По окончании академии им. Ф. Э. Дзержинского подполковник (12.7.1945) Захаров назначен в распоряжение начальника Генерального штаба ВС СССР. С 12.4.1950 г. он — старший офицер 3-го отдела, с 8.6.1950 г. — 10-го отдела, с 4.5.1953 г. — 7-го отдела организационного управления Главного оргуправления ГШ ВС СССР.
30.11.1954 г. полковник (23.5.1951) Захаров назначен заместителем командира (дублером) в/ч 57246. После окончания курсов в начале апреля 1955 г. Главное управление кадров МО предложило полковнику А. Г. Захарову должность начальника штаба формируемого НИИП-5. При беседе в ГУКе, как вспоминает Нестеренко, Захаров согласия на это назначение не дал. 22.4.1955 г. он был назначен начальником 1-го факультета Ростовского высшего артиллерийского инженерного училища (в/ч 86608).
Тем не менее 25.7.1958 г. полковник Захаров — начальник штаба НИИП-5 МО. На этой должности он проработал менее двух лет и 15.4.1960 г. был назначен начальником 27-го учебного артиллерийского полигона (условное наименование соединений межконтинентальных ракет) в Раздольном, близ Благовещенска (в/ч 43189). После трагедии на 41-й площадке НИИП-5 и ранения генерал-майора Герчика полковник Захаров был вызван на полигон и с 30.10.1960 г. вступил во временное исполнение должности начальника НИИП-5. До него, с 25 по 29.10.1960 г., на этой должности был начальник штаба полигона генерал-майор артиллерии Г. Е. Ефименко. После запуска Гагарина 12 апреля 1961 г. на центральной площади поселка Ленинский полковник Захаров принимал от Маршала Советского Союза К. С. Москаленко Боевое Знамя полигона (на основании указа от 1.2.1961 г.).
С 5.5.1961 г., одновременно с назначением генерал-майора Герчика на новую должность, полковник Захаров приказом министра обороны назначен начальником полигона. Заместителями Захарова являлись: генерал-майор Г. Е. Ефименко (полковник А. М. Войтенко), полковники Д. X. Чаплыгин, Н. В. Павельев (Т. С. Пахомов, М. И. Дружинин), В. А. Боков (М. Ф. Журавлев, А. П. Долинин, А. А. Курушин), А. П. Долинин, Ф. А. Горин, К. В. Свирин, С. Д. Иванов (Б. А. Ландо), А. Е. Иващенко, В. А. Мкртычан. На период командования полигоном Захарова (30.10.1960—12.3.1965) приходится значительное расширение полигона и выполняемых им задач. За это время построены и начали действовать многие сооружения: боевая стартовая станция на 31-й площадке со стартовой позицией для МБР Р-7А (изделия 8К74) и кислородным заводом, двумя МИКами и жилым городком (1960); 51-я площадка со стартовой позицией для испытаний малогабаритной МБР Р-9 (изделия 8К75) и однопунктным РУПом на 53-й площадке (1960); стартовый комплекс на 60-й площадке из трех шахтных стартовых позиций для испытаний изделий 8К64У и МИКа (1962); стартовый комплекс из трех наземных пусковых установок (ПУ) на 75-й площадке с МИКом и жилой площадкой (1962, 1963); шахтный стартовый комплекс из трех пусковых установок на 70-й площадке для испытаний изделий 8К75 (1962); стартовый комплекс на 67-й площадке из двух пусковых установок для испытаний МБР Р-36 — изделия 8К67 (1963); стартовый комплекс на 90-й площадке из двух наземных ПУ для испытаний МБР изделия 8К81 и МИКа (1963. 1964); ПУ на 41-й площадке для испытания новой ракеты 8К66. но использованный для запуска PH изделия 65С3, 11К65 (1963); стартовый комплекс 80-й площадки из трех шахтных ПУ для испытаний изделий 8К64. 8К67, 8К81 (1964, 1965). Заканчивалось строительство других стартовых и технических позиций для испытаний изделий 8К82, 8К84. Построили измерительный пункт № 3 (1963).
Для обеспечения работ на этих объектах формировались новые управления и части. 1.9.1961 г. на 31-й площадке был сформирован 100-й учебный центр (полковник М. П. Вишневский) для подготовки частей РВСН к несению боевого дежурства. 31.5.1962 г. сформировано 3-е управление — в/ч 63670 (инженер-полковник М. С. Культа) для испытании твердотопливной МБР 8К713 (расформировано 7.4.1964). 15.12.1962 г. сформировано 4-е управление (инженер-полковник В. И. Меньшиков) для испытаний универсальных ракет В. Н. Челомея. 7.4.1964 г. создано 3-е управление измерений и математической обработки — в/ч 68526 (инженер-полковник Ф. А. Горин).
1.6.1964 г. сформировано 5-е управление — в/ч 12420 (инженер-полковник В. А. Николаенок) для выполнения задач в интересах ПВО и ВМФ. В состав полигона прибывали новые ОИИЧ. 1.8.1961 г. в состав 2-го управления на 61-ю площадку из Козельска прибыл 627-й РП, переформированный в ОИИЧ-43 — в/ч 44150 (подполковник Н. А. Фридман). В октябре 1961 г. в состав 1-го управления на 71-й площадке из Татищево прибыл 676-й ракетный полк. 13.10.1962 г. на полигон из Татарска для испытаний изделий Челомея прибыл 311-й ракетный полк, переформированный в ОИИЧ 2.8.1963 г. (подполковник А. А. Заблоцкий). 1.5.1964 г. сформирована и вошла в состав 4-го управления ОИИЧ под командованием подполковника И. А. Пругло. В 1963 г сформирован ИП-3 (подполковник А. Г. Блинов).