые работы надо было делать параллельно. Нестеренко занимался отводом земельных участков для стартового района, поселка, баз падения отделяемых частей, пунктов радиоуправления полетом ракеты (РУП), измерительных пунктов (ИП), согласованием проектных документов и графиков строительства, подбором кадров, формированием частей и подразделений. Трудно проходило выделение земельных участков в Казахстане для строительства ИП, РУП, полей падения ступеней. 19.10.1955 г. Нестеренко писал Председателю Совета Министров Казахской ССР: «Постановлением СМ СССР от 29.4.1955 г. и распоряжением СМ Казахской ССР от 18.5.1955 г. Министерству обороны кроме участка 290 000 га по Кзыл-Ординской области должны быть отведены 5 участков по 400 га каждый и 7 участков по 200 га каждый в Актюбинской, Акмолинской, Кзыл-Ординской, Кустанайской и Карагандинской областях». Когда Нестеренко приехал к Председателю СМ Казахской ССР Д. А. Кунаеву с документами об отводе участков, тот отказал ему на том основании, что там пастбища для баранов. И только когда Нестеренко обратился к Первому секретарю ЦК Компартии Казахстана Л. И. Брежневу, которого знал по Черноморской группе войск, вопрос был решен положительно.