Такое большое расширение и реорганизация полигона требовали больших усилий от командования по контролю строительства и монтажа технических сооружений, коммуникаций и жилых городков, формированию и обучению испытательных управлений, частей и подразделений, материально-техническому обеспечению, воспитанию и поддержанию дисциплины. Много сил тратилось на формирование новых частей и подразделений. Особенно трудно обстояло обеспечение полигона нужными штатами. В те годы каждую штатную единицу приходилось отстаивать перед штатной комиссией, приезжавшей из Москвы. Это называлось выбиванием штатов. Задолго до приезда огромной комиссии на полигоне, в управлениях и частях проводилась тщательная подготовка. Составлялись трудозатраты, обоснование новых требований, оттачивалось каждое слово доклада, проводились репетиции докладов и ответов на вопросы. Огромная штатная комиссия из генералов и полковников оргмобуправления Генштаба первым делом искала лишних людей и сокращала их. Потом начинался разговор о расширении. Это были настоящие битвы, где все средства хороши. Иногда рассказывали истории штатных сражений, достойные Ильфа и Петрова. Например, рассказывали, как Александр Григорьевич Захаров пробивал штат автомобильного полка. Ему говорили: «На каком основании вы просите автомобильный полк? Во всей Советской Армии всего три автополка. Вам не положено». Александр Григорьевич выходил к доске и начинал чертить: «Вот это 10-я площадка, в 30 км 2-я, в 50 — 41-я и 31-я, еще дальше 60-я, на левом фланге 81-я. Надо возить людей, грузы и продовольствие. Без этого нельзя, понимаете?!» Комиссия дружно говорила: «Не понимаем!» Александр Григорьевич снова брался за мел: «Вот это 10-я площадка» — и повторял слово в слово первый доклад. И так было 5 раз подряд! Доведенная до изнеможения штатная комиссия сдалась. Так на полигоне появился автополк (подполковник А. Г. Блинов) — 4-й в Советской Армии! Таким же, видимо, способом появился на полигоне госпиталь — один из трех самых больших в Союзе! Чем только не приходится заниматься на полигоне!
Во время командования полигоном Захаровым запущено около 250 МБР и PH — изделия 8К71, 8К72, 8К72К. 8К74, 8К78, 8К64, 8К64У, 8К75, 8А92, 11А57, 11А59, 8К67, 8К81, 8К78М, 65С3, 11К65, 8К78М. Выведены в космос космические аппараты типа «Восток», «Венера», «Зенит», «Марс», «Луна», «Полет», «Электрон», «Зонд», «Стрела», «Метеор», «Восход».
Захаров в отличие от первых двух начальников полигона был в большей степени закрыт, меньше контактировал с личным составом да и с окружением не всегда ладил. Предпочитал кабинетные методы работы. Однажды, чтобы оградить себя и штаб от посетителей, Захаров приказал через центральный вход в штаб не пускать никого, кроме него самого и его заместителей. Для всех остальных, работающих в штабе, была открыта небольшая дверь в торце здания. А посторонним вход был практически запрещен, так как необходимо было заказывать разовый пропуск у того, к кому идешь, и оформлять через бюро пропусков. Это было воспринято как желание отгородиться забором от подчиненных и забот, с ними связанных, вызвало большое недовольство офицерского корпуса Байконура. В первые же дни появились едкие байки и анекдоты, а также разговоры: а для чего нам тогда вообще штаб, если он обслуживает сам себя? Но на протесты не обращали внимания. Помог случай. В штабе должно было состояться совещание с участием С. П. Королева. К назначенному часу Сергей Павлович подъехал к штабу, но солдат на входе его не пропустил, объяснив, что начальник полигона приказал никого не пускать, кроме себя и своих заместителей. Королев рассвирепел. Он сел в свою машину и уехал на 2-ю площадку. Оттуда позвонил Захарову и сказал, что ноги его не будет в штабе, и объявил, что совещание проводит на 2-й площадке через полчаса. Захарову пришлось срочно садиться в свою «Волгу» и мчаться на площадку. Как уж там он извинялся перед Королевым, не рассказывали. Но на завтра такой режим был отменен.
Однако следует отметить, что А. Г. Захаров глубоко вникал в вопросы испытаний ракетно-космической техники и высказывал свое мнение, не боясь косых взглядов и упреков главных конструкторов и руководителей высокого ранга. Когда руководство страны в конце 1964 г. решило закрыть ряд проектов конструкторского бюро В. Н. Челомея (УР-700, ЛK-11), Александр Григорьевич решительно выступил против такого предложения и вместе с академиком М. В. Келдышем смог доказать необходимость продолжения испытаний ракеты УР-500 («Протон»), которая на сегодня является самой надежной и экономичной ракетой в мире.